АвторТема: Personal Genome Project  (Прочитано 4680 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Personal Genome Project
« Ответ #15 : 05 Апрель 2013, 21:36:17 »
кто-нибудь видел в проекте PGP три образца Q из Марокко?
я знаю только 1 семпл Q1b1a (M378+, L245+) из марокко.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Personal Genome Project
« Ответ #16 : 05 Апрель 2013, 21:45:03 »
кто-нибудь видел в проекте PGP три образца Q из Марокко?
я знаю только 1 семпл Q1b1a (M378+, L245+) из марокко.

Да. Конечно один! Это я так с телефона на бегу прочитал:)
А линк можете дать? Где искать?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5514
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2902/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Personal Genome Project
« Ответ #17 : 05 Апрель 2013, 21:53:13 »
кто-нибудь видел в проекте PGP три образца Q из Марокко?
я знаю только 1 семпл Q1b1a (M378+, L245+) из марокко.

Да. Конечно один! Это я так с телефона на бегу прочитал:)
А линк можете дать? Где искать?
Посмотрите здесь:
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?authkey=CIOag_UD&key=0Agq_ez43qXCjdFlxemtlUnZ1Qk01cVhMRVBFcm5WX3c&authkey=CIOag_UD#gid=16
PGP130?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Personal Genome Project
« Ответ #18 : 05 Апрель 2013, 22:02:39 »
кто-нибудь видел в проекте PGP три образца Q из Марокко?
я знаю только 1 семпл Q1b1a (M378+, L245+) из марокко.

Да. Конечно один! Это я так с телефона на бегу прочитал:)
А линк можете дать? Где искать?
Посмотрите здесь:
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?authkey=CIOag_UD&key=0Agq_ez43qXCjdFlxemtlUnZ1Qk01cVhMRVBFcm5WX3c&authkey=CIOag_UD#gid=16
PGP130?

Большое спасибо! Это он.
Я эту таблицу когда-то находил, но так как не нашёл интересных образцов больше туда не заглядывал.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Personal Genome Project
« Ответ #19 : 05 Апрель 2013, 22:09:56 »
Это заинтересует уважаемого Юргана. В проекте PGP имеется образец легендарного Saqqaq, которого мы недавно обсуждали: http://forum.molgen.org/index.php/topic,5425.msg177867.html#msg177867


Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7792
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Personal Genome Project
« Ответ #20 : 05 Апрель 2013, 23:07:51 »
Думаю, Вьетнам для Q - всё-таки туристическая зона.
Для Q1a1 вполне себе родина. Если есть у китайцев, то вполне могло инфильтрироваться во Вьетнам. Скорее Вьетнам просто хуже изучен.
http://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_Q-M120_(Y-DNA)
Не родина, а место, куда относительно недавно (не более 1000 лет назад) пришли предки данных людей.
Q- северовосточноевразийцы, которые могли забрести южнее Монголии только, как туристы после этой даты.

А вот для N, как юговосточноевразийцев - Вьетнам - практически родина. Думаю, даже Hg O не сможет претендовать на это.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Personal Genome Project
« Ответ #21 : 05 Апрель 2013, 23:50:05 »
Думаю, Вьетнам для Q - всё-таки туристическая зона.
Для Q1a1 вполне себе родина. Если есть у китайцев, то вполне могло инфильтрироваться во Вьетнам. Скорее Вьетнам просто хуже изучен.
http://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_Q-M120_(Y-DNA)
Не родина, а место, куда относительно недавно (не более 1000 лет назад) пришли предки данных людей.
Q- северовосточноевразийцы, которые могли забрести южнее Монголии только, как туристы после этой даты.

А вот для N, как юговосточноевразийцев - Вьетнам - практически родина. Думаю, даже Hg O не сможет претендовать на это.

Понял о чём Вы:) Если с таким толкованием терминов, то я согласен.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Personal Genome Project
« Ответ #22 : 06 Апрель 2013, 19:10:06 »
В проекте PGP обнаружен один Q1b1a. Причем из Марокко. В проекте Q yDNA есть несколько северо-африканских Q1b. Все они принадлежат берберским евреям.
Участник помечен как PGP130.
Вот набор его снипов:
Цитировать
Q1b1a ['L1002', 'L1004', 'L1009', 'L1013', 'L1053', 'L985', 'L989', 'L990', 'V161', 'V168', 'V171', 'V174', 'V203', 'V203', 'V238', 'V241', 'V250', 'L1005', 'L986', 'P108', 'V221', 'L413', 'L418', 'L438', 'L440', 'L604', 'L957', 'L962', 'L969', 'L970', 'L971', 'L977', 'M299', 'M42', 'M94', 'P97', 'Page65.1', 'PK1', 'V187', 'V202', 'V235', 'V29', 'V31', 'V59', 'V64', 'M168', 'M294', 'P9.1', 'P143', 'L132.1', 'M213', 'M235', 'M89', 'P133', 'P134', 'P135', 'P136', 'P138', 'P139', 'P14', 'P140', 'P141', 'P142', 'P145', 'P146', 'P148', 'P149', 'P151', 'P157', 'P158', 'P159', 'P160', 'P161', 'P163', 'P166', 'P187', 'P316', 'L15', 'L16', 'M9', 'P128', 'P131', 'P132', 'P19_1', 'M526', '92R7_1', '92R7_2', 'L268', 'L405', 'L471', 'L536', 'L721', 'L741', 'L768', 'L779', 'L781', 'M45', 'M74', 'P226', 'P228', 'P230', 'P235', 'P237', 'P239', 'P240', 'P243', 'P244', 'P27.1_1', 'P27.1_2', 'P281', 'P282', 'P283', 'P284', 'P295', 'P69', 'Page83', 'V231', 'M242', 'L232', 'L273', 'L274', 'P36.2', 'L275', 'L314', 'L214', 'L215', 'M378', 'L245']+ ['P305', 'V148', 'V149', 'V154', 'V164', 'V166', 'V172', 'V173', 'V177', 'V190', 'V196', 'V223', 'V225', 'V229', 'V233', 'V239', 'L1000', 'L1001', 'L1006', 'L1008', 'L1010', 'L1012', 'L1016', 'L1018', 'L896', 'L982', 'L984', 'L991', 'L993', 'L995', 'L998', 'L999', 'M31', 'P82', 'V14', 'V25', 'V4', 'P114', 'L419', 'M181', 'M247', 'P90', 'M182', 'M236', 'M288', 'M145', 'M203', 'P144', 'P153', 'P165', 'P167', 'P183', 'P112', 'M150', 'Page18', 'M112', 'M192', 'M130', 'M216', 'P184', 'P255', 'P260', 'Page85', 'P104', 'P91', 'M427', 'M428', 'L279', 'L281', 'L284', 'L285', 'L286', 'M282', 'P96', 'M481', 'L116', 'L154', 'L204', 'L269', 'L402', 'L520', 'L521', 'L522', 'L523', 'L605', 'L769', 'L770', 'L836', 'L837', 'M201', 'P257', 'Page94', 'U12', 'U21', 'U23', 'U3', 'U33', 'U7', 'M370', 'M69', 'M429', 'P123', 'P124', 'P125', 'P126', 'P127', 'P129', 'P130', 'S22', 'L41', 'M170', 'M258', 'P19_2', 'P19_3', 'P19_4', 'P19_5', 'P212', 'P38', 'U179', 'L134', 'M304', 'P209', 'S6', 'L298', 'L811', 'L855', 'L863', 'L878', 'L879', 'M11', 'M185', 'M20', 'M61', 'L206', 'L445', 'L452', 'L455', 'L810', 'M184', 'M272', 'Page129', 'M214', 'P188', 'P192', 'P193', 'P194', 'P195', 'P256', 'Page93', 'M230', 'P202', 'P204', 'P261', 'P263', 'P299', 'P307', 'P79', 'P304', 'P308', 'P60', 'M207', 'P224', 'P227', 'P229', 'P232', 'P280', 'P285', 'M479', 'M173', 'M306', 'P225', 'P231', 'P233', 'P234', 'P236', 'P238', 'P242', 'P245', 'P286', 'P294', 'L472', 'L474', 'MEH2', 'M120', 'M265', 'L528', 'L56', 'L57', 'M346', 'M143', 'M25', 'L272.1']-

Касательно PGP130.
Все его "новые" снипы оказались относящимися к гаплогруппам более высокого уровня: A1, A1b, BT, CT, CF, F, IKJ, P...
Из нюансов можно отметить только L990+ (относится ISOGG к А0, а не А1). Но тут скорее всего какая-то L990.X которая позднее возникла где-то ниже А1. А вот где непонятно. Также непонятна и практическая ценность такой информации на текущий момент, так как в Geno 2.0 этих снипов нет (они были открыты позже)...
Посмотрим что даст полный сиквенс Y-хромосомы трех представителей Q1b.
Также у PGP130 зафиксировал снипы P19.X и P27.X характерные для других гаплогрупп. Но опять же пока не ясно когда возникла эта мутация и что она определяет.

Вопрос - это всё что дает PGP? Где можно увидеть значения других снипов? Они же делают полный сиквенс Y-хромосомы участников проекта?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Personal Genome Project
« Ответ #23 : 06 Апрель 2013, 19:14:19 »
вообщето приведенный списко это просто все снипы из дерева иссога от корня и до терминального  :) причем тут новые снипы и как по вашему можно найти новые снипы у одного семпла? кроме приватных

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Personal Genome Project
« Ответ #24 : 06 Апрель 2013, 19:26:01 »
вообщето приведенный списко это просто все снипы из дерева иссога от корня и до терминального  :) причем тут новые снипы и как по вашему можно найти новые снипы у одного семпла? кроме приватных

При WTY же как-то ищут...
А для одного семпла действительно получится энное количество приватных снипов. Но среди них могут быть как новые, так и "дубликаты" из других ветвей (как теперь уже всем ясно несколько одинаковых мутаций в разное время и в разных местах вполне укладывается в теорию вероятности).
А несколько семплов это уже интересно. Тем более что три семпла будут у нас, от Full Genome. Два L245+ и один М378+ L245-

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Personal Genome Project
« Ответ #25 : 06 Апрель 2013, 19:36:07 »
Цитировать
При WTY же как-то ищут...
они всеравно проверяют на контрольных образцах прежде чем публиковать результаты

один семпл в поле не воин

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Personal Genome Project
« Ответ #26 : 14 Апрель 2013, 17:35:02 »
кто-нибудь видел в проекте PGP три образца Q из Марокко?
я знаю только 1 семпл Q1b1a (M378+, L245+) из марокко.

А есть ли возможность получить данные из PGP в формате BAM?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Personal Genome Project
« Ответ #27 : 14 Апрель 2013, 19:46:09 »
А есть ли возможность получить данные из PGP в формате BAM?
нет

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100