Последняя версия схемы снипов для R1a, найденных в проектах "1K Genomes" и "PGP".
Огромное спасибо за труд. Но позволю себе задать "чайниковский" вопрос: группа снипов Z2469 и далее (под Z2472) - это один и тот же SNP под разными названиями или разные снипы одного уровня? Если второе, то почему HG01617 и PGP4 отходят от них всех сразу, а не от одного какого-то?
Володимиръ, в моей схеме показаны снипы для полных Y-сиквенсов из проектов "1000 геномов" и "PGP".
Группа снипов, лежащая ниже Z2472, временно признается одноуровневыми, до тех пор, пока не будет образцов, у которых часть этих снипов будет в плюсе, а часть в минусе. Только тогда мы сможем уточнить какие снипы из этой группы лежат выше, какие ниже, а какие параллельны.
Можно уточнить еще: моя схема не заменяет схему уважаемого Michala (
http://eng.molgen.org/download/file.php?id=237&mode=view ), она отображает
исключительно состояние дел в вышеназванных проектах полного секвенирования.
Так что не забываем смотреть схему Michala, которая показывает текущее положение дел в тестировании FTDNA и GENO2.
Как пример, можно обратить пример на снип CTS3402, лежащий вместе с группой снипов, ниже Z280.
Уже известно, что он находится ниже от CTS1211 и CTS3607 и известны названия ветвей, которые попадают или не попадают под него.
Но у меня он идет одной группой с CTS1211 и CTS3607, т.к. в настоящее время нет полных сиквенсов Y, у которых CTS1211+, CTS3607+, а CTS3402-.
Так что моя схема - рабочий черновик, отображающий работу нескольких наших форумчан с семплами "1000 геномов" и "PGP".
Он необходим, чтобы ориентироваться в постоянно меняющейся картине филогении снипов. Как говорится - работа на передовой. =)
Тема: R1a и 1KG/PGP проекты (Прочитано 27411 раз)