АвторТема: О методологической некорректности нынешнего матаппарата расчета ВБОП  (Прочитано 4309 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн historykzАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1b1a1
ЕЩЕ РАЗ О МЕТОДОЛОГИЧЕСКОЙ НЕКОРРЕКТНОСТИ НЫНЕШЕГО МАТАППАРАТА РАСЧЕТА ВОЗРАСТА ГАПЛОТИПОВ И СКОРОСТИ МУТАЦИЙ
 Дети зрелых отцов подвержены повышенному числу мутаций, считают ученые

Позднее зачатие детей крайне негативно сказывается на здоровье потомства - так, повышение возраста отца на один год сопровождается появлением в среднем двух вредных мутаций в геноме их потомков, заявляют ученые в статье, опубликованной в журнале Nature.
 
На сегодняшний день не существует единого мнения, вызывает ли позднее зачатие детей какие-либо негативные или позитивные последствия для здоровья человека. Тем не менее, многие биологи склоняются к мысли, что качество "строительных материалов" - сперматозоидов и яйцеклеток - неуклонно ухудшается с возрастом.

Группа ученых под руководством Августина Конга (Augustin Kong) из Института генетики deCODE в Рейкъявике (Исландия) предоставила аргумент в пользу этой гипотезы, сравнив число мутаций в геномах отцов, матерей и новорожденных младенцев в 78 исландских семьях.

Биологи собирали образцы ДНК у родителей и их ребенка, секвенировали и сравнивали их, выделяя мутации в геноме младенца, отсутствующие у его отца и матери.

В среднем, геном каждого ребенка содержал 60 мутаций, отсутствующих у его родителей. С одной стороны, это подтвердило данные, полученные в других исследованиях, а с другой - противоречило им. Это выражалось в том, что число мутаций не было случайным - оно зависело от возраста отца младенца.

В частности, молодые двадцатилетние папы передавали потомкам всего 25 новых мутаций, тогда как младенцы, зачатые 40-летними мужчинами, содержали в своем геноме около 65 аномалий. При этом вторая половина семейства практически не влияла на генетическое "здоровье" детей - в среднем, матери передавали младенцам по 15 мутаций вне зависимости от их возраста.

Таким образом, увеличение возраста отца на один год сопровождается появлением двух новых мутаций в геноме его ребенка. Учитывая, что примерно 10% из таких мутаций негативно влияют на работу измененных генов, последовательное накопление аномалий в геноме на протяжении нескольких поколений может привести к серьезным последствиям.

Как объясняют ученые, исключительная роль отца в генетическом здоровье потомства объясняется различиями в происхождении яйцеклеток и сперматозоидов. Женские половые клетки формируются еще до рождения их обладательницы, и новые яйцеклетки не появляются в детстве и взрослой жизни.

С другой стороны, сперматозоиды непрерывно обновляются в ходе цикла сперматогенеза, длительность которого составляет всего два месяца. По мере старения мужчины качество исходного материала для сперматозоидов - клеток-сперматогоний внутри яичек - непрерывно ухудшается, что может объяснить повышенное число мутаций у потомства зрелых мужчин.

По словам ученых, их открытие указывает на необходимость пересмотра некоторых базовых положений в геномике. В частности, скорость накопления мутаций теперь нельзя рассматривать как некое постоянное значение для той или иной популяции, не учитывая колебания в среднем возрасте "отцовства" внутри таких групп.


Институтом цитологии и общей генетики НАН РК были исследованы останки хана Абулхаира, а также проделано ДНК-исследование ныне живущих потомков. Результат: выяснилось, что произошли мутации у его младшего сына. Дальнейшие исследования показали, что серьезным мутагенным фактором, вернее - индикатором - является возраст отца (именно отца, а не матери как считалось ранее). Дальнейшие исследования европейских ученых под руководством Августина Конга (Augustin Kong) из Института генетики deCODE в Рейкъявике (Исландия) это полностью подтвердили. Это очевидно: сперматогенез у мужчин - каждые 20 дней образуются совершенно новые сперматозоиды, тогда как у женщин "гроздь"-кластер протояйцеклеток образуется раз и на всю жизнь, ежемесячно выделяя поштучно субстрат для развития в яйцеклетку. Поэтому скорость женских мутаций в десятки раз ниже чем мужских. Женщина более консервативна. Далее, без основ палепсихологии (подробнее - Б. Поршнев "О начале человеческой истории. Проблемы палеопсихологии") сложно понять - однако придется! - следующую истину: человеческий интеллект = воображение = способность прогноза/предвидения сам по себе является мощным мутагенным, стрессообразующим фактором! Мы знаем про психосоматику, что "все болезни - от нервов". Отчего нервно-психический стресс? - Часто от ожидания событий, которые виртуальны (существуют лишь в голове), а в реальности еще не произошли! Поэтому у мужчин homo sapiens только в одном поколении может быть несколько мутаций, что собственно уже научно установлено и доказано. Еще один, не менее важный мутагенный фактор, присущий только сапиенсам - война. Причем тотальная война на уничтожение "чужих" самцов, иногда - полный геноцид (первое письменное свидетельство - Ветхий Завет). Методологическая основа механистического применения расчета скорости мутаций флоры и фауны поп-генетиками на Человека, таким образом, не выдерживает никакой критики. Вдумчивому исследователю следует понимать сам механизм мутаций: стресс - повышение температуры - молекулярные изменения в структуре ДНК. А не пытаться механически "топором завинчивать гайки". Человек - не дуб и не баран, он обладает Разумом, а этот разум зачастую и ввергает нас в стресс. Там, где сейчас "считают" 10 тыс. лет может быть и 1 тысяча и 500 лет. Только сравнительный анализ с костным археологическим материалом, подтвержденный радиоуглеродным и электронно-резонансным методами оценки возраста останков может дать основание для датировки. Директор Ин-та цитологии и общей генетики профессор Л. Жансугурова и зам. директора Ин-та ботаники и генетики НАН РК Е. Турусбеков в ходеличных консультаций полностью разделили данную точку зрения. Мнению этих профессионалов не доверять у меня нет оснований.
С уважением к Вам и всем участникам форума, дфн Ильяс Сулейманов
 
« Последнее редактирование: 02 Сентябрь 2012, 23:19:14 от Шад »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
ЕЩЕ РАЗ О МЕТОДОЛОГИЧЕСКОЙ НЕКОРРЕКТНОСТИ НЫНЕШЕГО МАТАППАРАТА РАСЧЕТА ВОЗРАСТА ГАПЛОТИПОВ И СКОРОСТИ МУТАЦИЙ
Дети зрелых отцов подвержены повышенному числу мутаций, считают ученые


Уважаемый historykz! А что жизнь флоры и фауны не подвержена стрессовым факторам? Или репродуктивный возраст у фауны есть константа?
В любом случае применяется математическая модель, опирающаюся на накопленные статистические данные.
Насколько я понимаю речь идет не о истине в последней, а о теории, которая развивается, корректируются...
Так что не совсем понимаю Ваш полемический задор о введении людей в заблуждение. Если для Вас это вопрос веры, то это Ваш выбор - верить чему-то или нет. Никто Вас переубеждать не собирается. Если это желание подискутировать - пожалуйста: аргменты в студию.

Если вопрос насчет мутаций в Y-хромосоме, то там описанной Вами зависимости между возрастом родителей и мутациями почти нет. Она, конечно, вариабельна, но не до такой степени. А именно по Y-хромосомным и мито-хромосомным мутациям оценивают возрат биологического общего предка (ВБОП или TMRCA). Что касается аутосом (а именно их похоже сравнивали в deCODEme), то там все гораздо сложнее. Но я пока и не слышал о какой-либо более-менее общепризнаной оценке расчета степени родства с помощью аутосом.
О том, что оценки степени родства с 23andMe и FTDNA нужно "фильтровать" писалось много и на нашем форуме. Рекомендую почитать публикации на МолГене - это конечно не энциклопедия (иногда сложно найти это если не читаешь регулярно), но много что написано. В том числе в этом разделе.

Кстати. В отношении аутосом понятие гаплотип применять некорректно. Можно лишь говорить о некоторых гаплоблоках. Так как в неполовых хромосомах происходит рекомбинация.
« Последнее редактирование: 02 Сентябрь 2012, 23:14:37 от Шад »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Цитировать
Институтом цитологии и общей генетики НАН РК были исследованы останки хана Абулхаира

Где-то я уже это слышал.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Цитировать
Институтом цитологии и общей генетики НАН РК были исследованы останки хана Абулхаира

Где-то я уже это слышал.

У нас на форуме даже тема есть на этот счет - http://forum.molgen.org/index.php/topic,2934.0.html
Только вот никаких далеко идущих выводов насчет методологии я нигде не нашел.
Цитировать
Восстановлен облик Абулхаир-хана
 

Более десяти лет казахстанские ученые под руководством известного историка Серика Ажигали пытались разыскать могилу великого правителя. И наконец исторические, генетические и антропологические исследования завершились восстановлением облика хана.

Поиски велись в предположительном месте захоронения правителя в Айтекебийском районе Актюбинской области, где находится некрополь «Хан Моласы». В прошлом году кропотливый труд принес свои долгожданные результаты. В массовом захоронении среди 1300 с лишним  скелетов были обнаружены три, которые больше всего подходили под описание Абулхаир-хана.

Все они были отправлены на анализ генетикам. Эксперты взяли ДНК четырех прямых потомков хана по мужской линии от разных сыновей и сравнили с ДНК скелетов.

Лейла Джансугурова, генеральный директор Института генетики и цитологии: «В результате экспертизы выяснилось, что ДНК одного из скелетов соответствует ДНК потомков правителя. Вероятность того, что было найдено тело самого Абулхаир-хана или его родственника по мужской линии, составила 99,78%. Однако окончательный ответ могли дать только антропологические исследования и реконструкция лица». Честь провести ее выпала венгерским специалистам. Используя самые современные компьютерные технологии, ученые по черепу должны были воспроизвести лицо, а затем сравнить его с внешностью потомков правителя и с единственным портретом хана, который был написан при его жизни.  Буквально несколько дней назад специалисты завершили свою работу.

Вердикт - очевидное сходство восстановленного облика Абулхаир-хана с его потомками!

Автор: Карима Куралова
http://www.zakon.kz/kazakhstan/4460886-vosstanovlen-oblik-abulkhair-khana.html

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Или снова о методологической некорректности математического аппарата расчета возраста гаплотипов и скорости мутаций, применяемого а. клесовым и др.
Институтом цитологии и общей генетики НАН РК были исследованы останки хана Абулхаира, а также проделано ДНК-исследование ныне живущих потомков. Результат: выяснилось, что произошли мутации у его младшего сына. Дальнейшие исследования показали, что серьезным мутагенным фактором, вернее - индикатором - является возраст отца (именно отца, а не матери как считалось ранее). Дальнейшие исследования европейских ученых под руководством Августина Конга (Augustin Kong) из Института генетики deCODE в Рейкъявике (Исландия) это полностью подтвердили. Это очевидно: сперматогенез у мужчин - каждые 20 дней образуются совершенно новые сперматозоиды, тогда как у женщин "гроздь"-кластер протояйцеклеток образуется раз и на всю жизнь, ежемесячно выделяя поштучно субстрат для развития в яйцеклетку. Поэтому скорость женских мутаций в десятки раз ниже чем мужских. Женщина более консервативна. Далее, без основ палепсихологии (подробнее - Б. Поршнев "О начале человеческой истории. Проблемы палеопсихологии") сложно понять - однако придется! - следующую истину: человеческий интеллект = воображение = способность прогноза/предвидения сам по себе является мощным мутагенным, стрессообразующим фактором! Мы знаем про психосоматику, что "все болезни - от нервов". Отчего нервно-психический стресс? - Часто от ожидания событий, которые виртуальны (существуют лишь в голове), а в реальности еще не произошли! Поэтому у мужчин homo sapiens только в одном поколении может быть несколько мутаций, что собственно уже научно установлено и доказано. Еще один, не менее важный мутагенный фактор, присущий только сапиенсам - война. Причем тотальная война на уничтожение "чужих" самцов, иногда - полный геноцид (первое письменное свидетельство - Ветхий Завет). Методологическая основа механистического применения расчета скорости мутаций флоры и фауны поп-генетиками на Человека, таким образом, не выдерживает никакой критики. Вдумчивому исследователю следует понимать сам механизм мутаций: стресс - повышение температуры - молекулярные изменения в структуре ДНК. А не пытаться механически "топором завинчивать гайки". Человек - не дуб и не баран, он обладает Разумом, а этот разум зачастую и ввергает нас в стресс. Там, где сейчас "считают" 10 тыс. лет может быть и 1 тысяча и 500 лет. Только сравнительный анализ с костным археологическим материалом, подтвержденный радиоуглеродным и электронно-резонансным методами оценки возраста останков может дать основание для датировки. Директор Ин-та цитологии и общей генетики профессор Л. Жансугурова и зам. директора Ин-та ботаники и генетики НАН РК Е. Турусбеков в ходе личных консультаций полностью разделили данную точку зрения. Мнению этих профессионалов не доверять у меня нет оснований.

historykz

А можно ли пригласить на форум двух уважаемых профессоров, на мнение которых Вы ссылаетесь - Л. Жансугурову и Е. Турусбекова?  Многие известные ученые, в частности Балановский, не считаю зазорным дать комментарии на МолГене. В том числе в очень острой ситуации, касающейся анализа дДНК. Поэтому если Вы ссылаетесь на их мнение, то хотелось бы более полно оценить их аргументацию. Здесь достаточно людей, которые смогут это сделать. 
« Последнее редактирование: 02 Сентябрь 2012, 23:12:19 от Шад »

Оффлайн МашкИн

  • Сообщений: 767
  • Страна: ru
  • Рейтинг +99/-3
  • МашкИн Михаил Николаевич
    • Личный сайт
  • Y-ДНК: 112 R1a [Y2609*], FTDNA 219850, YSEQ 347, 6KEAB; FF; GEDMATCH T861056
  • мтДНК: FGS H* , H96, GenBank KC810015
Поэтому скорость женских мутаций в десятки раз ниже чем мужских.

Что Вы понимаете по женскими мутациями?

О СКОРОСТИ МУТАЦИЙ И "ВОЗРАСТЕ" ПРЕДКОВ
Мутация в У-ДНК может произойти как в 100 поколений, так и в 1 поколение (мутагенный фактор - возраст отца) с РАВНОЙ ВЕРОЯТНОСТЬЮ!

Поясните, пожалуйста.
Желательно указать описание случайного процесса, из которого это бы следовало.

С уважением к Вам, МашкИн.

« Последнее редактирование: 02 Сентябрь 2012, 23:17:02 от Шад »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
В удалении моего сообщения не вижу смысла. А вот удалении первого сообщения темы смысл вижу.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
В удалении моего сообщения не вижу смысла. А вот удалении первого сообщения темы смысл вижу.

Аббат! Я ответил инициатору этой дискуссии в группе МолГен на Фэйсбуке. Процитирую сюда:

Шад
А можно ли пригласить на форум двух уважаемых профессоров, на мнение которых Вы ссылаетесь - Л. Жансугурову и Е. Турусбекова? Многие известные ученые, в частности Балановский, не считаю зазорным дать комментарии на МолГене. В том числе в очень острой ситуации, касающейся анализа дДНК. Поэтому если Вы ссылаетесь на их мнение, то хотелось бы более полно оценить их аргументацию. Здесь достаточно людей, которые смогут это сделать.

historykz
Попробую, но в отличие от меня, они более занятые люди - к науке еще административно-управленческая "головная боль" добавлена :))

Valikhan
Для справки: Ерлан Турусбеков это админ того самого закрытого казахского проекта.

historykz
Да, что-то Ерлан закрыл, засекретил данные, ни с кем не делится. Но сейчас другой проект "Алаш" - Жаксылык Сабитов рулит. Он почти полгода в поле провел - молодец!

Шад
Тогда от Ерлана мы вряд ли дождемся разъяснений. Скрытный человек. Возникает вопрос - а можно ли доверять его комментариям по анализу палеоДНК Абулхаира? Чтобы что-то пояснять нужно иметь предмет для комментирования. Иначе мы с Вами и господином Турусбековым изначально в неравных условиях. Вы что-то нисповергаете, а мы должны оправдаться, не понимая на чем основана ваша аргументация.

NB. Считаю, что позиция по данному заявлению высказана мною корректно. Если historykz представит обоснование своей позиции - будем обсуждать, если нет - то вернемся к сделанному Вами выводу:)
Кроме того, считаю что заблуждения нужно публично обсуждать. Чтобы потом к ним не возвращаться снова, при приходе на форум новых участников. Тем более при всей наивности некоторых рассуждений у historykz есть большой интерес к теме генетической генеалогии. Не будем судить его строго. Может ему просто не повезло с консультантами. И он пришел на МолГен чтобы разобраться.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Считаю, что позиция по данному заявлению высказана мною корректно. Если historykz представит обоснование своей позиции - будем обсуждать, если нет - то вернемся к сделанному Вами выводу:)

Поставьте NB напротив этой надписи.

Оффлайн МашкИн

  • Сообщений: 767
  • Страна: ru
  • Рейтинг +99/-3
  • МашкИн Михаил Николаевич
    • Личный сайт
  • Y-ДНК: 112 R1a [Y2609*], FTDNA 219850, YSEQ 347, 6KEAB; FF; GEDMATCH T861056
  • мтДНК: FGS H* , H96, GenBank KC810015
Можно предположить, что мутации происходят преимущественно в момент репликации.

Какие есть по этому вопросу сведения?

Оффлайн historykzАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1b1a1
Я о том же самом уже полгода талдычу - о некорректности матаппарата расчета скорости мутаций ))
 http://lenta.ru/news/2012/09/18/evoclock/

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Я о том же самом уже полгода талдычу - о некорректности матаппарата расчета скорости мутаций ))
 http://lenta.ru/news/2012/09/18/evoclock/

Видимо именно от этого ваши темы в кунсткамере, видимо они голимые?

Оффлайн historykzАвтор темы

  • Сообщений: 8
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1b1a1
Ну наконец-то! Экспоненциальная формула, а не линейная! Скорость мутаций возрастала по экспоненте, а не была линейной константой. О некорректности математического аппарата расчета скорости мутаций еще полгода назад писал. Иногда надо к философам  прислушиваться. Мы таки методологически мыслим, как Соловей-разбойник: "Высоко сижу, далеко гляжу" :)))
http://www.nature.com/news/past-5-000-years-prolific-for-changes-to-human-genome-1.11912

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Ну наконец-то! Экспоненциальная формула, а не линейная! Скорость мутаций возрастала по экспоненте, а не была линейной константой. О некорректности математического аппарата расчета скорости мутаций еще полгода назад писал. Иногда надо к философам  прислушиваться. Мы таки методологически мыслим, как Соловей-разбойник: "Высоко сижу, далеко гляжу" :)))
http://www.nature.com/news/past-5-000-years-prolific-for-changes-to-human-genome-1.11912

Где в этой статье по ссылке что либо о том, о чем вы кричите? можно цитату?

ps historykz, просьба не дублировать одно и то же сообщение в нескольких темах!
« Последнее редактирование: 30 Ноябрь 2012, 13:54:00 от Centurion »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Подозреваю, что товарища возбудила одна из первых фраз:

Цитировать
Human populations have grown exponentially, and new genetic mutations arise with each generation.

То есть он знает английский, также как и математику.

Перевод (смысловой) следующий: Население возрастало по экспоненте и с каждым поколением возрастало количество новых генетических мутаций.

Голубчик, население, человеческая популяция, росли по экспоненте. Естественно вслед за этим и росло общее количество мутаций.

Как Вы себе вообще представляете рост скорости мутаций по экспоненте?

Озвучьте, пожалуйста. Посмеёмся вместе.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.