Новый комбинированный тест - Geno 2.0

[Yurgan]

Проект 1000 геномов уже дал массу снипов, и если Вы Z93*  или L366* - то Вам проверяться уже не имеет смысла, если они запустят только снипы найденные в 1000 геномов, но если они запускают какие-то другие снипы, об этом нам нужно информация, чтобы знать, есть ли веротяность что-то у Вас найти или нет.

А мне если я L-618* имеет смысл проверяться или нет?
Все таки WTY и 1000 геномов имеет достаточно ограниченное число участников, связанное с тем, как я понимаю, что тестирование снипов идет как бы вручную.
Здесь же применен специально разработанный чип, который одновременно тестирует все известные снипы в иследуемой данными проектами области и плюс 10000 совершенно новых снипов. При этом, когда они протестировали для проверки чипа первых 1000 человек, то получили новое древо состоящее из 6153 снипов, когда существующее состоит, как они пишут, из 862 снипа, и как они пишут, еще нашли в существующем ошибки, и они правильно отмечают, что же будет, когда они протестируют еще 1000 человек.
Из этого выходит, что они получили гораздо более раскидистое и пушистое дерево, и там где в предыдущем был конец веточки в новом может оказаться лишь началом огромного сука с многочисленными ветвями и веточками. Простите меня за такое ботаническое сравнение.
Собственно в одной из статей было сказано, что становится возможным протянуть эти веточки по снипам до генеалогически значимых времен (до 500 лет назад), что составляет серьезную конкуренцию филогеническим древам построенным на основе STR маркеров.
Но в какой то степени Вы правы, древа нового пока никто не видел.
С другой стороны все это пишут весьма авторитетные люди.

Ну, да.
Хотя бы вывесили древо снипов, найденных у тестируемых людей.

[mouglley]

Собственно в одной из статей было сказано, что становится возможным протянуть эти веточки по снипам до генеалогически значимых времен (до 500 лет назад), что составляет серьезную конкуренцию филогеническим древам построенным на основе STR маркеров.

У очень многих N1c1 STR филогения находит родственников на расстоянии 700-500 лет.
У тех, кому не повезло (типа меня) и то - на 1200 лет.
В Китае наших снипов они найти не могли бы, так что для европейских N1c1 этот тест - излишество.

[Yurgan]

Собственно в одной из статей было сказано, что становится возможным протянуть эти веточки по снипам до генеалогически значимых времен (до 500 лет назад), что составляет серьезную конкуренцию филогеническим древам построенным на основе STR маркеров.

У очень многих N1c1 STR филогения находит родственников на расстоянии 700-500 лет.
У тех, кому не повезло (типа меня) и то - на 1200 лет.
В Китае наших снипов они найти не могли бы, так что для европейских N1c1 этот тест - излишество.

Есть ряд снипов, которые могут объединить часть европейских ветвей и прояснить их историю.
Но для балтской ветви  L551 или L1027, и для скандинавских N-L550* нисходящих снипов не будет.

[wbull]

Собственно в одной из статей было сказано, что становится возможным протянуть эти веточки по снипам до генеалогически значимых времен (до 500 лет назад), что составляет серьезную конкуренцию филогеническим древам построенным на основе STR маркеров.

У очень многих N1c1 STR филогения находит родственников на расстоянии 700-500 лет.
У тех, кому не повезло (типа меня) и то - на 1200 лет.
В Китае наших снипов они найти не могли бы, так что для европейских N1c1 этот тест - излишество.

Есть ряд снипов, которые могут объединить часть европейских ветвей и прояснить их историю.
Но для балтской ветви  L551 или L1027, и для скандинавских N-L550* нисходящих снипов не будет.

Что гадать, весной будущего года все увидим.

[Mich Glitch]

1. По мито мне ничего не нужно, потому как имею полный митосиквенс. Зная цепочки снипов для новых гаплогрупп, я сам их без труда просмотрю.

2. По аутосомам и Х хромосоме возможно тоже не нужно. Так как велик шанс того, что нужные снипы уже у меня проверены либо на имеющихся двух панелях от 23эндМи (V.2, V.3), либо на двух панелях от ФТДНА (запамятовал, как назывался старый чип, не от Иллюмины).

3. По игреку появятся обновления дерева - дозакажу новые снипы.

Короче говоря, не вижу никакого особого смысла в этом тесте.

[mouglley]

Что гадать, весной будущего года все увидим.

Ага, если польза по нашей гаплогруппе (N1c1-L550) будет, то чего же не заказать.

Пока же пользы не вижу.

[wbull]

13. По игреку появятся обновления дерева - дозакажу новые снипы.

Короче говоря, не вижу никакого особого смысла в этом тесте.

А если придется дозаказывать 100 снипов? Eсли новое дерево содержит более 6000 снипов, то такое вполне возможно. Если дозаказывать в FTDNA, то цена вопроса 29*100=2900$. Наверное, лучше просто заказать Geno 2.0 за 200$.
Все я конечно понимаю. Сам только что определил свой terminal destination по гаплогруппе, затратил определенные денежные средства, чтобы как то оптимизировать этот процесс, построил кучу филогенических древ, и тут на тебе, новый тест, который возможно сводит все мои усилия на нет.
Что делать, эта наука появилась совсем недавно и поэтому очень стремительно развивается, возможно скоро появяться еще более продвинутые тесты, и придется опять начинать все сначала.
У меня есть смутное предчуствие, что с развитием Y снипования, все наши любимые STR маркеры могут потерять смысл. Может я и ошибаюсь, но тенденция уже наметилась.
Хотя, конечно, здоровый консерватизм еще ни кому не вредил.

[Mich Glitch]

А если придется дозаказывать 100 снипов? Eсли новое дерево содержит более 6000 снипов, то такое вполне возможно.

Хорошая шутка.
Повеселили.
То есть, имеется у меня результаты дип-клейда и какой-то многобуквенный субклад, а потом к нему прилепят ещё 6000 (шесть тысяч) снипов?!!
Вот, скажем, М205 висит себе как минимум 6 полных лет и после него нет никакой детализации. И не предвидится даже.
Появится 1 (ОДИН) снипик, - его-то и дозакажу.

Подобная ситуация по всем моим аккаунтам. Все они с явно определёнными субкладами.

[Mich Glitch]

У меня есть смутное предчуствие, что с развитием Y снипования, все наши любимые STR маркеры могут потерять смысл. Может я и ошибаюсь, но тенденция уже наметилась.
Хотя, конечно, здоровый консерватизм еще ни кому не вредил.

Ну, Вы прямо как Павел с родства.
Пока гадания на снипах получаются не всегда убедительными.
Подозреваю, что и они не внесут 100% определённости.
Собственно вся закавыка в навязшей уже на зубах скорости мутаций (частоты мутаций, скорости мутирования, короче, mutation rate).

[kbg]

А вот если человек еще вообще не тестировался, тогда лучше консервативно начинать с 37 маркеров или все же делать гено 2? - Я помню, как много лет назад убеждала мужика не покупать только что вышедший Виндоуз 5, а купить лучше отлаженный В 4 ...

[Mich Glitch]

А вот если человек еще вообще не тестировался, тогда лучше консервативно начинать с 37 маркеров или все же делать гено 2?

Конечно же 37 маркеров.
Глядишь, какие-нибудь близкие приближенцы-совпаденцы по СТРам проклюнутся.
А субклад уже достаточно точно по предиктору выдадут.

[Eugene]

Лучше и 37 заказть и снипы.
Дело в том, что база по STR пока больше значительно для поиска близкий родственников, а снипы только для дистанций свыше 500 лет (и это в самом лучшем случае).
Когда нибудб конечно будут достаточно снипов, но сначала надо их все найти 

[wbull]

А если придется дозаказывать 100 снипов? Eсли новое дерево содержит более 6000 снипов, то такое вполне возможно.

Хорошая шутка.
Повеселили.
То есть, имеется у меня результаты дип-клейда и какой-то многобуквенный субклад, а потом к нему прилепят ещё 6000 (шесть тысяч) снипов?!!
Вот, скажем, М205 висит себе как минимум 6 полных лет и после него нет никакой детализации. И не предвидится даже.
Появится 1 (ОДИН) снипик, - его-то и дозакажу.

Подобная ситуация по всем моим аккаунтам. Все они с явно определёнными субкладами.

Это не шутка, ну возможно со 100 погорячился, но 10 тоже будет дороже.
Насчет того, что прилепят еще 6000 снипов, так уже прилепили , я Вам приводил ссылку.
Да, раньше появлялся один снипик в шесть лет, но во первых, в разных ветвях по разному. Посмотрите насколько E1b1b1 обширнее чем N1c1.
Но это не значит, что N1с1 столь бедный субклад, просто E1b1b1 исследован более тщательно (возможно, что благодаря наличию в нем еврейских субкладов было больше финансирования).
Во вторых, то что древо может стать совсем другим, ну это просто так развивается наука. Развиваются новые методы исследования и в результате появляется совсем другое понимание проблемы.
Возьмем ту же ДНК генеалогию, здесь все начиналось с исследования митохондриальной ДНК. Почему, да просто ее в каждой клетке много и она самая простая, всего около 16000 оснований. Причем начинали исследования с небольшой ее части сначало с HVR1, потом добавили HVR2, почему не полный сэквенс, просто были чисто технологические трудности (очень дорогой процесс). Все это очень хорошо описано у Брайана Сайкса. Затем перешли к исследованию более сложной хромосомы Y, разработали метод STR маркеров, стали постепенно находить SNP. Далее научились более просто делать полный сэквенс митохондриальной ДНК (опять же благодаря ее маленькой величине). Резкий скачок в технологии произошел с разработкой чипов, стало возможно дешево иследовать аутосомные хромосомы.Нынешний скачок с разработкой Geno2.0 связан с тем, что впервые дешевая технология снипирования с использованием чипов применена к Y хромосоме. Впервые разработан чип который, одновременно снипирует Y, mtDNA, X и аутосомные хромосомы.

Ну, Вы прямо как Павел с родства.
Пока гадания на снипах получаются не всегда убедительными.

В моем случае, гадание на STR получилось очень не убедительным.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,3934.0.html
На родство не хожу, поэтому Павла не знаю.

[wbull]

А вот если человек еще вообще не тестировался, тогда лучше консервативно начинать с 37 маркеров или все же делать гено 2? - Я помню, как много лет назад убеждала мужика не покупать только что вышедший Виндоуз 5, а купить лучше отлаженный В 4 ...

Если бы начинал сейчас, то конечно с Geno 2.0, так как он дает информацию и по  Y ( точное определение гаплогруппы, как пишут Deep Clade test просто отмирает), и по mtDNA (точное определение гаплогруппы) и по Х и аутосомным хромосомам.
Те один тест заменяет 3-4 теста, а стоит как один. При этом он даст наиболее точное определение этнических составляющих и доли интербридинга с другими гоминоидами (неандертальцами, денисовцами и тд). так как он под это заточен. Конечно он не заменит STR теста, но тут зависит от Ваших целей. Если для определения близкого родства, то да, надо делать, но я как то всех близких родственников и так знаю , а данный тест мне не выдал близких совпаденцев вообще.

[Eugene]

Посмотрите насколько E1b1b1 обширнее чем N1c1.
Но это не значит, что N1с1 столь бедный субклад, просто E1b1b1 исследован более тщательно

Дело в том, что E1b1b1 более древний индекс гаплогруппы и с N1c1 у них разные временные дистанции.
У нас N1c1 уже много снипов с временной дистанцией около всего 1000 лет. Врятли многие могут этим похвастаться