АвторТема: Новый комбинированный тест - Geno 2.0  (Прочитано 55833 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн JaGАвтор темы

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #1 : 25 Июль 2012, 23:46:38 »
http://forum.molgen.org/index.php/topic,165.msg147999.html#msg147999

Это Genographic Спенсера Велса в первую очередь будут прогонять семплы собранные в научных экспедициях по проекту

Оффлайн JaGАвтор темы

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #2 : 26 Июль 2012, 01:29:24 »
Прекрасно, будет полноценная SNP-филогения У, а не гадания по единичным снипам и микросателлитам.

Тестировать, как и Y12/HVR1, будут в FTDNA. Цена Genographic для этого набора - $200, т.е себистоимость самого теста как минимум раза в 2 меньше.

FTDNA получает альтернативу проблемному Deep Clade тесту (который уже стоит $139): 12000 У-снипов + Deep ancestry (3200 мито снипов + 130000 аутосомных и Х).

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8716
  • Страна: gt
  • Рейтинг +641/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #3 : 26 Июль 2012, 11:21:33 »
Прекрасно, будет полноценная SNP-филогения У, а не гадания по единичным снипам и микросателлитам.

Тестировать, как и Y12/HVR1, будут в FTDNA. Цена Genographic для этого набора - $200, т.е себистоимость самого теста как минимум раза в 2 меньше.

FTDNA получает альтернативу проблемному Deep Clade тесту (который уже стоит $139): 12000 У-снипов + Deep ancestry (3200 мито снипов + 130000 аутосомных и Х).
Только непонятно какие будут снипы, прежде всего какие будут Y-SNP.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #4 : 26 Июль 2012, 11:24:27 »
т.е себистоимость самого теста как минимум раза в 2 меньше
это не верно. наоборот выше. просто этот проект финансируется извне, и цена занижена, чтобы быть доступнее

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8716
  • Страна: gt
  • Рейтинг +641/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #5 : 26 Июль 2012, 11:28:01 »
т.е себистоимость самого теста как минимум раза в 2 меньше
это не верно. наоборот выше. просто этот проект финансируется извне, и цена занижена, чтобы быть доступнее
Образцы придется в Генографик пересылать?
Из Family Tree нельзя переслать?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6006
  • Страна: ru
  • Рейтинг +945/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #6 : 26 Июль 2012, 12:12:10 »
Данные проекта будут интегрированы в базу ФТДНА?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #7 : 26 Июль 2012, 12:18:05 »
Данные проекта будут интегрированы в базу ФТДНА?
со стороны научных выборок конечно нет, как и не были результаты версии 1.0

думается и частные результаты также будут только в базе генографика

Оффлайн Володимеръ

  • Сообщений: 625
  • Страна: ru
  • Рейтинг +158/-0
  • भग: नसुपनयति
  • Y-ДНК: R1a-Y52*
  • мтДНК: W6a
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #8 : 26 Июль 2012, 15:33:50 »
Данные проекта будут интегрированы в базу ФТДНА?
Судя по описанию, это реализуется Genographic Project в партнерстве с  Family Tree DNA. Более того:
In the future, orders will  also be accepted through the Family Tree DNA website
Еще больше обнадеживает другое:
according to Bennett Greenspan, this will completely replace the deep clade test currently offered by Family Tree DNA.
Во что это выльется и когда, посмотрим

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #9 : 27 Июль 2012, 10:34:40 »
Bennett Greenspan was gracious enough to call me with the answers to several questions and responses to comments and speculation on blogs and lists today. He wants to thank everyone for their interest and personal support for the ongoing research and the new product.  I am putting these in a question and answer format.

Q:  Can I purchase the Geno 2.0 kit elsewhere?

A:  The Geno 2.0 product can only be purchased through the National Geographic Society.  This product cannot be ordered from Family Tree DNA..   

Q:  Will there be a way to move my Geno 2.0 results to the Family Tree DNA database?

A: As with the original National Geographic product, we plan to have a link on the Geno 2.0 personal page to allow people to upload their results.  With the Geno 2.0 deep SNP results, they will be able to enter their Family Tree DNA account number, if they have an existing account at Family Tree DNA, and their deep SNP results will be included with their other tests results on their personal page.

Q:  Does Family Tree DNA plan to offer a test that will be more extensive then the new Genographic test for the Y chromosome?

A:  No. The most extensive test for obtaining YDNA SNP data is available on the Geno 2.0 chip and Family Tree DNA has no plans to compete with its partner.  STR results will not be supplied by Geno 2.0 and all regular genealogical marker tests should be ordered through Family Tree DNA.  These two tests go hand in hand.

By way of example, in haplogroup R-M222 – the new Geno chip includes discoveries of at least three unique SNP’s downstream of R-M222.

These 10,000 new SNPs will provide, for almost everyone, one or two additional clades (subhaplogroups) down the tree from where they are located today.  For some people, these will reach into a genealogical timeframe, connecting their SNPs and their STR data.  The STR tests will then be used to further augment the Geno 2.0 SNP tests for genealogical comparisons within families.

Q:  When will the new Y tree be available?

A:  FTDNA is vetting the Y tree in conjunction with the Genographic Project and prior to the release of these data.  This won’t occur until they will have had enough samples to fully vet the 12,000 tree SNPs, confirming the positions on the tree and that all SNP’s are working correctly.

Q:  What is the difference between the full mitochondrial sequence (FMS) test and the Geno 2.0 test for mitochondria?

A:  Chips can only tell you what is programmed on them.  The Geno 2.0 test is not as complete as the FMS.  Geno 2.0 includes all mtdna SNPs approved for research purposes at Family Tree DNA plus all known mutations found in Genbank.  The Geno 2.0 chip includes a total of about 3,100 locations, more than any other product using this same technology.

This test is very complete for European-centric haplogroups, such as H.  However the test is anthropological in nature, not genealogical.  This means that while you will receive your haplogroup assignment to the same level as a full sequence test, you will not receive other genealogical information that could be critically important to your research.  (Private SNP’s that are unknown will not be ‘discovered’ via chip testing).

If you want your anthropological information, meaning haplogroup information only, then the Geno 2.0 kit is the way to go. 

Geno 2.0 has 50% more mtDNA SNP’s than the next best chip technology for mtDNA.  The only thing better is the full sequence test.  The full sequence test is the only test that can be universally used for scientific research as well.

Q:  There seems to be some confusion surrounding what products to order for what purposes.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 421
  • Страна: ru
  • Рейтинг +43/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #10 : 05 Август 2012, 12:39:56 »
Spencer Wells в рамках генографического проекта http://www.genographic.com/ ввел новый ДНК тест Geno 2.1.
Сообщение о нем произвело эффект разорвавшейся бомбы.
http://dna-explained.com/category/dna-testing-companies/
Сообщается, что для теста был разработан новый чип, который прзволяет тестировать 150000 снипов.
Принципиально новое отличие этого теста в том, что тестируются не только аутосомные хромосомы, но также Y и mtDNA.
На Y  хромосоме тестируется сразу 12000 снипов. В настоящее время известно менее 900.
Это драматическим образом меняет привычную картину. Во первых, сразу точно определяется гаплогруппа - Deep Clade Test умирает.
Во вторых, меняется само дерево гаплогрупп. Сейчас оно включает в себя 862 снипа, но пробное тестирование новым тестом 900 образцов расширили его до 6153 снипов.
В третьих, это означает, что снипы на Y хромосоме позволят доходить до генеалогических времен порядка 500 лет, что раньше позволяли только всеми любимые STR.
На mtDNA тестируется 3100 снипов, что включает в себя все известные на сегодня мутации и позволяет определить гаплогруппу на самом глубоком уровне.
Для аутосомных хромосом тестируется 147000 снипов, которые включают в себя все извастные предково значимые маркеры (75,000 Ancestrally Informative Markers (AIMs) ).
Одновременно будут тестироваться снипы на интербридинг предков современного человека с неандертальцами и денисовцами.
Приводится следующая табличка количества проверяемых снипов:

■Autosomal including X – 147,000
■Neanderthal – 26,000
■Denisovan – 1,500
■Aboriginal – 13,000
■Eskimo – 12,000
■Chimpanzee – 1,100
■Y Chromosome – 12,000
■mtDNA – 31,000

В последнем явно добавили лишний ноль.
И самое приятное стоимость этого чуда теста - 199.95$
Вообщем, привычный мир рушится.
Касательно связи с FTDNA, сначало сообщалось, что в конце лета или осенью данный тест будет предложен клиентам FTDNA в  качестве апгрейда, но потом Беннет Гриншпан в своем интервью сказал, что данный тест будет заказываться только через генографический проект, но его результаты можно будет переводить в FTDNA.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #11 : 05 Август 2012, 15:09:26 »

На Y  хромосоме тестируется сразу 12000 снипов. В настоящее время известно менее 900.
В дереве ISOGG 2012 учтено около 5000 снипов. Правда, я считал не очень подробно.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #12 : 05 Август 2012, 15:14:51 »
Уже известно, что игрековые снипы

- 3500 from the 1000 Genomes Project (from Chris Tyler-Smith, drawn primarily from 1K Genomes data)
- 3500 from East Asians (from Li Jin, discovered by deep sequencing in East Asian populations from a variety of haplogroups)
- 5000 from Sardinians ( from Paolo Francalacci and Sergio Tofanelli, discovered by deep sequencing in Sardinian populations from a variety of haplogroups)
- 1000 from ISOGG, FTDNA, etc.

так что многим кто уже отсниповался "под орех" неклассифицированные снипы найденные в научных коллективах у восточных азиатов и сардинцев по сути бесполезны, во всяком случае пока что

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #13 : 05 Август 2012, 18:44:55 »
так что многим кто уже отсниповался "под орех" неклассифицированные снипы найденные в научных коллективах у восточных азиатов и сардинцев по сути бесполезны, во всяком случае пока что
Таки, кроме N.
Для нас исследования восточно-азиатов очень пользительны.
Только пока не используютс что-то.
Кто-нибудь из любителей их прогоняет, как данные 1000 Genomes Project?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8716
  • Страна: gt
  • Рейтинг +641/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Новый комбинированный тест - Geno 2.0
« Ответ #14 : 05 Август 2012, 22:22:28 »
так что многим кто уже отсниповался "под орех" неклассифицированные снипы найденные в научных коллективах у восточных азиатов и сардинцев по сути бесполезны, во всяком случае пока что
Таки, кроме N.
Для нас исследования восточно-азиатов очень пользительны.
Только пока не используютс что-то.
Кто-нибудь из любителей их прогоняет, как данные 1000 Genomes Project?
Хорошо бы, если бы были данные восточноазиатских N1c и N1b

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100