Оптимальный метод расчёта возраста субклада

[Yurgan]

Уважаемый Юрган, а Вы не считали время разделения "десятников" с остальным стволом, в виде Z85/Z645?

Считал. 8 500-9 000 лет назад.
Считал давно, еще до появления снипов, поразило явное удаление десятников от всех ветвей R1a1-M417, что и подтвердилось снипами.
Реликтовые ветви, естественно, показали еще большее удаление

[Semargl]

Считал. 8 500-9 000 лет назад.
Считал давно, еще до появления снипов, поразило явное удаление десятников от всех ветвей R1a1-M417.

Какая скорость мутаций использовалась при расчетах?
Сколько лет отвели на поколение?

[Yurgan]

Считал. 8 500-9 000 лет назад.
Считал давно, еще до появления снипов, поразило явное удаление десятников от всех ветвей R1a1-M417.

Какая скорость мутаций использовалась при расчетах?
Сколько лет отвели на поколение?

Пожалуй будет даже больше 9 000 - 9 500 лет назад.

[Semargl]

Дело в том, что считая MVP я получил 0.405868514697 мутаций/маркер.
В выборке были только снипованные гаплотипы.
Получаем TMRCA для Z85/Z645 и L664:
0.405868514697/0.0021*25 = 4831.768032107144 лет (Скорости от Соренсона)
0.405868514697/0.00179*25 = 5668.554674539107 лет (Скорости от АК)

Если возьмем длину поколения, как настаивают некоторые, в 30 лет, то получаем следующее:
0.405868514697/0.0021*30 = 5798.1216385285725 (Скорости от Соренсона)
0.405868514697/0.00179*30 = 6802.265609446928 (Скорости от АК)

Обратите внимание, что Клесов расчитывал mrate для поколения в 25 лет.
И результат, полученный с mrate 0.0179 и поколением в 25 лет, практически совпадает с результатом полученным со скоростью 0.0021 и поколением в 30 лет.

[Eugene]

Это скорости для других генеалогических интервалов - до 1500 лет.
Понимаете, это как турбулентные потоки - там действют другие законы, чем в случае когда скорость движения более медленная. Это просто элементарно и очевидно.

Вот вам еще пример: У N1c1 есть сибирская ветвь L708-. По YSTR она можно посчитать отеделилась около 3500 лет назад, но по снипам её отбрасывает сразу в два раза больше как минимум.
Так что не пытайтесь в этих цифрах найти однозначный ответ, как некоторые лопухи вроде АК навязывают, словно тут математическая точность есть. С ростом глубины расчета в такой зависимости ПРЯМОЙ будет расти и погрешность. Т.е. интервал доверительный всегда будет расти в прямой зависимости.
П.С. Вы использовали учет обратных мутаций?

[Semargl]

Это скорости для других генеалогических интервалов - до 1500 лет.
Понимаете, это как турбулентные потоки - там действют другие законы, чем в случае когда скорость движения более медленная. Это просто элементарно и очевидно.

Вот вам еще пример: У N1c1 есть сибирская ветвь L708-. По YSTR она можно посчитать отеделилась около 3500 лет назад, но по снипам её отбрасывает сразу в два раза больше как минимум.
Так что не пытайтесь в этих цифрах найти однозначный ответ, как некоторые лопухи вроде АК навязывают, словно тут математическая точность есть. С ростом глубины расчета в такой зависимости ПРЯМОЙ будет расти и погрешность. Т.е. интервал доверительный всегда будет расти в прямой зависимости.
П.С. Вы использовали учет обратных мутаций?

Именно эти недостатки и пытается устранить MVP (метод выборочных пар).

Ранее был разработан ряд методов, позво
ляющих в той или иной степени, учесть, хотя
бы частично, добавку δμ (например, линей
ный метод Адамова-Клесова [4], интеркладо
вый метод Нордтведта [6]), а также был вве
ден ряд искусственных понятий типа возврат
ных мутаций. Вместе с тем, указанные методы
увеличивают и без того значительный итого
вый разброс оценки времени жизни начально
го предка. Еще одним серьезным недостатком
ASD метода и его модификаций [4, 6] являет-
ся то, что вычисляемый в процессе ASD-
анализа модальный гаплотип, который в
среднем соответствует времени Td , «моложе»
гаплотипа истинного предка. Это делает весь
ма проблематичным возможность сравнения
между собой гаплотипов начальных предков
различных субкладов и гаплогрупп [5].
В данной работе рассмотрена алгоритми
ческая процедура, которая, во-первых, по
зволяет реализовать ASD0 метод и получить
несмещенную максимально правдоподобную
оценку времени жизни начального предка, а,
во-вторых, с высокой достоверностью восста
навливает истинный гаплотип начального предка. Для решения обеих задач дополни-
тельно привлекаются результаты филогенети-
ческого анализа, на основе которого форми-
руется филогенетическое дерево гаплотипов
совокупности изучаемых финальных потом-
ков.

С методом Вы можете ознакомиться в статье Адамова/Каржавина "Оценка TMRCA методом выборочных пар STR гаплотипов" в журнале "The Russian Journal of Genetic Genealogy"

[Eugene]

Метод выборочных пар и интеркладовый я вообще считаю наиболее удачными. Самый ЗАВЕДОМО ошибочный - это чохом.
Но МВП также должен учитывать бэк мутации - ведь у нас нет прямых потомков от узлового предка, а остальные кучкуются в свои кластеры, что и видно из статьи Адамова и графиков.
МВП будет идеально работать в такой идеальной ситуации - если мы имеем МНОГО потомков именно от узлового предка с полностью независимыми генеалогическими линиями, но это просто модель.

[Semargl]

Топик немного ушел в сторону). Через пару дней, часть комментариев, перенесу в соответствующую тему. Будем надеяться, что уважаемые Адамов и Каржавин дадут свои комментарии. И у меня есть пара идей, но с компьютером буду в понедельник.

Мне тоже очень любопытно, каким образом получается бОльший возраст?
Поэтому и задаю вопросы, ибо очень хочу докопаться до истины ( или хотя бы приблизиться к ней).
Я доверяю расчетам уважаемого Юргана и других. В свете этого и любопытна используемая скорость и методики.

[mouglley]

Уважаемый Юрган, а Вы не считали время разделения "десятников" с остальным стволом, в виде Z85/Z645?

У меня тоже получалось http://forum.molgen.org/index.php/topic,868.msg18289.html#msg18289 8000+-600 лет назад при характерной для N1 скорости мутаций 0,00299.
При скоростях мутации, приемлемых для R1a1 (кто бы их, наконец-то, откалибровал!!!) будет 8000*0,00299/0,00216=11 074 года.
Добавим полученные за 9 месяцев гаплотипы, получим не менее 12000 лет.
Явно, отделились от основного ствола R1a1 за 5-6 тясяч лет до отделения индоевропейского языка от ностратиков.

[mouglley]

Вот вам еще пример: У N1c1 есть сибирская ветвь L708-. По YSTR она можно посчитать отеделилась около 3500 лет назад, но по снипам её отбрасывает сразу в два раза больше как минимум.

В таких случаях наилучшие результаты даёт филогения.
Она не страдает подобными занижающими недостатками прямых расчётов (у неё есть свой, более объективные - малое количество гаплотипов для каких-то ветвей и то, что снипы не для всех ветвей пока выявлены)..

[mouglley]

Дело в том, что считая MVP я получил 0.405868514697 мутаций/маркер.
В выборке были только снипованные гаплотипы.
Получаем TMRCA для Z85/Z645 и L664:
0.405868514697/0.0021*25 = 4831.768032107144 лет (Скорости от Соренсона)
0.405868514697/0.00179*25 = 5668.554674539107 лет (Скорости от АК)

Если возьмем длину поколения, как настаивают некоторые, в 30 лет, то получаем следующее:
0.405868514697/0.0021*30 = 5798.1216385285725 (Скорости от Соренсона)
0.405868514697/0.00179*30 = 6802.265609446928 (Скорости от АК)

Обратите внимание, что Клесов расчитывал mrate для поколения в 25 лет.
И результат, полученный с mrate 0.0179 и поколением в 25 лет, практически совпадает с результатом полученным со скоростью 0.0021 и поколением в 30 лет.

Не совсем уловил об чём вопрос тогда.
1. О времени жизни общего предка для всех протестированных гаплотипов?
   Тогда Ваши результаты близки к цели.
2. Времени отделения ветви от ствола гаплогруппы? Для большинства интересен именно этот результат.
   Тогда опирайтесь только на филогению. Хотя и пункту № 1 она даёт, заведомо, более точный результат. Прямые расчёты, опить-таки обманут.
   Причину Вы знаете не хуже меня - расчёты проводятся не от определённого для данного комплекта гаплотипов предкового гаплотипа.(При появлении хоть одного дополнительного гаплотипа, предковый может поменяться).

[Каржавин]

Но МВП также должен учитывать бэк мутации - ведь у нас нет прямых потомков от узлового предка, а остальные кучкуются в свои кластеры, что и видно из статьи Адамова и графиков.

Метод выборочных пар абсолютно точно учитывает так называемые "обратные" мутации. Единственно что осталось сделать для использования данного метода, это откалибровать по парам отец-сын по небольшому количеству маркеров частоту ("скорость") мутаций. Но даже с имеющейся на сегодняшний день статистикой по парам отец-сын точность калибровки средней частоты мутаций, скажем, для 67-ми маркерного гаплотипа уже достигла 7-8% (очень даже неплохо!).
С длительностью поколений, по крайней мере, за последние пару-тройку тысяч лет неясностей уже нет вообще (реальной статистики по регионам земли и видам человеческих обществ - море). Есть, правда, некоторые разногласия, как эта длительность ведет себя с углублением в глубь тысячетелетий, но этот вопрос можно коллективно в рамках данного Форума как-то утрясти.