АвторТема: Y-хромосома – это зал зеркал  (Прочитано 4765 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Y-хромосома – это зал зеркал
« : 28 Май 2009, 12:39:34 »
Y-хромосома не имеет пары, поэтому до последнего времени считалось, что она является "деградирующей свалкой" генетического материала. Бытовало мнение, что отсутствие возможности исправления возникающих ошибок приводит к постепенной инактивации генов Y-хромосомы.

Y-хромосома – не такая уж "беспомощная", как было принято считать ранее, и обладает высокоэффективными механизмами самовосстановления. Их изучение также может иметь большое значение в решении вопроса о происхождении человека.

Y-хромосома противостоит деградации за счёт наличия палиндромов. Палиндромы или т.н. зеркальные последовательности, в общем случае представляют последовательности из двух одинаковых частей, расположенных в противоположных направлениях (например, палиндромом будет число 20200202). В случае ДНК палиндромом будет последовательность азотистых основ, например, АТЦАГЦ ЦГАЦТА. Так вот, проведённый анализ показал, что из 50 млн. нуклеотидов Y-хромосомы более 6 млн. являются палиндромами, разбросанными по хромосоме. Длина наибольшей из обнаруженных последовательностей составляет 3 млн. нуклеотидов.

Многие из установленных генов Y-хромосомы находятся в палиндромах. Таким образом, отсутствие копии гена в хромосоме-гомологе компенсируется за счёт наличия его на другом конце палиндромной последовательности. Утверждается, что в данном случае мутантная копия исправляется за счёт процесса т.н. конверсии – однонаправленного переноса генетической информации. "Перетасовка" генов способствует элиминации мутантных копий гена. Группа Пейджа подсчитала, сколько таких замен в расчёте на одно поколение должно произойти, чтобы сохранить исходную последовательность. Согласно полученных ими результатов, Y-хромосома каждого из мужчин содержит, по крайней мере, 600 нуклеотидов, которые отличаются от таковых в хромосоме его отца. Установленный уровень изменчивости в тысячи раз превышает таковой для естественных мутаций.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #1 : 22 Август 2009, 00:49:32 »
Интересно, если снип находится в палидроме может ли он обратно мутировать?

Как определить участки палидромов? Есть такие данные? Например позиции от и до.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1410
  • Страна: ru
  • Рейтинг +320/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #2 : 22 Август 2009, 01:07:19 »
Поправлю: "полиндром". От "поли" - много.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #3 : 22 Август 2009, 01:10:10 »
Валер, чем отличаются снипы типа A/G и C/T?

То есть теоритически, если снип на полидроме, то при очередном копировании хромосомы эта замена может быть починена за счет зеркальной области?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #4 : 22 Август 2009, 01:17:33 »
Как определить участки палидромов? Есть такие данные? Например позиции от и до.

в простейшем случае так:


reverse
([pos + 1, pos + n]) = complement([pos + n + k + 1, pos + 2n + k])

где pos - тестируемая позиция (перед началом предполагаемого палиндрома), n - длина палиндрома, а k некое очень малое число (длина петельки)
« Последнее редактирование: 22 Август 2009, 01:26:51 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #5 : 22 Август 2009, 01:23:18 »
Валер, чем отличаются снипы типа A/G и C/T?

То есть теоритически, если снип на полидроме, то при очередном копировании хромосомы эта замена может быть починена за счет зеркальной области?



мне честно говоря неясно чем это отличается от обычной ситуации когда мы имеем две комплементарные цепи. В обычном случае чинится с комплемента, на палиндроме - с другой половины палиндрома. А что Кран говорит?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #6 : 22 Август 2009, 01:25:46 »
Цитировать
АТЦАГЦ ЦГАЦТА

АТЦАГЦ ГЦТГАТ

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #7 : 22 Август 2009, 01:42:34 »
Цитировать
в простейшем случае так:
я думал есть списки )

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1410
  • Страна: ru
  • Рейтинг +320/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #8 : 22 Август 2009, 01:45:49 »
палиндрома
Понял :) Буду смотреть хотя бы в вики, прежде чем замечания делать :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #9 : 22 Август 2009, 01:47:57 »
Цитировать
в простейшем случае так:
я думал есть списки )


комплементарность - любимое слово геополитиков :)

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #10 : 22 Август 2009, 01:53:52 »
Ну так как определить в палиндроме снип или нет? Писать Крану? ))
И вопче какова вероятность обратной мутации? Можно ли "незаметить" нукл замены? )))

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #11 : 22 Август 2009, 01:58:56 »
Ну так как определить в палиндроме снип или нет? Писать Крану? ))
И вопче какова вероятность обратной мутации? Можно ли "незаметить" нукл замены? )))

нифига не понял. Где не заметить? Сравниваешь два образца и видишь разницу. У тебя есть участки отсеквенированные? Вопрос практический?

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #12 : 22 Август 2009, 02:04:59 »
Ну так как определить в палиндроме снип или нет? Писать Крану? ))
И вопче какова вероятность обратной мутации? Можно ли "незаметить" нукл замены? )))

нифига не понял. Где не заметить? Сравниваешь два образца и видишь разницу. У тебя есть участки отсеквенированные? Вопрос практический?

Ну снип... есть для любого снипа участки ДО и ПОСЛЕ замены... ты это имеешь ввиду? Я тебе сег спрашивал про обратную замену. Незаметить - это про ошибки типирвоания, может некотоыре снипы трудно типировать...

Онлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 32793
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2614/-42
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #13 : 22 Август 2009, 08:05:17 »
Поправлю: "полиндром". От "поли" - много.
Неправда Ваша.
Цитировать
ПАЛИНДРОМ [греч. — «бегущий вспять», иначе палиндромон, перевертень] — фраза, построенная так, что ее можно читать и справа и слева, сохраняя смысл, напр.: « Я иду с мечем судия», «Атака заката» и т. д …

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5541
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Y-хромосома – это зал зеркал
« Ответ #14 : 22 Август 2009, 12:55:04 »
Ну так как определить в палиндроме снип или нет? Писать Крану? ))
И вопче какова вероятность обратной мутации? Можно ли "незаметить" нукл замены? )))

нифига не понял. Где не заметить? Сравниваешь два образца и видишь разницу. У тебя есть участки отсеквенированные? Вопрос практический?

Ну снип... есть для любого снипа участки ДО и ПОСЛЕ замены... ты это имеешь ввиду? Я тебе сег спрашивал про обратную замену. Незаметить - это про ошибки типирвоания, может некотоыре снипы трудно типировать...


Ром, умоляю, все по порядку. Начнем с начала.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100