АвторТема: Z92 и его снипы  (Прочитано 183703 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8729
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2092/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1470 : 30 Январь 2018, 20:43:17 »
А что за новый образец в YFull появился, YF11894?
Prigun? Hrynkiewich? Sapunov?
Prigun

Остальные пока не торопятся.
Спасибо!
Это не BAM, а VCF, на скорую руку?

Онлайн Feroce

  • Сообщений: 853
  • Страна: ru
  • Рейтинг +180/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1471 : 30 Январь 2018, 21:09:35 »
Это не BAM, а VCF, на скорую руку?
К сожалению да, остальные должны скоро тоже отправить.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5243
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2508/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1472 : 30 Январь 2018, 21:19:21 »
А что за новый образец в YFull появился, YF11894?
Prigun? Hrynkiewich? Sapunov?
Prigun

Остальные пока не торопятся.
Спасибо!
Это не BAM, а VCF, на скорую руку?
Из конкретно этих VCF v2 от FTDNA я думаю можно вытянуть более 90% информации по снипам по сравнению с BAM'ом. А вот с STR в VCF все гораздо хуже.

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8729
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2092/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1473 : 30 Январь 2018, 21:26:27 »
Из конкретно этих VCF v2 от FTDNA я думаю можно вытянуть более 90% информации по снипам по сравнению с BAM'ом. А вот с STR в VCF все гораздо хуже.
Тогда можно только призвать всех уже протестированных на Big Y, не дожидаясь ВАМа, загрузить в YFull свои файлы VCF. А ВАМ уже попозже, когда появится возможность.

Оффлайн evgivanov

  • Сообщений: 312
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP682+, YP1261+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1474 : 30 Январь 2018, 22:48:35 »
Из конкретно этих VCF v2 от FTDNA я думаю можно вытянуть более 90% информации по снипам по сравнению с BAM'ом. А вот с STR в VCF все гораздо хуже.
Тогда можно только призвать всех уже протестированных на Big Y, не дожидаясь ВАМа, загрузить в YFull свои файлы VCF. А ВАМ уже попозже, когда появится возможность.

не совсем понятно, что может вытащить Yfull из VCF чего уже не показывает FTDNA. Одним из плюсов Yfull было возможность вытащить до 500 STR, но для этого нужен BAM

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8729
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2092/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1475 : 31 Январь 2018, 00:04:30 »
Одним из плюсов Yfull было возможность вытащить до 500 STR, но для этого нужен BAM
У YFull много плюсов и без 500 маркеров (на первых порах) можно будет обойтись.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1476 : 31 Январь 2018, 01:21:53 »
Из конкретно этих VCF v2 от FTDNA я думаю можно вытянуть более 90% информации по снипам по сравнению с BAM'ом. А вот с STR в VCF все гораздо хуже.
Тогда можно только призвать всех уже протестированных на Big Y, не дожидаясь ВАМа, загрузить в YFull свои файлы VCF. А ВАМ уже попозже, когда появится возможность.

не совсем понятно, что может вытащить Yfull из VCF чего уже не показывает FTDNA. Одним из плюсов Yfull было возможность вытащить до 500 STR, но для этого нужен BAM
кстати, большинство к СТР относятся как к второстепенному... в ближайшее время будут СТР-ветви добавляться на дерево плюс позднее расчитаны скорости по СТР-маркерам и в СТР-матчах вероятно будут показываться время до общего предка

максимальная информация которую можно вытащить, удобная работа с базой снипов (аннотирование, рейтингование и тд), группы, кроссреференсность (hg19, hg38 и тд),  большой обновляемый сет научных образцов, единый аккаунт для нескольких образцов, возможность анализа образцов от одной и той же персоны сделанный в разных лабораториях, публичное обновляемое дерево, сложна система фильтрации качества для новых снипов плюс ручная верификация "приватных снипов", "чистая" санируемая база известных снипов (более 114 тыс) - нет "мусорных" снипов, БАМ-браузер и тд. и еще куча запланированных инноваций

~95% инф по известным снипам в vcf
~50% стр (пока простые маркеры, но возможно позже добавить и сложно-составные, соотв процент увеличится)
для vcf конечно есть ограничения по полноте

Оффлайн Лекомцев Сана

  • Сообщений: 236
  • Страна: ru
  • Рейтинг +68/-2
  • 95% European 5% East Asian T326591
  • Y-ДНК: R1a z92 cts9551 cts214 cts5149 Y37888 BY30791
  • мтДНК: T2
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1477 : 31 Январь 2018, 14:14:54 »
Из конкретно этих VCF v2 от FTDNA я думаю можно вытянуть более 90% информации по снипам по сравнению с BAM'ом. А вот с STR в VCF все гораздо хуже.
Тогда можно только призвать всех уже протестированных на Big Y, не дожидаясь ВАМа, загрузить в YFull свои файлы VCF. А ВАМ уже попозже, когда появится возможность.

не совсем понятно, что может вытащить Yfull из VCF чего уже не показывает FTDNA. Одним из плюсов Yfull было возможность вытащить до 500 STR, но для этого нужен BAM
кстати, большинство к СТР относятся как к второстепенному... в ближайшее время будут СТР-ветви добавляться на дерево плюс позднее расчитаны скорости по СТР-маркерам и в СТР-матчах вероятно будут показываться время до общего предка

максимальная информация которую можно вытащить, удобная работа с базой снипов (аннотирование, рейтингование и тд), группы, кроссреференсность (hg19, hg38 и тд),  большой обновляемый сет научных образцов, единый аккаунт для нескольких образцов, возможность анализа образцов от одной и той же персоны сделанный в разных лабораториях, публичное обновляемое дерево, сложна система фильтрации качества для новых снипов плюс ручная верификация "приватных снипов", "чистая" санируемая база известных снипов (более 114 тыс) - нет "мусорных" снипов, БАМ-браузер и тд. и еще куча запланированных инноваций

~95% инф по известным снипам в vcf
~50% стр (пока простые маркеры, но возможно позже добавить и сложно-составные, соотв процент увеличится)
для vcf конечно есть ограничения по полноте

но всё равно без бамов . я уже обнаружил ошибки в маркерах , которые есть

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1478 : 31 Январь 2018, 17:19:32 »
но всё равно без бамов . я уже обнаружил ошибки в маркерах , которые есть
в стр? если они со знаком вопроса то это норм, но и конечно vcf вообще не приспособлен для стр плюс нет ручной верификации

Оффлайн Лекомцев Сана

  • Сообщений: 236
  • Страна: ru
  • Рейтинг +68/-2
  • 95% European 5% East Asian T326591
  • Y-ДНК: R1a z92 cts9551 cts214 cts5149 Y37888 BY30791
  • мтДНК: T2
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1479 : 31 Январь 2018, 17:21:16 »
Абсолютно согласен

Онлайн Feroce

  • Сообщений: 853
  • Страна: ru
  • Рейтинг +180/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1480 : 31 Январь 2018, 23:51:07 »
Проанализировал представителей Y11268 и заметил, что по BigY у всех Y11268 данный снип предположительно позитивный. Он точно есть только у тех, кто его специально проверял. Отсюда вопрос, почему главным является снип Y11268, а не YP1256, который есть у всех?

Оффлайн evgivanov

  • Сообщений: 312
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP682+, YP1261+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1481 : 01 Февраль 2018, 07:21:36 »
Общался с 152901 Anisimkov, у него  YP1260-. У меня 210318 Sinkov YP1696-. Самые вероятные снипы проверены.Что еще посоветуете, А8998? И где его заказать?

На сегодняшний день YP1260 опустился под YP1261. Если есть желание у Анисимкова, то может попробовать протестировать YP1261

Оффлайн Елена Александровна

  • Сообщений: 2717
  • Страна: by
  • Рейтинг +611/-2
  • U5a1d2a1 Гедматч - M125805
  • Y-ДНК: R1a1a: отец 248308, сын 260304, дед по маме 249367
  • мтДНК: U5a1d2a1 - я; МЖМЖ U5
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1482 : 01 Февраль 2018, 09:59:09 »
Ну вот сколько народа с этим снипом...
Потому что этот снип общий для множества ветвей ниже. Это представители разных веток.
А у меня и там только один!

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8729
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2092/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1483 : 04 Февраль 2018, 20:05:59 »
В YFull новенький: YF12027 (R-YP575*)
Наверное 627697 Keybol.
Будет пока в паре с YF09326 (62051 Rhodes).

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8729
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2092/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1484 : 06 Февраль 2018, 18:51:33 »
На матчах Big Y (не своих) наблюдаю некого Yukevich R-YP1699 (уровень YP1696). Никто не знает, кто это?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100