Они ответили слово в слово, как сказали выше уважаемый ТАРАНТАС и я: этот полиморфизм появился в разных гаплогруппах.
Да, как минимум теперь стало понятным, что инлексируют, а не выкинули его не потому, что он одинаков на разных ветвях, а потому что он в этих гаплах стабилен внутри каждой их них.
Стало быть Сергею всё-таки стоит держать его в обойме на всякий случай и выше я был неправ, советуя ему забыть про него. Ну, а теперь настаиваю на том, что хотя природа этой мутации и одинакова, но как известно снипы имеют своё значение только в цепочках, т.е. связках как блокчейны, а не по отдельности, посему ИМХО считаю что это разные снипы с учётом вполне себе достойного проживания в разных связках этой мутации и вот по этой причине их проиндексировали - в технической документации индекс показыввает различе по назначению и применению при структурной схожести. Ну, скажем, поступили логично, предложив это решение с учётом стабильности этой мутации в разных группах.