АвторТема: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013  (Прочитано 21566 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #105 : 28 Декабрь 2013, 16:48:11 »
Новый формат наступает.
Пожалуй, что так. Сверхсерьёзная статья. Однозначно нужен английский дублёр (если его ещё нет, а если есть, хотелось бы ссылку). Я сильно подотстал в плане отслеживания новшеств. Но производит сильное впечатление использование однонуклеотидных полиморфизмов для построения филоструктуры и классификации кластеров. Имели ли место подобные публикации в отечественной прессе? Да и в зарубежной?
Очень приятно и дружественно выглядит ф-дерево на схеме 1, отличная графика! Оформление тоже ведь играет немаловажную роль.
Есть вопрос - могут ли авторы (ВТ?) объяснить использование Мурки? В чём фишка? Преимущества? По старым временам у меня складывалось впечатление, что ТНТ всё же эффективней, особенно привлекало быстродействие. Вряд ли Мурка существенно доработана в этом направлении. Хотя бы примерно - сколько времени программа ведёт подсчёт дерева? Или понадобились функции, которых нет в ТНТ?

Схема 1 это не филогентическое дерево, построенное по снипам, а схематическое изображение процесса бинарных мутаций на основе обработки эмпирических данных. То есть данных о мутациях в конкретных исследованных образцах. 
Кластеризация шла на основе STR-маркёров с использованием снипов для корректировки дерева (им были присвоены большие веса). Обсчет дерева с таким количеством элементов Мурка ведет около 7 минут.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #106 : 28 Декабрь 2013, 21:57:23 »
Схема 1 это не филогентическое дерево, построенное по снипам, а схематическое изображение процесса бинарных мутаций на основе обработки эмпирических данных.
Цитата из статьи: "Схема 1. Филогенетическое дерево субклада Q-М378..." - стало быть, всё-таки дерево, ясно, что не по снипам и что схематическое, но красиво!.
7 минут для Мурки совсем неплохо. Но ТНТ считает секунды. Может быть какие-то иные соображения взяли верх?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #107 : 28 Декабрь 2013, 22:17:26 »
Схема 1 это не филогентическое дерево, построенное по снипам, а схематическое изображение процесса бинарных мутаций на основе обработки эмпирических данных.
Цитата из статьи: "Схема 1. Филогенетическое дерево субклада Q-М378..." - стало быть, всё-таки дерево, ясно, что не по снипам и что схематическое, но красиво!.
7 минут для Мурки совсем неплохо. Но ТНТ считает секунды. Может быть какие-то иные соображения взяли верх?

Скорее это просто импринтинг:) В свое время освоил Мурку при содействии Валеры. С тех пор и пользуюсь:)

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 663
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #108 : 29 Декабрь 2013, 14:42:35 »
Жаксылык Муратович Сабитов, Максум Маратович Акчурин

Татарские потомки населения золотоордынского улуса Мохши

Цитировать
Данная статья посвящена вопросу происхождения татарских мурз, относящихся к таким фамилиям, как Акчурины, Кашаевы, Кудашевы, Муратовы, Енгалычевы, Еникеевы, Ишеевы, Седехметевы, Дашкины, Дивеевы, Мансыревы, Суюндыковы, Ефаеевы и т.д. На основе исторических источников, генеалогических записей и генетических результатов, предложена концепция происхождения этой группы татар.
http://rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/133

Благодарю всех за работу!

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5676
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1815/-12
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #109 : 29 Декабрь 2013, 14:45:40 »
Спасибо авторам и рецензентам! :)

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +228/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #110 : 29 Декабрь 2013, 14:48:30 »
Жаксылык Муратович Сабитов, Максум Маратович Акчурин

Татарские потомки населения золотоордынского улуса Мохши

Цитировать
Данная статья посвящена вопросу происхождения татарских мурз, относящихся к таким фамилиям, как Акчурины, Кашаевы, Кудашевы, Муратовы, Енгалычевы, Еникеевы, Ишеевы, Седехметевы, Дашкины, Дивеевы, Мансыревы, Суюндыковы, Ефаеевы и т.д. На основе исторических источников, генеалогических записей и генетических результатов, предложена концепция происхождения этой группы татар.
http://rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/133

Благодарю всех за работу!

Спасибо! Если можно, то продублирую ссылку на статью в теме Татарский ДНК-проект. Думаю она там тоже будет к месту.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5676
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1815/-12
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #111 : 29 Декабрь 2013, 14:50:48 »
Спасибо! Если можно, то продублирую ссылку на статью в теме Татарский ДНК-проект. Думаю она там тоже будет к месту.
Пожалуйста :)

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8252
  • Страна: kz
  • Рейтинг +745/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #112 : 29 Декабрь 2013, 15:25:02 »
Рецензентам и редакторам спасибо за работу.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #113 : 29 Декабрь 2013, 20:23:11 »
Татарские потомки населения золотоордынского улуса Мохши
Работа посвящена анализу происхождению некоторых золотоордынских фамилий, что само по себе вызывает интерес. Гораздо большее внимание (по сравнению с предыдущими работами автора) уделено ДНК-анализу. Результаты заслуживают внимания.
В порядке замечания можно отметить то, что в заключении делается недостаточно подтверждённый вывод о линии J2b2, основнный на единичных SNP-тестах. На мой взгляд, осторожное J2b было бы уместней.
 

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19604
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1479/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #114 : 29 Декабрь 2013, 20:26:14 »
На мой взгляд, осторожное J2b было бы уместней.

На мой взгляд наоборот слишком осторожно сказано о J2b-Z1043, смело можно говорить, что все два кластера относятся к этому субкладу.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #115 : 29 Декабрь 2013, 21:11:00 »
На мой взгляд, осторожное J2b было бы уместней.

На мой взгляд наоборот слишком осторожно сказано о J2b-Z1043, смело можно говорить, что все два кластера относятся к этому субкладу.
все правильно, какие причины называть J2b, если все равно J2b*(xJ2b2,J2b1) это редкость, тем более несколько человек из беханидов тестировались на многие снипы включая M241 Z639 Z1043, так что можно с уверенностью говорить что все они суть J2b-Z1043, возраст которой всяко на много-много больше возраста Бехана
http://www.yfull.com/tree/J2b2a/

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19604
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1479/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #116 : 29 Декабрь 2013, 22:02:51 »
К тому же есть Z1043+ из Европы не из этих кластеров. Собственно авторы были в курсе.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #117 : 29 Декабрь 2013, 22:43:28 »
К тому же есть Z1043+ из Европы не из этих кластеров. Собственно авторы были в курсе.
конечно

на дворе 14ый год уже почти, и боятся и осторожничать написав J2b это все равно что написать R1a или R1b, то есть ни о чем

Z1043 это в длинном именование J2b2a1a1a1a  :)

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5676
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1815/-12
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #118 : 07 Январь 2014, 21:19:59 »
Английский вариант статьи "Phylogenetic Structure of Q-M378 Subclade Based On Comprehensive Y-Chromosome Sequencing" (еще не выложена) номер закроет (102 стр.).
На днях соберем номер целиком.
Новая тема нового номера: http://forum.molgen.org/index.php/topic,6490.msg218318.html#new

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8252
  • Страна: kz
  • Рейтинг +745/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol 4, No 2 2012/Vol 5, No 1 2013
« Ответ #119 : 07 Январь 2014, 21:21:48 »
Отлично, будем ждать собранного номера.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100