По субсахарской Африке если только, то там или три, или даже несколько макросемей. Если не брать афразийскую макросемью, конечно, и если включать в неё омотские.
1. Койсанские языки - 3 семьи и 2 изолята по версии англоwiki, хотя консервативная версия включает ещё два изолята, один из которых вымер, wiki эти два изолята в разные семьи сунула). Не знаю, правильно ли считать их всех одной макросемьёй, насколько это доказано. Лучше, я думаю, надо спрашивать койсанистов, а не старостинцев. Что думают специалисты по конкретным семьям о макросемьях - это куда интереснее может быть, чем думанья макросемейных строителей.
2. Нило-сахарские языки - 12 семей, по англо-вики? хотя центральносуданские и восточносуданские, похоже, надсемьи какие-то на самом деле. Да, и по англовики выходит, что гумуз структурно отличается от остальных нило-сахарских, и вполне вероятно зачислен в них по ошибке. И если встречаете объединение комузские языки (команские плюс гумуз), то наверное не надо этому верить. Но вообще лучше африканистов спросить.
3. Нигер-конго - очень много (десятки?) семей и сложная структура. Несколько семей не входят в атлантик-конго, потому что вроде структурно от них отличаются, и вполне могут не быть нигер-конго на самом деле. А число первичных ветвей бенуэ-конго примерно равно числу остальных ветвей атлантик-конго, а если дальше копать, то вообще запутаться можно. Надо африканистов спрашивать.
Ну, и как это всё можно объяснить гаплогруппами? И ведь это только субсахарская Африка...