АвторТема: Гаплотип чингизидов  (Прочитано 57139 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #15 : 24 Июль 2009, 10:51:20 »
Спасибо. Вы правы. Похоже, Веренич В. с С3 ошибся.

Тогда получается, что казахские чингизиды (гаплотип С3) не являются носителями гаплотипа Чангисхана С(хС3с).
То есть, мы вернулись к моему первому вопросу.
Скорее всего это значит что тех на С3 не Снипировали, а снипировали только на С и С3с.

Тех - это те, которые в работе [Zerjal, 2003]?

Так казахские чингизиды и "кластер Чингисхана" относятся к одному субкладу или разным? Это принципиально.   



Оффлайн asan-kaygyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #16 : 24 Июль 2009, 11:29:17 »
Да.
Между ними тысечелетия разницы судя по гаплотипам, никто их не Снипировал.

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #17 : 24 Июль 2009, 11:59:38 »
Гаплотип потомка Барака (в формате FTDNA):

14 24 15 10 12 14 11 13 12 13 11 29 16 8 8 11 12 30 14 0 28 11 12 12 18

Гаплотип потомка Абулхаира:

14 24 15 11 12 14 11 13 12 13 11 29 16 8 8 11 12 30 14 0 28 11 12 12 17

Отличие двух чингизидов на двух маркерах из 25 (выделено).

Формально это различие составляет примерно 600 лет от общего предка, но погрешность такого расчета по двум гаплотипам составляет как минимум плюс-минус 300-400 лет. По генеалогическим данным их общий предок хан Джанибек (род. до 1428 – умер после 1470), что не противоречит данным ДНК-анализа.

Как Вы получили цифру "600 лет"?

Скорость мутаций 0,002 на маркер на поколение. Скорость мутаций на 25-ти маркерный гаплотип 0,05 на поколение. Поколение 25 лет. Итого имеем 1 мутация в 500 лет.
А как расчитать на "2 шага" я не соображу.

Спасибо.





Оффлайн asan-kaygyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #18 : 24 Июль 2009, 19:15:59 »
Как Вы получили цифру "600 лет"?

Скорость мутаций 0,002 на маркер на поколение. Скорость мутаций на 25-ти маркерный гаплотип 0,05 на поколение. Поколение 25 лет. Итого имеем 1 мутация в 500 лет.
А как расчитать на "2 шага" я не соображу.
Спасибо.
Вообще то считать по двум гаплотпам очень неправильное дело, так как тут случайностей может быть гораздо больше чем при большой выборке, чем просто два гаплотипа. В данном случае я просто предъявил два гаплотипа, чтобы показать, что со старкластером они имеют разные корни.
Оценивал время жизни предка для казахских торе (без жадигер-торе и с ним) Анатолий Клесов, редактор Вестника.

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #19 : 24 Июль 2009, 19:45:04 »
Как Вы получили цифру "600 лет"?

Скорость мутаций 0,002 на маркер на поколение. Скорость мутаций на 25-ти маркерный гаплотип 0,05 на поколение. Поколение 25 лет. Итого имеем 1 мутация в 500 лет.
А как расчитать на "2 шага" я не соображу.
Спасибо.
Вообще то считать по двум гаплотпам очень неправильное дело, так как тут случайностей может быть гораздо больше чем при большой выборке, чем просто два гаплотипа. В данном случае я просто предъявил два гаплотипа, чтобы показать, что со старкластером они имеют разные корни.
Оценивал время жизни предка для казахских торе (без жадигер-торе и с ним) Анатолий Клесов, редактор Вестника.


Насколько я знаю, А. Клесов применяет скорости мутаций, колиброванные на годы жизнии Авраама.

Этот вопрос я рассмотрел здесь.

http://new.chronologia.org/volume8/turin_dnk.php

Кроме того, он напрочь не понимает некоторое очень простые вещи генохронологии.

Это я показал здесь.

http://new.chronologia.org/volume8/turin_genoxp.php

Его рассчеты не могут являться основой для заключения.

"Исходя из всего вышесказанного, мы можем утверждать, что нам стал известен гаплотип казахского хана Джанибека."











Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #20 : 24 Июль 2009, 20:15:34 »
Оценивал время жизни предка для казахских торе (без жадигер-торе и с ним) Анатолий Клесов, редактор Вестника.

Уважаемый asan-kaygy!

А нельзя ли попросить А. Клесова рассказать, как он получил цифру "925 +/-100-200 лет" вот для этих исходных данных.

Цитировать
5 мутаций на трех 25-маркерных гаплотипах показывают, что общий предок всех троих жил 925 лет назад, то есть в конце 1000-х годов, с погрешностью примерно 100-200 лет.

Оффлайн asan-kaygyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #21 : 24 Июль 2009, 21:10:45 »
Уважаемый asan-kaygy!

А нельзя ли попросить А. Клесова рассказать, как он получил цифру "925 +/-100-200 лет" вот для этих исходных данных.

Цитировать
5 мутаций на трех 25-маркерных гаплотипах показывают, что общий предок всех троих жил 925 лет назад, то есть в конце 1000-х годов, с погрешностью примерно 100-200 лет.
Ну вы его адрес знаете, вот и спросите.
Вот тут я с Ерланом подсчитывали:
http://www.elim.kz/forum/index.php?showtopic=2547&st=80
[quote name='Yerlan' date='18.4.2009, 9:04' post='7438']
Жас,
если требуется определить общего предка между 2 ветками (при условии, что они действительно относятся к разным веткам), то сначала надо определить модальный
гаплотип для первой группы.

он будет выглядеть так:
14 24 15 11 12 14 11   13 12 13 11 29 16 8 8 11 12 30 14 - 28 11 12 12 18

для жадигера у нас такой гаплотип:
14 24 15 10 12 14 11 13 12 13 11 29 15 8 8 11 12 29 14 - 29 11 12 12 18

разница в 4 шага на 25 маркеров.
отсюда

4/2/25/0.0027=30 поколений назад

если брать 25 лет на поколение то предок жил 750 лет назад,
если брать 30 лет на поколение то он жил 900 лет назад.

естественно, ошибка может быть приличной ввиду малочисленности данных.
но есть вот такой вот ориентир на данный момент.
общий предок для двух гаплотипов 1ой ветки жил примерно 15 поколений назад.

надеюсь это помогло Вам.
графики и все остальное я могу подготовить к семинару.
[/quote]
[quote name='asan-kaygy' date='18.4.2009, 11:31' post='7439']
Спасибо Ерлан.
У меня получилось немного меньше 750 лет.
Только я модальный не выделял, а считал по общему количеству мутаций (5 мутаций на 25 маркерах).
Как я понимаю версия о шибанидском происхождении жадигер-торе (Джучи - первый общий предок с казахскими торе) потверждается косвенно (пока слишком мало данных, чтоб с твердой уверенностью говоритьь)
А модальныйгаплотип хана Джанибека (к нему восходят две линии казахских торе), я думаю мог быть таков:
14 24 15 10 12 14 11 13 12 13 11 29 16 8 8 11 12 30 14 0 28 11 12 12 18
10 в 4-ом: скорее всего общий для чингизидов, так как у жадигер-торе он тоже 10.
Как вы туть считаете?
Т.о. если между ними (Жанибек и жадигер) всего 3 мутации:
3/2/25/0.0027=22 поколения назад.
22 умножить на 25=550 лет.
П.С. если где у меня в расчетах ошибки, дайте знать.
[/quote]
В статье же я положился на взгляд Клесова о времени жизни предка.

Оффлайн asan-kaygyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #22 : 24 Июль 2009, 21:12:44 »
Насколько я знаю, А. Клесов применяет скорости мутаций, колиброванные на годы жизнии Авраама.

Этот вопрос я рассмотрел здесь.

http://new.chronologia.org/volume8/turin_dnk.php

Кроме того, он напрочь не понимает некоторое очень простые вещи генохронологии.

Это я показал здесь.

http://new.chronologia.org/volume8/turin_genoxp.php

Его рассчеты не могут являться основой для заключения.

"Исходя из всего вышесказанного, мы можем утверждать, что нам стал известен гаплотип казахского хана Джанибека."
А классическая генеалогия вкупе с этими гаплотипами может служить достаточным обоснованием для такого заключения?

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #23 : 24 Июль 2009, 21:18:33 »
А классическая генеалогия вкупе с этими гаплотипами может служить достаточным обоснованием для такого заключения?

Да.

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #24 : 24 Июль 2009, 22:40:55 »
Вообще то считать по двум гаплотпам очень неправильное дело, так как тут случайностей может быть гораздо больше чем при большой выборке, чем просто два гаплотипа.

Это же относится и к рассчету по 2 гаплотипам, отличным на 4 мутации.

С этим я согласен. Только непонятно зачем результаты неправильного дела приводить в научной публикации?
Но это ваше дело.

Ни в коем случае не для спора, а изучения этого генохронологического вопроса ради, приведу свои оценки.

Общий предок: хан Джанибек (род. до 1428 – умер после 1470) – 560 лет назад.

Скорости мутаций: 0,0020 и 0,0027

Гаплотип: 25 маркеров.

Имеем 2 гаплотипа, отличающиеся на 2 маркера (2 мутации).

Требуется оценить время жизни общего предка.

>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Статистическая постановка задачи: на острове поселили мужчину и женщину. Требуется оценить время, когда среди их потомков появятся 3 разных гаплотипа.  Начиная с этого момента, на острове будет хотя бы одна пара гаплотипов, различающаяся на 2 шага.

При скорости мутаций 0,0020 имеем 1 мутацию на 20 поколений.

При скорости мутаций 0,0027 имеем 1 мутацию на 15 поколений.

2 гаплотипа на острове появятся через 20 поколений (15 поколений).

3 гаплотипа – через 30 поколений (23 поколения).

То есть пара гаплотипов, отличающаяся на 2 шага появится НЕ РАНЕЕ чем через 575-750 лет после начала эксперимента.

В принципе Джанибек-прародитель не исключается, хотя он и крайне маловероятен.

Другие оценки тоже проверил этим же способом. Вывод тот же. В принципе не исключается.


Уважаемый asan-kaygy!

Вам спасибо за проявленное терпение. Я действительно слегка занудист. Все выводы в статье вполне обоснованы.

Единственное замечание - скоростям оцененныи по годам жизни библейского персонажа Авраама в научных статьях не место.

Некоректным генехронологическим рассчетам тоже не место.








« Последнее редактирование: 24 Июль 2009, 22:50:25 от АнТюр »

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #25 : 25 Июль 2009, 06:03:00 »

Общий предок: хан Джанибек (род. до 1428 – умер после 1470) – 560 лет назад.

Скорости мутаций: 0,0020 и 0,0027

Гаплотип: 25 маркеров.

Имеем 2 гаплотипа, отличающиеся на 2 маркера (2 мутации).

Требуется оценить время жизни общего предка.

Другое решение задачи
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Статистическая постановка задачи: на острове поселили мужчину и женщину. Требуется оценить время, когда среди их потомков появятся 3 разных гаплотипа.  Начиная с этого момента, на острове будет хотя бы одна пара гаплотипов, различающаяся на 2 шага.

При скорости мутаций 0,0020 имеем 1 мутацию на 20 поколений.

При скорости мутаций 0,0027 имеем 1 мутацию на 15 поколений.

При условии появления у пары 20 (15) сыновей, один из них будет носителем гаплотипа-мутанта.

При условии появления у каждого сына тоже по 20 (15) сыновей среди них будет по 1 носителю гаплотипов мутантовю

То есть во 2-ой генерации на острове появятся пары гаплотипов, отличающиеся на 2 шага.

Время жизни общего предка двух гаплотипов, отличающихся на 2 шага зависит от числа сыновей.


В общем случае оценивать время общего предка двух носителей гаплотипов, различающихся на 1 и более шагов не имеет смысла. Не А. Клесов ли ввел этот ущербный способ в генохронологию?





Оффлайн asan-kaygyАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #26 : 25 Июль 2009, 06:37:56 »
Не он.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 31254
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2336/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #27 : 25 Июль 2009, 08:07:45 »
В общем случае оценивать время общего предка двух носителей гаплотипов, различающихся на 1 и более шагов не имеет смысла. Не А. Клесов ли ввел этот ущербный способ в генохронологию?
Не вполне с Вами согласен.
Генетическую дистанцию следует сопоставлять с количеством рассматриваемых маркеров. Последние же должны быть выбраны без редондантности (сиречь избыточности).

Поясню примером.

Допустим решили выбрать некий набор маркеров в смысле по Балановским. Назову даже их маркёрами. Так вот, допустим решили выбрать некий набор маркёров, определяющий некоторую национальность.
Перечислю их:
1) Это человек.
2) Рук две.
3) Ног две.
4) Глаз два.
5) Глаза карие.
6) Разрез глаз монглоидный.
7) Волосы темные.
8) Лицо скуластое.

Кто-то взял и стал на различиях по этим маркёрам самозабвенно высчитывать время до общего предка.
На самом деле 4 первых маркёра по сути являются одним.
А по остальным особо не разгуляешься. Так как допускают они множественное толкование.

От путанной аллегории перейду к цифрам.

АК немало побаловался расчетам TMRCA  на 6-12 маркерах. Занятие это достаточно бесмысленное. Но не его в том вина. Время такое было. :) Маломаркерное.

По-моему мнению (оно, кстати, совпадает с Вашим), расчет предковых времен на 17-25 маркерах с генетическими дистанциями больше 2-3 - занятие достаточно неблагодарное.

Вот если бы удалось подобрать двадцатку особо быстро мутирующих локусов, то дело другое. Озвучиваю идею народного гаплотипа (в смысле, как Фольксваген) от Centurion и Grigoriev.

Забавы же с 67 маркерными гаплотипами с генетическими дистанциями в 10-15 шагов (для больших и равномерно подобранных выборок) - дело вполне себе ничего.
« Последнее редактирование: 25 Июль 2009, 08:17:33 от Mich Glitch »

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 597
  • Рейтинг +50/-52
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #28 : 25 Июль 2009, 08:43:02 »
Забавы же с 67 маркерными гаплотипами с генетическими дистанциями в 10-15 шагов (для больших и равномерно подобранных выборок) - дело вполне себе ничего.

Мне тоже представляется, что в принципе общего предка считать можно и нужно.

Но обоснование способа расчета и оценки погрешностей должны быть сделаны правильно.

Первый шаг. Выбор статистической модели.

Второй шаг. Рассмотрение свойств статистической модели.

Третий шаг. Оценка достоверности получаемых результатов.

Четвертый шаг. Формулирвание четкого генохронологического смысла получаемых результатов.

Если бы я взялся решить эту задачу, то поступил бы просто: создал "дубовую" цифровую модель с самым обычным генератором случайных мутаций. У этой модели всего 3 задаваемых параметра - количество маркеров, скорость мутаций и количество сыновей на генерацию. На выходе эта модель  давала бы гаплотипы 1-й генерации, 2-й генерации, 3-й генерации, ...

Далее все просто. Например датируем общего предка двух гаплотипов, которые отличаются на 4 мутации. Все "модельные" генерации проверяем на % гаплотипов, отличающиеся на 4 мутации. Получаем. N-генерация - 0,01%, N+1 генерация - 0,12%, ...., N+20 - 11,23%, .....
Это и есть решение генохронологической задачи.

С вероятностью 0,0001 общий предок двух гаплотипов, которые отличаются на 4 мутации, отстоит от их носителей на N генераций.

С вероятностью 0,1123 общий предок двух гаплотипов, которые отличаются на 4 мутации отстоит от их носителей на N+20 генераций.

Ограничим вероятность, например, 0,01, мы получаем TMRCA.

Это абсолютно корректное решение задачи. По его результатам мы имеем год TMRCA и его вероятность.

По эти данным абсолютно корректно решается задача отнесения двух гарлотипов, которые отличаются на 4 мутации, напримр, к Джанибеку. Он отстоит от современности на M генераций. Суммируем все вероятности отнесения гаплотипов к генерацияи < или = М. Получаем, что Джанибек является прародителем с вероятностью 0,34.


















« Последнее редактирование: 25 Июль 2009, 09:22:56 от АнТюр »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 31254
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2336/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Гаплотип чингизидов
« Ответ #29 : 25 Июль 2009, 08:54:32 »
Это абсолютно корректное решение задачи. По его результатам мы имеем год TMRCA и его вероятность.
Нет не вполне корректное и излишне усложненное.
Если говорить о вероятности, то попробуйте использовать свою методу для вычисления выигрыша в 3, 4, 5 и 6 номеров из 49.
Если говорить о статистических методах, то вполне достаточно высчитать с заданной доверительной вероятностью скорость мутаций.

Простой "дубовой" модели никак не получится.

Единственное по настоящему разумное решение, это увеличение рассматриваемых сэмплов и количества анализируемых маркеров.
То есть моя любимая песня о том, что тестирование - первично, а клесовщина - вторично.

Не метод используемый плох, а данных исходных мало.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100