АвторТема: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME  (Прочитано 14127 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5025
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2230/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #30 : 25 Апрель 2012, 10:05:24 »
можно ли сваять такой калькулятор, шоб только гаплотипы вставлять. Только гаплотипы. Без китов, имён и пр. х. То есть как в предикторе Вадима Урасина.
Для метода МВП (выборочных пар) необходимо предварительно разбить гаплотипы на ветви. Используем любую программу (TNT, Murka и тп).
Вы можете воспользоваться более простыми методами, не требующими предварительной подготовки:
1) Классический ASD
2) Линейный метод
Для этих вариантов достаточно ввести гаплотипы без номеров, имен, номеров ветвей. Только маркеры)
Только непременное условие: первые три столбца в таблице данных должны присутствовать, пусть и пустыми.
Сделано для обеспечения совместимости вводимых данных между разными модулями расчета.
Цитировать
в годах и поколениях.
Модули считают только количество мутаций. Окончательного преобразования в поколения и года нет. По причине отсутствия общепринятых цифр.
Одни считают поколение равным 25, другие 30 и тд. Какие константы использовать при расчетах? Поэтому последний этап отдан на откуп пользователям.
Чуть выше, уважаемый Александр очень подробно описал метод перевода полученного значения в поколения и года.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5025
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2230/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #31 : 25 Апрель 2012, 10:10:02 »
Мужики, я конечно извиняюсь. Я отношусь к быдлу, чьи интересы и отстаиваю. Просьба такая: можно ли сваять такой калькулятор, шоб только гаплотипы вставлять. Только гаплотипы без китов, имён и пр. х. Как в предикторе Вадима Урасина.

Например, берём два гаплотипа, кидаем в калькулятор, жмём кнопку с надписью "А ну считай ВБОП нах" и на выходе получаем ВБОПы по разным методам, в годах и поколениях.

А мне хотелось бы, чтобы совсем уж просто: вставляем не значения маркеров, а названия гаплотипа. Типа ФТДНАшного, скажем, 192316, или ИгрекСёчного, к примеру, GA89T.

Чтобы от пары, до сотни. Ну, не до сотни, хотя бы штук до 30.
В связи с некоторыми трудностями такой реализации, подобное нововведение маловерояно в ближайшем будущем.
Тем более скопировать нужные гаплотипы в таблицу, "причесать" и сохранить в CSV - дело пары минут.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #32 : 25 Апрель 2012, 11:29:54 »
Модули считают только количество мутаций. Окончательного преобразования в поколения и года нет. По причине отсутствия общепринятых цифр.
Одни считают поколение равным 25, другие 30 и тд. Какие константы использовать при расчетах? Поэтому последний этап отдан на откуп пользователям.
Уважаемые пользователи данного софта, мне кажется, что разделение процесса вычисления ВБОП на два этапа - вычисление кол-ва накопившихся мутаций, и пересчет этого кол-ка в ВБОП, методически правильно. Когда мы вычисляем мутации, то не используем ни понятия времени, ни понятия частоты ("скорости") мутаций, а только сравниваем между собой гаплотипы. И если мы количество мутаций вычислим верно, то этот результат можно будет отлить в бронзе и долго использовать. А вот второй этап - пересчет в ВБОП зависит от ряда факторов, учет которых сопровождается собственными погрешностями. И "мировые" константы, которые мы используем на втором этапе пересчета, явно будут еще некоторое время меняться.
« Последнее редактирование: 26 Апрель 2012, 11:30:27 от Каржавин »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #33 : 28 Апрель 2012, 15:11:56 »
А почему калькулятор не показывает возраст в годах?

Как это потом использовать например новичку?

number of haplotypes: Nh = 8
number of markers: Nmrk = 35

number of pairs (Nh*Nh-Nh)/2 m = 28
number of mutations in all haplotype: ASDc = 14,8214285714
number of mutations in own marker: ASDcmrk = 0,423469387755

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5025
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2230/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #34 : 28 Апрель 2012, 15:40:09 »
А почему калькулятор не показывает возраст в годах?

Как это потом использовать например новичку?

number of haplotypes: Nh = 8
number of markers: Nmrk = 35

number of pairs (Nh*Nh-Nh)/2 m = 28
number of mutations in all haplotype: ASDc = 14,8214285714
number of mutations in own marker: ASDcmrk = 0,423469387755
Постом выше, уважаемый Каржавин, ответил на этот вопрос.
Когда будет известна общепринятая "скорость мутаций", только тогда можно будет включить в расчеты следующий этап - расчет ВБОП в поколениях.
Так что пока, пользователю предоставлена уникальная возможность - разделить два числа самостоятельно :)

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19287
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1353/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #35 : 28 Апрель 2012, 15:51:42 »
а нельзя просто разброс давать в годах используя сразу 25 и 30 лет, типа 2500-3000 лет?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5025
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2230/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #36 : 28 Апрель 2012, 16:06:31 »
а нельзя просто разброс давать в годах используя сразу 25 и 30 лет, типа 2500-3000 лет?
Попробуйте посчитать с mutation rate, равной 0.00179, 0.002, 0,0025 и 0.0023, а потом каждый полученный результат умножить на 25, 27, 30 и 32 года.
Как я понимаю, получается очень большой разброс полученных значений.
Ну и под конец, учтем сигму поправки на ошибки - 10%.
:)
Можно конечно "вшить" константы:
Mrate - 0.0023
Поколение - 32 года.
Что на это скажут уважаемые форумчане?
PS пишу с телефона. Прошу прощения за возможные неточности.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31154
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2325/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #37 : 28 Апрель 2012, 16:17:21 »
Mrate - 0.0021

Поколение 30 лет.

32 года это проверенная величина на глубине 12-15 поколений. Всё-таки кажется, что раньше интервалы были покороче, да и жили поменьше. 0.0021 - реверанс в сторону Соренсона. Пусть и по 43 (34 маркерам), зато самая большая статистика.

Не претендую на окончательность решения. Во всяком случае в моем подходе просматриваются какие-то начатки методологии.   :)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #38 : 28 Апрель 2012, 17:23:47 »
так где реальный пример что на что умножать? хорошо бы его поместить там на сайте в описание. иначе никто кроме избранных не сможет применить полученные значения

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31154
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2325/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #39 : 28 Апрель 2012, 23:46:58 »
так где реальный пример что на что умножать? хорошо бы его поместить там на сайте в описание. иначе никто кроме избранных не сможет применить полученные значения

Сдаётся мне, что Semargl вносит необходимые дополнения.  :)

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5025
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2230/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #40 : 29 Апрель 2012, 14:39:09 »
так где реальный пример что на что умножать? хорошо бы его поместить там на сайте в описание. иначе никто кроме избранных не сможет применить полученные значения

Сдаётся мне, что Semargl вносит необходимые дополнения.  :)
Я нахожусь очень далеко от цивилизации. Поэтому все изменения будут позднее :)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6006
  • Страна: ru
  • Рейтинг +945/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #41 : 02 Май 2012, 10:41:49 »
Калькулятор работает на любом произвольном наборе маркеров или необходимо использовать стандартные последовательности 12, 25, 37, 67, 111 маркеров от FTDNA?
Можно ли считать ВБОП по 17 маркерам Y-Filer? Порядок маркеров в Y-Filer имеет значение?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5025
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2230/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #42 : 02 Май 2012, 10:50:06 »
Калькулятор работает на любом произвольном наборе маркеров или необходимо использовать стандартные последовательности 12, 25, 37, 67, 111 маркеров от FTDNA?
Можно ли считать ВБОП по 17 маркерам Y-Filer? Порядок маркеров в Y-Filer имеет значение?
Последовательность маркеров не имеет значения.
Важно только чтоб весь набор данных имел одну последовательность маркеров.
Считать можно и на 17-ти маркерах, но важно помнить что более длинные гаплотипы, дают бОльшую точность при расчетах.
И не забывайте следить за тем, чтоб в наборе гаплотипов, не появлись делеции, иначе очень удивитесь результатам ;)

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #43 : 02 Май 2012, 11:50:56 »
Mrate - 0.0021

Поколение 30 лет.

32 года это проверенная величина на глубине 12-15 поколений. Всё-таки кажется, что раньше интервалы были покороче, да и жили поменьше. 0.0021 - реверанс в сторону Соренсона. Пусть и по 43 (34 маркерам), зато самая большая статистика.
Думаю, что данное уточнение можно использовать следующим образом: если исследуем исторические генеалогиии, то берем 32 года, а если мы ищем какого-то очень глубокого начального предка, то берем 30 лет (а я бы вообще взял 25-28, поскольку лично нашел несколько генеалогий, у которых на протяжении 5-7 поколений средняя длительность поколения была, насколько сейчас помню, менее 25 лет).
Или сделать экспоненциальную аппроксимацию, которая скажем, дает на начальном этапе 32 года, и 25 лет для 200 поколений. А ассимптотическое значение, например, взять как у шимпанзе (некоторые ведь на "Родстве" считают, что люди от них произошли). Как-то так.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #44 : 02 Май 2012, 12:52:15 »
Цитировать
И не забывайте следить за тем, чтоб в наборе гаплотипов, не появлись делеции
null (0) в реале это не делеция

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100