Классический ASD и линейный методы будут введены позднее. Думаю сделать для каждого метода отдельную страницу, дабы не мешать все в одну кучу.
Моё мнение, как раз в кучу и смешать. Вернее сделать таблицу, в которой на одну выборку будут выдаваться результаты в разных методах. Смысл - появится возможность сравнить полученное. Было бы весьма наглядно.
Про rho - опишите метод подсчета.
Увы, пользуюсь исключительно скриптом ув. Овода в ТНТ. Тут ещё придётся поразмышлять. Всё равно ведь, для МВП требуется построение дерева (на первом этапе), чтобы выявить прикорневые ветви и заполнить столбец №3 калькулятора. Если строить в ТНТ, то заодно и скрипт можно было бы задействовать. Он же и выдаёт результат, только в виде тегов (?) В отдалённой перспективе было бы хорошо, поиметь некий скрипт (ТНТ или Мурки), с помощью которого выявлять прикорневые ветви дерева, и столбец №3 заполнять автоматом. А то уже при сотне гаплотипов в выборке разблюдовать гаплотипы по прикорневым ветвям - дело не простое, а главное, требует напряжённого внимания.
Написание мануалов для меня очень неподъемное дело))) Вот уважаемая Пенелопа обещалась помочь...
Может Вы черканете пару строк?)
Нет, это к авторам. Боюсь, что ни я ни ув. Пенелопа с пояснениями не справится. Да и некорректно перебивать авторов.
По этому же пункту (обращаюсь уже к ув. С. Каржавину), то есть не по мануалу, а по физике методов, предложил бы написать побольше.
В частности, обязательно дать формулы подсчётов, как в МВП, так и в квадратичном методе. А то мы уже сталкивались с тем, что, например, в данном калькуляторе расчёт ведётся по стандартному отклонению (делим на N-1), а некоторые учёные рассчитывают по среднеквадратичному отклонению (делим на N). В итоге при малых выборках получается заметная разница в TMRCA (на больших N, конечно, её не заметно).
Ну и по предковому гаплотипу сказать пару слов, типа, как считается.
Наверное, и по линейному методу формулу дать придётся.
Далее. Хочешь - не хочешь, а просто по мутациям в результат врубиться трудно. Нужен переход в число поколений (делим на ср. частоту) и к временам (умножаем на timelife). При подсчётах с большим числом нудных однообразных вычислений довольно стрёмно считать мутации, потом где-то ещё - поколения и т.д. Всё должно быть в одном месте.
Предлагаю подумать над некоей таблицей, в которой будут результаты и в мутациях и в поколениях и в годах (и для разных методов). Ввести некие окошки, в которые вбивать вручную желаемые величины частот и времён жизни.
Главный момент.Найти этот пост и перейти по ссылке - трудно. Я с большой задержкой и случайно сюда зашёл. Сделать бы отдельную тему что ли, или отрекламировать где-то. А то и откликов нет. А ведь дело весьма полезное и может быть интересно многим.