АвторТема: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME  (Прочитано 15069 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5175
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2385/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #60 : 23 Декабрь 2016, 16:10:34 »
калькулятор умер?
трансформировался в более юзабельный инструмент  ;D

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 991
  • Страна: ru
  • Рейтинг +161/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #61 : 23 Декабрь 2016, 18:46:04 »
Прошу прилепить ссылку )))

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5175
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2385/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5175
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2385/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #63 : 17 Январь 2017, 17:23:53 »
Сравнение по ветви Y19809 для 20 человек (возраста округляю):
Согласно YFull возраст ветви 2700 лет.
Согласно Семаргл, где заложено поколение в 25 лет, возраст ветви 1700 лет.
Согласно Семаргл, если взять поколение в 30 лет (что я считаю более верным), возраст ветви 2000 лет.
Ни в коей мере не умаляя профессионализм разработчиков YFull и Семаргл напрашивается вопрос, где более верный ориентир?
В данном случае более точный подсчет по снипам, в этом случае исключается влияние гомоплазии. И посмотрите, может вы вставили в расчет близкие гаплотипы, имеющие более раннего предка, чем возраст самой ветви. И на вашем скриншоте указан возраст поколения в 40 лет...

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 991
  • Страна: ru
  • Рейтинг +161/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #64 : 17 Январь 2017, 19:10:11 »
Ринат
Наверное, проблема не в самом поколенном интервале, а либо в методике, либо в других константах? Если взять другую частоту мутаций (в чем она? мут./пок. или мут./год?)? ???

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5175
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2385/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #65 : 17 Январь 2017, 19:46:43 »
Приведу реальный пример гомоплазии. Есть мой совпаденец на расстоянии 6/67 и есть другой человек, на расстоянии 10/67. Тот что казался ближе по STR маркерам на самом деле оказался значительно дальше от меня, из другой ветви. Если считать по STR маркерам напрямую, то результат очевиден.
Возможные проблемы в вашем случае:
1) Вы взяли не все гаплотипы, принадлежащие этой ветви. Допустим, пример с R1a-Z280 - вы хотите рассчитать возраст снипа Z280 по СТР маркерам, но для расчетов берете десяток гаплотипов из одной из дочерних ветвей - YP951. В результате получаете возраст дочерней YP951, а не Z280. Это образно, но пример я думаю понятен.
2) Вы пользуетесь 29 маркерными гаплотипами, а скорость оставили по умолчанию для 37 маркерных... Тоже понятно. Именно для таких вот "рандомных" настроек и сделаны поля для ввода нужных скоростей.

Применяемая вами скорость мутаций взята у А. Клесова и поколение в 25 лет в данном конкретном случае является константой, не связанной с реальными поколениями. Более подробно читайте в соответствующих темах.
Некоторую информацию можно посмотреть тут:
тема про этот калькулятор - http://forum.molgen.org/index.php/topic,4118.30.html
раздел про TMRCA - http://forum.molgen.org/index.php/board,49.0.html

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1386/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #66 : 18 Январь 2017, 20:03:00 »
Странный вывод, вроде Семаргл все рассказал ))

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #67 : 18 Январь 2017, 20:16:41 »
Спасибо за ответ, из него следует что у вас нет возможности или желания корректировать настройки mutation rate под ВБОП в соответствии со схемой YFull, из этого следует что построения схем ВБОП Семаргла морально устарела.

Нет не следует. Речь идёт об изначальных ограничениях метода.
Об этом говорено-переговорено, но от многих мысль ускальзает. Не поддаётся осмыслению.

Ещё раз про ВБОПы. Опять, как дорогой наш товарищ Иисус Христос, расплывчатыми аналогиями.    :)

Некоторым представляется, что оценить время передвижения из пункта А в пункт Б - задача совершенно пустячная. Взял себе расстояние, разделил на скорость - и вуаля!

А теперь представьте, что некто идёт через лес. Не все ориентируются по звёздам, солнцу и мху на пнях в равной степени хорошо. Уровень физической подготовки у ходоков разный.
Можно в качестве базового предположения допустить, что движение идёт по наикратчайшему пути - но это только допущение для упрощения расчётов.
Можно по результатам статобработки большого массива путешественников исчислить среднюю скорость передвижения. Но скорость в каждом отдельном случае - индивидуальна.
Если мы хотим выяснить когда, из какой точки, по каким маршрутам разошлась группа туристов, по которым есть только их нынешние положения - вариантов может быть бесконечное множество.

Процесс наследования не такой хаотичный, но в рамки строго формального описакния ОДНОЙ ФОРМУЛОЙ не влазит.

Поэтому подгонка только скоростей мутаций - особого счастья Вам не даст.      :(

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #68 : 18 Январь 2017, 20:22:24 »
Коллеги кто ни будь при построении схем до общего предка по Семарглу сталкивался с проблемой не соответствия данных Семаргла и YFull, либо у вас совпали эти параметры, и на сколько у вас разночтения между этими данными?

Можно говорить только о том, насколько реальные данные совпадают с ИНТЕРВАЛАМИ значений.
Данные по снипам (ИгрекФулл) - точнее. По СТРам - менее точны.
Т.е., условно, скажем реальный ВБОП 7 поколений, а ИгрекФулл с 95% вероятностью даёт интервал от 6 до 10 поколений. 7 поколений - в эту вилку попало. Ну, а по СТРам, допустим, для тех же 95% имеем разброс 7-12 поколений. Вроде и вилку попали. Но по граничному интервалу. Да, и сам интервал шире (т.е. предсказание более расплывчато.)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #69 : 18 Январь 2017, 20:26:54 »
В предыдущем сообщении коснулся только временных оценок.
Выстроение дерева (филогинетического, генеалогического) - вещь ещё более сложная. Проверить насколько выстроенное дерево соответствует истинному - почти не представляется возможным. Даже с учётом дДНК. Даже с разрастанием базы.
Можно получить только наиболее вероятный вариант на основе каких то аксиом.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #70 : 18 Январь 2017, 20:42:13 »
Важно что, чтобы в настоящем времени Семаргл обозначил степень погрешности его инструмента, тогда, никаких вопросов не будет (возможно).

Так ведь всё перед глазами. (Возьму для иллюстрации ИгрекФулл, который БОЛЕЕ ТОЧЕН, чем метод попарных сравнений.)
Картинка:


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #71 : 18 Январь 2017, 20:46:52 »
95% значений находятся в интервале от 375 лет тому назад до 1150 л.т.н.

Наиболее вероятным является 750 л.т.н. 

Это наиболее вероятное не должно вводить в клёсовский искус (т.е. в такое состояние, когда всё понятно изначально и сомнения неведомы).
Вероятность (событийная; разовая) того, что ВБОП равен именно 750 л.т.н. отличается от, скажем, 500 л.т.н на тысячные доли процента.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #72 : 18 Январь 2017, 20:52:33 »
А подгонка скоростей мутации даст шанс на корректировку с данными по снипам YFull, которые сейчас в фаворе.

Опять двадцать пять.    >:(

Как в советском анекдоте: да, всё я понял про ихний трактор, только немного не ясно, куда в него лошадей впрягать.       :-\


То что Вы называете подгонкой, именуется калибровкой скоростей мутаций.
И калибруется она, естественно, не для одного ПРИБЛИЗИТЕЛЬНОГО метода по другому ПРИБЛИЗИТЕЛЬНОМУ методу (это называется рекуррентный подход). Калибровку делают по реальным данным.

Есть два основных способа:

1. По глубоким документальным родословиям.

2. По парам отец-сын.

А далее ... см. что уже наговорено выше.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #73 : 18 Январь 2017, 20:58:40 »
Вопрос не в этом, а в обяснении степени достоверности того или иного инструмента, и насколько принимать его за аксиому.

Зарекался объяснять азы. Быстро срываюсь на обзывалки. За пять минут человека грамотным не сделаешь.

Но всё же.

Речь не о достоверности инструмента. Это, пардон, полная хрень. Бессмыслица.

Речь об аксиомах. Аксиома - это базовое утверждение, принимаемое без доказательств. Утверждение, на основе которого затем выстраиваются все логические построения.

Решили мы, что две параллельные прямые никогда не пересекаются - получили Эвклидову геометрию. Ту, что в школе учили.
Допустили, что где-то в бесконечности параллельные прямые МОГУТ пересечься (а могут и нет) - получили геометрию Лобачевского.

Основная аксиома филогении, что связи идут наиктратчайшими путями. Ежу понятно, что на самом деле это не так. Но данная аксиома вынужденная. И по большим массивам вроде как результаты совпадают с истинными.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33375
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2694/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #74 : 18 Январь 2017, 21:16:45 »
на сколько верными можно считать инструменты Семаргла и YFull?

Только по ИгрекФулл (не вдаваясь НАПРАСНО в объяснения о том, почему он точнее).
Только по конкретному ВБОПу (тому что на картинке выше).
Имеем следующую оценку верности 750±390 лет тому назад. (Заметил, что некоторым почему-то ± кажется понятнее вероятностных оценок.)      :)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100