АвторТема: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME  (Прочитано 13849 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 4963
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2153/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #45 : 05 Май 2012, 09:03:10 »
Разместил небольшой мануал от авторов.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #46 : 05 Май 2012, 11:25:50 »
Разместил небольшой мануал от авторов.
Интересно было бы получить мнение форумчан о пользе мануала.
Очевидно, что раздел с формулами необходим, как проясняющий суть.
И всё-таки раздел пояснений (мануала), в котором описывается переход от мутаций к годам нуждается в комментариях более широкого круга специалистов. Если для среднего интервала жизни поколения вариантов не густо, то для частот неопределённость велика. Для разных длин гаплотипов и для разных гаплогрупп частоты варьируются.
Господа, поделитесь соображениями.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #47 : 15 Май 2012, 17:09:20 »
Небольшое замечание по калькулятору.
При оценке МВП только для пары гаплотипов, принадлежащих разным ветвям, возникает предупреждение: "Неверно! Набор гаплотипов не должен относиться к одной ветви! Ветвей должно быть минимум две!".
Скорее всего просто алгоритм под 2 гаплотипа не работает, и предупреждение должно быть другим, типа "мало гаплотипов"?

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #48 : 15 Май 2012, 18:24:51 »
Небольшое замечание по калькулятору.
При оценке МВП только для пары гаплотипов, принадлежащих разным ветвям, возникает предупреждение: "Неверно! Набор гаплотипов не должен относиться к одной ветви! Ветвей должно быть минимум две!".
Скорее всего просто алгоритм под 2 гаплотипа не работает, и предупреждение должно быть другим, типа "мало гаплотипов"?
Странное предупреждение. Для двух гаплотипов (по одному из каждой ветви) "Метод выборочных пар" должен работать.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 4963
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2153/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #49 : 15 Май 2012, 19:17:05 »
Хм. Я так сделал специально.
Александр прав.
Ведь насколько я понимаю, минимальный набор данных, при котором нужно использовать "Метод выборочных пар" - 3 гаплотипа.
Два гаплотипа это уже не ветви, а черенок от лопаты )
Для двух гаплотипов нужно использовать ASD или линейный метод.
Ну не просто же так я сделал отдельный раздел для каждого метода подсчета.

А насчет ущербного вывода причин ошибок - это моя недоделка. Я не стал делать отдельное предупреждение для каждого вида ошибок, а просто завернул все на один общий обработчик исключений.
Если требуется, то могу дописать в выводимое информационное сообщение: "... или мало гаплотипов"

Я себе дал обещание, как только вернусь из отпуска - обязательно "причешу" модули расчета ВБОП до приемлемого уровня.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #50 : 15 Май 2012, 23:19:15 »
Хм. Я так сделал специально.
Александр прав.
Ведь насколько я понимаю, минимальный набор данных, при котором нужно использовать "Метод выборочных пар" - 3 гаплотипа.
Два гаплотипа это уже не ветви, а черенок от лопаты )
Для двух гаплотипов нужно использовать ASD или линейный метод.
На самом деле для 2-х гаплотипов и линейный и классический методы также будут безбожно врать, точнее, разброс оценки будет также велик, как и для метода выборочных пар. Поэтому для 2-х гаплотипов можно использовать Метод выборочных пар.
Именно одновременно и независимо для одного и того же набора гаплотипов можно использовать все три метода. Другое дело, что метод выборочных пар по сравнению с классическим и линейным методами дополнительно требует предварительной филогенической обработки совокупности гаплотипов и разделения их на ветви. Такова плата за более точную оценку ВБОП.
Забавно то, что для двух гаплотипов мы АВТОМАТИЧЕСКИ имеем БЕЗОШИБОЧНОЕ филогеническое решение: две ветви, в каждой из которых по одному гаплотипу  ;D. Таким образом, для двух гаплотипов оценка ВБОП по методу выборочных пар должна быть вроде бы лучше, чем для классического метода. Но с другой стороны, если посмотреть на вычислительные формулы МВП и классического методов, то для двух гаплотипов формула МВП вырождается и совпадает с формулой для классического метода ;D

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #51 : 16 Май 2012, 09:29:46 »
Я себе дал обещание, как только вернусь из отпуска - обязательно "причешу" модули расчета ВБОП до приемлемого уровня.
Наверное, обещание несколько преждевременное. Калькулятор работает - пока это главное. А с исправлениями, наверное, нужно подождать. Пока не наберётся хотя бы несколько откликов. Пока интерес явно нулевой. А доделок можно кучу напредлагать - была бы польза...

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #52 : 16 Май 2012, 10:33:12 »
Калькулятор работает - пока это главное. А с исправлениями, наверное, нужно подождать. Пока не наберётся хотя бы несколько откликов. Пока интерес явно нулевой.
Я тоже думаю, что главное - это то, что Калькулятор есть и работает. А вот то, что интерес к нему пока нулевой, не соглашусь. Несколько уважаемых форумчан им уже воспользовались.  :)

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19274
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1347/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #53 : 16 Май 2012, 10:40:41 »
Скоро обращусь к калькулятору. Пишу статью про свои изыскания. Теперь после дерева на которое сильно не влияет гомоплазия можно считать.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5995
  • Страна: ru
  • Рейтинг +942/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #54 : 05 Июнь 2012, 20:23:57 »
Вопрос по МВП. Как быть если ветвь ветвится не очень правильно? Пример. Интересует исходная совокупность гаплотиров, связанных генеалогически,которая сразу делится на две ветви из которых одна состоит из одного ггаплотипа. В этом случае калькулятор отказывается работать.
Что есть ветвь для целей метода? Можно ли две подветви, на которые распадается одна ветвь обозначить отдельными номерами в наборе данных?
Т.е. примерно так:
1 ветвь (один гаплотип) и 2 (все остальные, до точки ветвления), далее от точки ветвления ветви № 2 отходят ветви № 3 и № 4. Так будет правильно?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5995
  • Страна: ru
  • Рейтинг +942/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #55 : 05 Июнь 2012, 21:55:30 »
Пример расчетов в калькуляторе Семаргла - http://forum.molgen.org/index.php/topic,3916.msg143324.html#msg143324
Хотелось бы на этом примере разобрать характерные ошибки пользователей и ограничения в применении различных методов расчетов.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #56 : 06 Июнь 2012, 13:34:41 »
Что есть ветвь для целей метода? Можно ли две подветви, на которые распадается одна ветвь обозначить отдельными номерами в наборе данных?
Т.е. примерно так:
1 ветвь (один гаплотип) и 2 (все остальные, до точки ветвления), далее от точки ветвления ветви № 2 отходят ветви № 3 и № 4. Так будет правильно?
Все исследуемые ветви должны укореняться в одного и того же предка.
Если, скажем, есть две ветви от начального предка (№1 и №2), а потом, скажем, от второй ветви отделяются ветви №3 и №4, в итоге гаплотипы делятся на ветви №1, №2, №3 и №4. Но для метода МВП нужно гаплоптипы ветви №1 обозначить как принадлежащие ветви №1, а гаплотипы ВСЕХ ОСТАЛЬНЫХ ветвей (№2,№3,№4) обозначить как ветвь №2. В этом случае получится правильный результат. Если гаплотипы для метода МВП обозначить номерами ветвей №1,№2,№3,№4, то результат получится неверный.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7885
  • Страна: kz
  • Рейтинг +681/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #57 : 27 Декабрь 2013, 20:55:51 »
С 2012 года изменения в калькуляторе ТМРСА были?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 4963
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2153/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #58 : 28 Декабрь 2013, 15:05:42 »
С 2012 года изменения в калькуляторе ТМРСА были?
Нет. Можно улучшить юзабельность, но пока нет на это времени.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 970
  • Страна: ru
  • Рейтинг +151/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #59 : 23 Декабрь 2016, 14:39:23 »
калькулятор умер?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100