АвторТема: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME  (Прочитано 14313 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #15 : 24 Апрель 2012, 14:05:21 »
По черновому подключил новый модуль к сайту.
Можно попробовать. Ну и приветствуются пожелания о выводе какой-либо дополнительной информации.
"Красивости" будут позднее.
Модуль запущен в эксплуатацию)
Спасибо за нововведение. Проверил модуль - работает. Это очень удобно!
Есть пара замечаний.
В пояснениях:
1) "Третий столбец - номер ветви. Обязательно!"  - для тех, кто не совсем в курсе вряд ли будет понятно, что за номер; отсылка к RJGG - формальность, сомневаюсь, что кто-то начнёт читать. Полагаю, что нужно написать немного подробнее, пусть где-то сбоку. Во-первых, что только ветви от корня рассматриваются. Во-вторых немного сути про выборочные пары - пара-тройка предложений не повредит.
2) По сути это калькулятор. Подсчёт пойдёт несколькими методами, как бы на выбор (может ещё rho задействовать?). для прочих методов номер ветви не обязателен (и даже не нужен). Однако столбец во входном файле остаётся по-любому. Это бы оговорить в пояснениях. Кстати, в заголовке указан только МВП, про прочие ничего не сказано.
3) Обычно данные берутся из экселя. А тут нужно ещё точки с запятой расставить. Считаю полезным пояснить, как это сделать удобнее.

И ещё, ссылка на калькулятор в сообщении №383 не работает. Но она же из сообщения 385 почему-то работает нормально.

Онлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5043
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2246/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #16 : 24 Апрель 2012, 14:19:48 »
Добавил небольшой обработчик ошибок. При вводе неправильных данных, пользователю будет сообщено в чем заключается ошибка.
3) Обычно данные берутся из экселя. А тут нужно ещё точки с запятой расставить. Считаю полезным пояснить, как это сделать удобнее.
ЕМНИП В экселе, в меню файл -> сохранить как -> выбрать CSV
или экспорт -> CSV
Вроде так.
Цитировать
И ещё, ссылка на калькулятор в сообщении №383 не работает. Но она же из сообщения 385 почему-то работает нормально.
Исправил.
Цитировать
2) По сути это калькулятор. Подсчёт пойдёт несколькими методами, как бы на выбор (может ещё rho задействовать?). для прочих методов номер ветви не обязателен (и даже не нужен). Однако столбец во входном файле остаётся по-любому. Это бы оговорить в пояснениях. Кстати, в заголовке указан только МВП, про прочие ничего не сказано.
Классический ASD и линейный методы будут введены позднее. Думаю сделать для каждого метода отдельную страницу, дабы не мешать все в одну кучу.

Про rho - опишите метод подсчета. Моя почта у Вас есть.
Цитировать
1) "Третий столбец - номер ветви. Обязательно!"  - для тех, кто не совсем в курсе вряд ли будет понятно, что за номер; отсылка к RJGG - формальность, сомневаюсь, что кто-то начнёт читать. Полагаю, что нужно написать немного подробнее, пусть где-то сбоку. Во-первых, что только ветви от корня рассматриваются. Во-вторых немного сути про выборочные пары - пара-тройка предложений не повредит.
Написание мануалов для меня очень неподъемное дело))) Вот уважаемая Пенелопа обещалась помочь...
Может Вы черканете пару строк?)

Онлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5043
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2246/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #17 : 24 Апрель 2012, 15:36:23 »
Добавил модуль расчета TMRCA по классическому методу ASD.
На очереди линейний метод расчета ВБОП.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #18 : 24 Апрель 2012, 18:21:42 »
Классический ASD и линейный методы будут введены позднее. Думаю сделать для каждого метода отдельную страницу, дабы не мешать все в одну кучу.
Моё мнение, как раз в кучу и смешать. Вернее сделать таблицу, в которой на одну выборку будут выдаваться результаты в разных методах. Смысл - появится возможность сравнить полученное. Было бы весьма наглядно.
Про rho - опишите метод подсчета.
Увы, пользуюсь исключительно скриптом ув. Овода в ТНТ. Тут ещё придётся поразмышлять. Всё равно ведь, для МВП требуется построение дерева (на первом этапе), чтобы выявить прикорневые ветви и заполнить столбец №3 калькулятора. Если строить в ТНТ, то заодно и скрипт можно было бы задействовать. Он же и выдаёт результат, только в виде тегов (?)  В отдалённой перспективе было бы хорошо, поиметь некий скрипт (ТНТ или Мурки), с помощью которого выявлять прикорневые ветви дерева, и столбец №3 заполнять автоматом. А то уже при сотне гаплотипов в выборке разблюдовать гаплотипы по прикорневым ветвям - дело не простое, а главное, требует напряжённого внимания.
Написание мануалов для меня очень неподъемное дело))) Вот уважаемая Пенелопа обещалась помочь...
Может Вы черканете пару строк?)
Нет, это к авторам. Боюсь, что ни я ни ув. Пенелопа с пояснениями не справится. Да и некорректно перебивать авторов.

По этому же пункту (обращаюсь уже к ув. С. Каржавину), то есть не по мануалу, а по физике методов, предложил бы написать побольше.
В частности, обязательно дать формулы подсчётов, как в МВП, так и в квадратичном методе. А то мы уже сталкивались с тем, что, например, в данном калькуляторе расчёт ведётся по стандартному отклонению (делим на N-1), а некоторые учёные рассчитывают по среднеквадратичному отклонению (делим на N). В итоге при малых выборках получается заметная разница в TMRCA (на больших N, конечно, её не заметно).
Ну и по предковому гаплотипу сказать пару слов, типа, как считается.
Наверное, и по линейному методу формулу дать придётся.

Далее. Хочешь - не хочешь, а просто по мутациям в результат врубиться трудно. Нужен переход в число поколений (делим на ср. частоту) и к временам (умножаем на timelife). При подсчётах с большим числом нудных однообразных вычислений довольно стрёмно считать мутации, потом где-то ещё - поколения и т.д. Всё должно быть в одном месте.
Предлагаю подумать над некоей таблицей, в которой будут результаты и в мутациях и в поколениях и в годах (и для разных методов). Ввести некие окошки, в которые вбивать вручную желаемые величины частот и времён жизни.

Главный момент.
Найти этот пост и перейти по ссылке - трудно. Я с большой задержкой и случайно сюда зашёл. Сделать бы отдельную тему что ли, или отрекламировать где-то. А то и откликов нет. А ведь дело весьма полезное и может быть интересно многим.
« Последнее редактирование: 24 Апрель 2012, 19:11:20 от Alexander »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #19 : 24 Апрель 2012, 18:33:59 »
Ещё по оформлению.
В калькуляторе МВП обзывается Method for pais или ASD pairs. Однако в н/в ведётся перевод статей на English, и при переводе наименование приняло вид Method of Sampling Pairs (MSP). Во всяком случае основополагающая статья переводится. как "TMRCA estimates by method of sampling pairs of STR haplotypes". Dmitry Adamov, Sergei Karzhavin. Не берусь судить за верность перевода, но наименование MSP было бы корректным.

К слову сказать ASD method пишется без дефиса.

« Последнее редактирование: 24 Апрель 2012, 19:12:55 от Alexander »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6013
  • Страна: ru
  • Рейтинг +949/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #20 : 24 Апрель 2012, 18:41:30 »
Хорошо бы было разобрать применение новых инструментов пошагово, на конкретном примере.
Полагаю, что это будет даже полезнее мануала.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #21 : 24 Апрель 2012, 18:51:47 »
Хорошо бы было разобрать применение новых инструментов пошагово, на конкретном примере.
Полагаю, что это будет даже полезнее мануала.
Это довольно просто. Выходите по ссылке в калькулятор. Там есть тестовый пример выборки. Копируете, вставляете в свободное окошко. Нажимаете выполнить, и смотрите результат (в мутациях на гаплотип или на маркер). Если желаете получить возраст в поколениях, делите (где-то в другом месте) на среднюю частоту мутаций (для данного n-маркерного гаплотипа). Для перехода к годам - умножаете на, скажем 30 лет (или что там Вы считаете за тайм жизни).
Если речь идёт об МВП, то сложнее понять как разблюдовать прикорневые ветви для столбца №3. Тут можно посмотреть иллюстрации в статьях, на которые в калькуляторе есть ссылки. Смысл - только те ветви войдут в выборочный набор, которые непосредственно отходят от корня (как бы они потом не ветвились). В ТНТ получается по большей степени всего пара ветвей, реже 3 и более. По принадлежности гаплотипа к 1-й, 2-й или иной ветви заполняете столбец №3 калькулятора.

В том примере, который в калькуляторе - в выборке 16 гаплотипов и пара прикорневых ветвей. Из них в ветви №1 - 10 галотипов, а в ветви №2 - 6 гаплотипов. Отправляем запрос, получаем ответ:
number of subclades: NC = 2 (то есть, имеем  всего пару прикорневых веток)
number of haplotypes: Nh = 16
number of markers: Nmrk = 12

number of pairs m = 60
number of mutations in all haplotype: ASDmvp = 2,81666666667
number of mutations in own marker: ASDmvpmrk = 0,234722222222
В классическом квадратичном методе этого делать не нужно, столбец №3 остаётся пустым.

Желаем получить число поколений. Берём, скажем для 12 маркеров среднюю частоту 0,002. Делим ASDmvpmrk = 0,2347/0,002=117 поколений. Хотим в годах, 117*30=3510 лет до общего предка. Получим иной результат при иных частотах-таймлайфах.
« Последнее редактирование: 24 Апрель 2012, 19:08:33 от Alexander »

Онлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5043
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2246/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #22 : 24 Апрель 2012, 21:00:46 »
Добавил модуль подсчета ВБОП линейным методом.

Цитировать
Моё мнение, как раз в кучу и смешать. Вернее сделать таблицу, в которой на одну выборку будут выдаваться результаты в разных методах.
Проблематично.
Причина: разные требования к входным данным. Если для МВП критично разделение на ветви (маркировка подветвей), то для остальных методов это совершенно не нужно.
Поэтому заставлять пользователя разбивать набор данных на ветви, если он всего лишь хочет воспользоваться обычным ASD методом, считаю совершенно негуманным)
Хотя это всего лишь мое мнение.
Цитировать
В калькуляторе МВП обзывается Method for pais или ASD pairs. Однако в н/в ведётся перевод статей на English, и при переводе наименование приняло вид Method of Sampling Pairs (MSP). Во всяком случае основополагающая статья переводится. как "TMRCA estimates by method of sampling pairs of STR haplotypes". Dmitry Adamov, Sergei Karzhavin. Не берусь судить за верность перевода, но наименование MSP было бы корректным.

К слову сказать ASD method пишется без дефиса.
Спасибо за замечания. Внесу изменения.

И спасибо за помощь с объяснениями. А то на все, очень не хватает времени. (

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6013
  • Страна: ru
  • Рейтинг +949/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #23 : 24 Апрель 2012, 21:15:25 »
В чем отличие number of mutations in all haplotype и number of mutations in own marker?

Онлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5043
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2246/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #24 : 24 Апрель 2012, 21:27:57 »
number of mutations in all haplotype - количество мутаций на гаплотип
number of mutations in own marker - количество мутаций на маркер

Я пока не менял терминологию, принятую в TMRCA калькуляторе уважаемого Каржавина.

Для получения возраста в поколениях, Вам необходимо полученное количество мутаций разделить, соответственно на скорость мутации для маркеров или гаплотипов.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6013
  • Страна: ru
  • Рейтинг +949/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #25 : 24 Апрель 2012, 22:43:00 »
Для получения возраста в поколениях, Вам необходимо полученное количество мутаций разделить, соответственно на скорость мутации для маркеров или гаплотипов.

Спасибо. Но есть ещё один вопрос (простите за невежество) - можно ли дать ссылку на сайт или публикацию, содержащие сводные данные по скоростям мутации для маркеров или гаплотипов?
У меня все знания на эту тему ограничены когда-то прочитанным трудом Чандлера. Явно сейчас на эту тему есть что-то более полное и свежее.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 670
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #26 : 24 Апрель 2012, 23:16:13 »
... есть ещё один вопрос (простите за невежество) - можно ли дать ссылку на сайт или публикацию, содержащие сводные данные по скоростям мутации для маркеров или гаплотипов?
У меня все знания на эту тему ограничены когда-то прочитанным трудом Чандлера. Явно сейчас на эту тему есть что-то более полное и свежее.
Увы, пока таких данных нет в принципе. Вы можете пользоваться данными по своему разумению. Хотя тенденция идёт к использованию частот по парам "отец-сын" (f-s). Можете по Чандлеру. Есть таблица частот (они же скорости) где-то в Вестнике - по Клёсову. Есть и тут на молгене, нужно поискать соответствующую тему. В том числе есть веса Вертнера для филогении (см. также соответствующую тему на молгене), рассчитанные по частотам. Но от частот f-s они отличаются. Спецы филогении используют свои частоты для гаплогрупп. В одной из статей, на которую ссылается калькулятор, расчёт вёлся по средней частоте 0,002784 мутаций/маркер для 67-маркерного гаплотипа. Это данные, взятые на основе пар "отец-сын" (близко). Беда в том, что не для всех маркеров есть такие данные. Над проблемой f-s работа идёт, но законченной картины нет.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1936
  • Рейтинг +144/-2
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #27 : 24 Апрель 2012, 23:26:06 »
Уважаемый Семаргл, в качестве пояснения физической сути классического метода предлагаю дать пояснение, что классический ASD метод вычисляет не ВБОП начального предка, а средний возраст родовой популяции, представленной исследуемой совокупностью гаплотипов. То есть, момент начала активного ветвления генеалогического древа.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10241
  • Страна: az
  • Рейтинг +1424/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #28 : 25 Апрель 2012, 09:16:24 »
Мужики, я конечно извиняюсь. Я отношусь к быдлу, чьи интересы и отстаиваю. Просьба такая: можно ли сваять такой калькулятор, шоб только гаплотипы вставлять. Только гаплотипы. Без китов, имён и пр. х. То есть как в предикторе Вадима Урасина.

Например, берём два гаплотипа, кидаем в калькулятор, жмём кнопку с надписью "А ну считай ВБОП нах" и на выходе получаем ВБОПы по разным методам, в годах и поколениях.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31547
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2365/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Калькулятор ВБОП на сайте Semargl.ME
« Ответ #29 : 25 Апрель 2012, 09:20:11 »
Мужики, я конечно извиняюсь. Я отношусь к быдлу, чьи интересы и отстаиваю. Просьба такая: можно ли сваять такой калькулятор, шоб только гаплотипы вставлять. Только гаплотипы без китов, имён и пр. х. Как в предикторе Вадима Урасина.

Например, берём два гаплотипа, кидаем в калькулятор, жмём кнопку с надписью "А ну считай ВБОП нах" и на выходе получаем ВБОПы по разным методам, в годах и поколениях.

А мне хотелось бы, чтобы совсем уж просто: вставляем не значения маркеров, а названия гаплотипа. Типа ФТДНАшного, скажем, 192316, или ИгрекСёчного, к примеру, GA89T.

Чтобы от пары, до сотни. Ну, не до сотни, хотя бы штук до 30.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100