Известно что, около 40 тыс. лет назад (период Ивадзюку) современный человек начал заселять Японские острова. (Строго говоря, на тот момент они островами не являлись и были соединены с материком перешейками).
Как и в случае с заселением Америки, здесь тоже речь идёт о носителях одной гаплогруппы. По моему скромному, речь может идти о носителях гаплогруппы
D-M64.1.
Примерно 45 тыс. лет назад где-то в районе Бирмы гаплогруппа D-Z3660 распалась на две линии: ода из них осталась в Южной Азии (D-Y34637, пигмеи Андаманских островов), вторая (D-M64.1) двинулась дальше на Восток и примерно спустя 5 тыс. лет достигла Японских островов.
Примерно 15 тыс. лет спустя уже на островах D-M64.1 распалась на две условные ветви - южную (D-Z1516) и северную (D-Z1622). От северной ветви около 15 тыс. лет назад отделилась D-M125, являющаяся основной среди айнов. Протоайны вполне могли достичь Сахалина и Камчатки.
Но в общем и целом, D-M64.1 для Японии - примерно как Q-M3 для Америки, и может рассматриваться как своего рода индикатор происхождения с Японских островов.