АвторТема: Z73+  (Прочитано 95990 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34614
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2952/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Z73+
« Ответ #1365 : 27 Март 2019, 01:18:37 »
Угу.
:)

Сравним качество.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1597
  • Страна: ru
  • Рейтинг +538/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Z73+
« Ответ #1366 : 03 Апрель 2019, 23:09:40 »
По итогам прошедших скидок в проектах z73+ заказали 5 новых тестов bigY700, и 33 апгрейда Y500>Y700. Хотя особо никого не агитировали.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34614
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2952/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Z73+
« Ответ #1367 : 03 Апрель 2019, 23:23:25 »
Gut, gut. Karrascho!!!

:)

Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1071
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: Z73+
« Ответ #1368 : 04 Апрель 2019, 00:25:40 »
По итогам прошедших скидок в проектах z73+ заказали 5 новых тестов bigY700, и 33 апгрейда Y500>Y700. Хотя особо никого не агитировали.
Шведы красавчики конечно в этом плане. Поздравляю.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34614
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2952/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Z73+
« Ответ #1369 : 04 Апрель 2019, 00:42:31 »
Боюсь за свой 277811.
Напомню. 277811 и 277812 - это один и тот же человек.
По ошибке, при тестировании двух человек двумя двухпробирочными наборами, их перемешали. В каждый конверт положили по пробирке от разных людей.
По случайности, в каждом из аккаунтов вытянули пробирки одного и того же тестируемого.
Если начнут с целой пробирки, то это будет совсем другой человек.

Надежду вселяет то, что всё это долго обсуждал с суппортом.
Вроде, вторые пробирки либо уничтожили. Либо перенесли в другой аккаунт.
Косвенно это подтверждает отрицательный ответ на запрос о наличии материала от Александра по киту 277812.
Жду, скрестив пальцы.

:)

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2205
  • Страна: ru
  • Рейтинг +481/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Z73+
« Ответ #1370 : 04 Апрель 2019, 09:28:57 »
Не совсем в тему. Нашлись еще 2 товарища I1. 7-10 век нашей эры. Как появятся ВАМы (PRJEB31764), надо будет повнимательней проверить:
SzO/540 Szegvár-Oromdűlő/540 600–650/660 M253 (xL22) - I1
K2/26 Karosc II/26 895- mid Xth c. M253 (xL22) - I1

https://www.biorxiv.org/content/early/2019/04/03/597997.full.pdf

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2205
  • Страна: ru
  • Рейтинг +481/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Z73+
« Ответ #1371 : 09 Апрель 2019, 13:28:18 »
Не совсем в тему. Нашлись еще 2 товарища I1. 7-10 век нашей эры. Как появятся ВАМы (PRJEB31764), надо будет повнимательней проверить:
SzO/540 Szegvár-Oromdűlő/540 600–650/660 M253 (xL22) - I1
K2/26 Karosc II/26 895- mid Xth c. M253 (xL22) - I1

https://www.biorxiv.org/content/early/2019/04/03/597997.full.pdf
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB31764
Есть результаты. Только не пойму что качать.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1597
  • Страна: ru
  • Рейтинг +538/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Z73+
« Ответ #1372 : 09 Апрель 2019, 21:33:05 »
Не совсем в тему. Нашлись еще 2 товарища I1. 7-10 век нашей эры. Как появятся ВАМы (PRJEB31764), надо будет повнимательней проверить:
SzO/540 Szegvár-Oromdűlő/540 600–650/660 M253 (xL22) - I1
K2/26 Karosc II/26 895- mid Xth c. M253 (xL22) - I1

https://www.biorxiv.org/content/early/2019/04/03/597997.full.pdf
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB31764
Есть результаты. Только не пойму что качать.
файлы вот эти

SzOper540_GE_S26_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam
K2per26_GE_S9_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam

только покрытие плохое либо они урезанные какие-то, по интересующим нас снипам(z73) прочтений в этих бамах нет.
Хотя по m253 есть прочтения(+) и по L22 есть прочтения(-).

Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1071
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: Z73+
« Ответ #1373 : 10 Апрель 2019, 06:01:45 »
файлы вот эти

SzOper540_GE_S26_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam
K2per26_GE_S9_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam

только покрытие плохое либо они урезанные какие-то, по интересующим нас снипам(z73) прочтений в этих бамах нет.
Хотя по m253 есть прочтения(+) и по L22 есть прочтения(-).
А как автоматизировать поиск? Через IGV browser такого инструментария нету, а вручную искать все возможные снипы - нет спасибо.

P.S. Посмотрел M227. У обоих в минусе. В принципе - ожидаемо.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1597
  • Страна: ru
  • Рейтинг +538/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Z73+
« Ответ #1374 : 10 Апрель 2019, 07:41:14 »
А как автоматизировать поиск? Через IGV browser такого инструментария нету, а вручную искать все возможные снипы - нет спасибо.
Для hg19 есть только BAM tools от Чандракумара(Феликса), но эта утилита не так уж и автоматизирует, а по дДНК одноридные практически никогда не  находит. Поэтому остается только вручную перепроверять позиции снипов поштучно.

Онлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1244
  • Страна: ru
  • Рейтинг +327/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Z73+
« Ответ #1375 : 10 Апрель 2019, 08:12:15 »
файлы вот эти

SzOper540_GE_S26_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam
K2per26_GE_S9_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam

только покрытие плохое либо они урезанные какие-то, по интересующим нас снипам(z73) прочтений в этих бамах нет.
Хотя по m253 есть прочтения(+) и по L22 есть прочтения(-).

А как автоматизировать поиск? Через IGV browser такого инструментария нету, а вручную искать все возможные снипы - нет спасибо.

P.S. Посмотрел M227. У обоих в минусе. В принципе - ожидаемо.

Посмотрите, пожалуйста, ещё уровень A8182. А вдруг...

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2205
  • Страна: ru
  • Рейтинг +481/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Z73+
« Ответ #1376 : 10 Апрель 2019, 11:24:21 »
Не совсем в тему. Нашлись еще 2 товарища I1. 7-10 век нашей эры. Как появятся ВАМы (PRJEB31764), надо будет повнимательней проверить:
SzO/540 Szegvár-Oromdűlő/540 600–650/660 M253 (xL22) - I1
K2/26 Karosc II/26 895- mid Xth c. M253 (xL22) - I1

https://www.biorxiv.org/content/early/2019/04/03/597997.full.pdf
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB31764
Есть результаты. Только не пойму что качать.
файлы вот эти

SzOper540_GE_S26_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam
K2per26_GE_S9_R1_001_cut.fastq_duplrem_mq50.bam

только покрытие плохое либо они урезанные какие-то, по интересующим нас снипам(z73) прочтений в этих бамах нет.
Хотя по m253 есть прочтения(+) и по L22 есть прочтения(-).
Они вероятнее всего с ветки Z140 или Z63. У меня БАМвьювера нет. Не могу посмотреть.

Установил. A8182 не прочитан в SzOper540. и z140 тоже.
« Последнее редактирование: 10 Апрель 2019, 12:03:56 от ankr21 »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2205
  • Страна: ru
  • Рейтинг +481/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Z73+
« Ответ #1377 : 11 Апрель 2019, 10:04:15 »
С новыми результатами BigY-700 значительно повысились шансы найти новые снипы объединяющие несколько параллельных веток в одну.
Вот сегодня например у кита с ветви BY126+(Y5568+) совпала новель 5265342 (FT7755 G to A) с китом с параллельной ветви BY496+(Y11071+). Стали перепроверять, оказалось еще у полногеномного кита с ветки Y12328+ эта новель положительна(он только сегодня вступил в группу).
Получается три ветви теперь можно объединить в одну под снип FT7755+.
Полногеномный кит(Dante Labs) YF14040 с ветки Y12328+ уже в Yfull. Два кита BigY-700 с ветви BY496+(Y11071+) тоже загружены в Yfull(YF18776 и YF18937). Будем рекомендовать киту с ветви BY126+(Y5568+) тоже залиться в Yfull. Интересно, сольются ли ветви в Yfull  ::)
только сейчас заметил, что FTDNA на своём дереве все эти три ветки под FT7755 уже определил.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1597
  • Страна: ru
  • Рейтинг +538/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Z73+
« Ответ #1378 : 11 Апрель 2019, 18:48:31 »
С новыми результатами BigY-700 значительно повысились шансы найти новые снипы объединяющие несколько параллельных веток в одну.
Вот сегодня например у кита с ветви BY126+(Y5568+) совпала новель 5265342 (FT7755 G to A) с китом с параллельной ветви BY496+(Y11071+). Стали перепроверять, оказалось еще у полногеномного кита с ветки Y12328+ эта новель положительна(он только сегодня вступил в группу).
Получается три ветви теперь можно объединить в одну под снип FT7755+.
Полногеномный кит(Dante Labs) YF14040 с ветки Y12328+ уже в Yfull. Два кита BigY-700 с ветви BY496+(Y11071+) тоже загружены в Yfull(YF18776 и YF18937). Будем рекомендовать киту с ветви BY126+(Y5568+) тоже залиться в Yfull. Интересно, сольются ли ветви в Yfull  ::)
только сейчас заметил, что FTDNA на своём дереве все эти три ветки под FT7755 уже определил.
Спасибо, а я и не заметил. Я всё на дерево Yfull смотрел, но новая версия их дерева вышла, а 3 ветки так и не объединили  :(.
Мне вот интересно как в FTDNA догадались что ветка I-Y12328 также положительна на FT7755. Ведь в этой ветке только биг500 и ни у кого из них этот снип не прочитан. А у того у кого прочитан у него DanteLabs в Yfull. Протестили втихушку кому-то снип? Если так тогда интересно они так проверили и по остальным веткам у которых нет биг700 чтобы убедиться что только 3 ветки положительны на этот снип и никакие больше?

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2205
  • Страна: ru
  • Рейтинг +481/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Z73+
« Ответ #1379 : 30 Апрель 2019, 08:03:21 »
Ветку I-Y15141 тоже под FT7755 затащили. Ждём результаты big700. Может быть ещё какие-нибудь ветки объединятся под общим корневым снипом FT.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100