Помогите определить субклад

[wbull]

Да, как-то так:

Красота.
Когда буду на работе, надо будет распечатать на цветном принтере (дома чернобелый).

[wbull]

Напрягает то, что L618 - предковая для V13, но расположена в... Северной Европе! Такое ощущение, что E1b1b1 родом из Дании, а не из Египта, ибо по мелочам разнообразие в Европе начинает возрастать аж до палеолита.

Судя по древу, Z1920 пока можно не заказывать, лучше сразу брать L618. Даже если получится, что L618-, то это автоматом будет значить что Z1920+

Насчет автомата тут сложный вопрос. Все эти SNP нашли недавно, протестировано на них не так уж и много народа, и полного понимания пока нет. Как мне писал Alf на гаплозоне есть несколько М78+, которые отрицательны для Z1919/1920, Z1902, M521, те для всех нисходящих мутаций от М78. С другой стороны, хотя сейчас они считают, что Z1919 и Z1920 эквивалентны, но не исключают вероятности, что кто то окажется положительным по одному снипу и отрицательным по другому. Подумывают и о том, что у V22, тоже может быть вышестоящая мутация, которая будет так же нисходящей к Z1920/1919, как L618 для V13.
Поэтому думаю, что надо идти последовательно, так же как делают Deep Clade Test, за исключением того, что мы вошли в такую зону снипов, на которые Deep Clade Test не распространяется. Так что даже если бы я сразу заказал Deep Clade Test, он бы скорей всего и показал бы M78 и далее пришлось бы идти этим же путем.
Насчет расположения L618 в северной Европе, я бы сказал, что это не совсем так. На самом деле ареал распространения L618 совпадает с ареалом распространения V13. На севере оказались носители L618, которые не смутировали до V13. Однако, чтобы говорить о статистике распространения, тех троих с гаплозоны очень мало.

[Farroukh]

Брат, тут весь вопрос рано или поздно упрётся в финансы. Пока нам надо как-то остановиться на наиболее простом варианте. Скажем, L618, Z1919, Z1920 или M521. Z1902 менее вероятен для северных германцев, поэтому его надо трогать только если все перечисленные отрицательны.

Насчет расположения L618 в северной Европе, я бы сказал, что это не совсем так. На самом деле ареал распространения L618 совпадает с ареалом распространения V13. На севере оказались носители L618, которые не смутировали до V13.

Да, конечно. Но всё же то, что выявлено у тех троих корешей (L618+, V13-) наиболее вероятно ожидать от ареально близкого выходца из Прибалтики.

Хотя бы L618 заказать... Это не страшно, я сам брал аж 9 снипов, а из них положительным оказался только один 

[wbull]

Да в финансы уже давно уперлось.
Я думаю сначало заказать Z1920 и если он будет положительным, то заказать L618. Какой бы не получился результат по  L618, вопрос на уровне сегодняшних знаний будет закрыт. Тут еще если вспомнить филогенетические древа (а сейчас я построил древо М78 на 417 гаплотипах), то я плотно сижу в одном из кластеров V22, а L618 прочно сидят в кластерах V13 (один в одном, а два других в другом и рядом). Поэтому можно предположить, что я могу оказаться в еще не открытом предковом субкладе для V22.
Конечно, если Z1920 будет отрицательным возникнет более сложная ситуация.
Я очень рад, что заказал сначало М78, так как теперь не нужно думать о M84, который переодически вылезал среди совпаденцев.

[Farroukh]

1) Z1920. Если плюс - то сразу же L618. Если L618-, то М521
Если Z1920 минус, то сразу же Z1902

[wbull]

1) Z1920. Если плюс - то сразу же L618. Если L618-, то М521
Если Z1920 минус, то сразу же Z1902

Согласен.
Хотя по Вашей схеме, если Z1920+, то М521 должен быть минус, но на Draft tree в трекере есть примечание, что расположение М521 относительно Z1920 и Z1902 пока не ясно.
На гаплозоне пока нет ни одного М521.

[wbull]

Кстати, я уже появился в трекере в разделе V68/M78.
Там нас всего 5. Я, Ланкастер с двумя Ковачами (они как раз показали М78+, но оказались отрицательными ко всем выявленным субкладам М78, и еще один человек, который  оказался V68+, но M78-.
Хорошая компания.
Мне там рекомендованы тесты Z1919 и Z1920.

[wbull]

Вот древо M78+, о котором я писал выше. Для его построения я взял с гаплозоны гаплотипы всех из нисходящих субкладов М78+. Исключил тех у которых субклады были predicted, те оставил только тех чей субклад подтвержден SNP тестами. Всего оказалось 417 гаплотипа. Укоренял на  модал сестринского М34+. Древо хорошо разделилось на субклады и кластеры внутри них. Интересно, что у корня оказался kit 79875 (Lancaster). Учитывая, что он отрицателен ко всем известным нисходящим субкладам, очень вероятно, что его гаплотип близок к предковому гаплотипу М78.

[Farroukh]

Хм, и действительно, так и есть! Получается, что в Европе есть и более древние ветви, чем L618+, V13-!

[wbull]

Хм, и действительно, так и есть! Получается, что в Европе есть и более древние ветви, чем L618+, V13-!

На гаплозоне есть человек положительный по V68, но отрицательный по M78.
А в действительности сделав древо по гаплотипам с подтвержденными субкладами, я получил предсказатель. Достаточно к исходным данным добавить гаплотип новичка и программа разместит его в одном из субкладов. Со мной правда это не работает, но здесь надо особо разбираться. Но не все же такие "уникальные". Думаю в большинстве случаев будет работать надежно.
У меня есть подобное дерево на все исходящие субклады от M35.1 (667 гаплотипов). Но там надо еще проанализировать, какое укоренение лучше.

[mouglley]

А в действительности сделав древо по гаплотипам с подтвержденными субкладами, я получил предсказатель. Достаточно к исходным данным добавить гаплотип новичка и программа разместит его в одном из субкладов.

Чувствую родственную связь с другим представителем славной гаплогруппы E, а именно с уважаемым Wertner.
Именно на основе этого же метода он и создал свой, наиболее точный в мире предсказатель http://predictor.ydna.ru/

[wbull]

А в действительности сделав древо по гаплотипам с подтвержденными субкладами, я получил предсказатель. Достаточно к исходным данным добавить гаплотип новичка и программа разместит его в одном из субкладов.

Чувствую родственную связь с другим представителем славной гаплогруппы E, а именно с уважаемым Wertner.
Именно на основе этого же метода он и создал свой, наиболее точный в мире предсказатель http://predictor.ydna.ru/

Спасибо за лестное для меня сравнение.   К сожалению, данный предиктор тоже ошибся относительно моей гаплогруппы, что и подвигло меня на собственные исследования.

[wbull]

Хм, и действительно, так и есть! Получается, что в Европе есть и более древние ветви, чем L618+, V13-!

На гаплозоне есть человек положительный по V68, но отрицательный по M78.
А в действительности сделав древо по гаплотипам с подтвержденными субкладами, я получил предсказатель. Достаточно к исходным данным добавить гаплотип новичка и программа разместит его в одном из субкладов. Со мной правда это не работает, но здесь надо особо разбираться. Но не все же такие "уникальные". Думаю в большинстве случаев будет работать надежно.
У меня есть подобное дерево на все нисходящие субклады от M35.1 (667 гаплотипов). Но там надо еще проанализировать, какое укоренение лучше.

Привожу здесь древо на все подтвержденные нисходящие субклады от М35.1. Более всего мне понравилось укоренение на гаплотип kit N73873. Этот образец положительный по M96 и отрицательный по всем нисходящим субкладам, те это чистый представитель предкового субклада Е. Как видно дерево хорошо кластеризирует субклады, но я по прежнему в V22.
Древо представлено в формате pdf, что позволяет пользоваться поиском.

[Farroukh]

Может быть, между M78 и V22 есть какой-то промежуточный субклад? Например, субклад, предковый для V22 и V12.

[Semargl]

Как видно дерево хорошо кластеризирует субклады, но я по прежнему в V22.

Хочу поделиться небольшим опытом по ТНТ
Если гаплотип "гуляет" по дереву, то причина чаще всего в том, что он из редкого родительского субклада, или из родительского субклада сестринской ветви.
Как пример, для R1a: гаплотипы из Z93*, без использования при построении дерева снипов, чаще всего размещаются в разных местах Z280+ и/или Z283* ветвей.
И наоборот, гаплотипы из Z283* частенько "кочуют" в Z93* и/или L342.2.
При такой мимикрии, мало того что гаплотип находится не на своей ветке, но и искажает ту ветвь, куда он "перекочевал", тк ТНТ пытается подстроить ветвь для "лучшего" укоренения.
Способ борьбы с этим - включение значений снипов в набор данных, используемый при построение дерева.

Схема снипов для R1a.