АвторТема: Калибровка скоростей мутаций для целей ДНК-генеалогии  (Прочитано 21344 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2409
  • Страна: ru
  • Рейтинг +699/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b

Насколько близкое, отец с сыном подойдёт?

Да, конечно, это самое легкое для определения родство - должно быть 50% общего ДНК.
Можете написать алгоритм как это сделать по тестам MyHeritage?

Собственно, нужно сделать тесты. Один  - отцу, один - сыну. И увсё.

Совпаденцы, по идее, подсвечиваются автоматически. Если показано пересечение около 50%, то результат на лицо. Алгоритм работает для любой пары "родитель-ребенок", независимо от пола.

Оффлайн deman

  • Сообщений: 13
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
Цитировать

Можете написать алгоритм как это сделать по тестам MyHeritage?

Цитировать
Собственно, нужно сделать тесты. Один  - отцу, один - сыну. И увсё.

И что усё, мне нужно узнать время жизни общего предка по тестам MyHeritage, нужен алгоритм, а усё - это как?
« Последнее редактирование: 10 Декабрь 2018, 09:54:31 от пенелопа »

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2409
  • Страна: ru
  • Рейтинг +699/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
аутосомные “предсказания” сколько поколений до общего предка, выдаются автоматически. Указаны для каждого совпаденца. Но, как показывает практика, в подавляющем большинстве случаев близость общего предка преувеличена.

Если Вы хотите это сделать по снипам игрека, то прогноз НБОП невозможен.

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 284
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-0
Цитировать

Можете написать алгоритм как это сделать по тестам MyHeritage?

Цитировать
Собственно, нужно сделать тесты. Один  - отцу, один - сыну. И увсё.

И что усё, мне нужно узнать время жизни общего предка по тестам MyHeritage, нужен алгоритм, а усё - это как?

deman, ближайший общий предок отца и сына - это отец. Не уверен, что это то, что Вы пытаетесь определить

Оффлайн deman

  • Сообщений: 13
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
У меня есть семейное древо на 20 поколений, в нём первый предок жил в 13 веке. Его прямые потомки по мужской линии живы до сих пор, что подтверждается древом, утвержденным  в 1907 г. Ковенским депутатским собранием  и хранящемся в Каунасском архиве. Можно ли с помощью ДНК-теста от MyHeritage узнать время жизни первого общего предка, сколько  человек минимум должны для этого сделать тест? Можно ли по Y DNA тестам 2 человек более или менее точно определить время жизни первого общего предка?
Вот что мне нужно.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34050
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2821/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
У меня есть семейное древо на 20 поколений, в нём первый предок жил в 13 веке. Его прямые потомки по мужской линии живы до сих пор, что подтверждается древом, утвержденным  в 1907 г. Ковенским депутатским собранием  и хранящемся в Каунасском архиве. Можно ли с помощью ДНК-теста от MyHeritage узнать время жизни первого общего предка, сколько  человек минимум должны для этого сделать тест? Можно ли по Y DNA тестам 2 человек более или менее точно определить время жизни первого общего предка?
Вот что мне нужно.

Мой вариант ответа.

Основное назначение генетических тестов ДЛЯ ГЕНЕАЛОГИИ - определить степень родства для двух и более человек.

Опуская вопросы точности и вероятностного представления данных, ситуацию можно охарактеризовать сл. образом.

1. Если речь идёт о родстве по прямой мужской линии, то родство можно определить на любую мыслимую глубину.
Держим в голове, что все нынешние гаплогруппы восходят к одному и тому же человеку, жившему 150-200 тысяч лет тому назад. Т.н. генетический Адам.
Инструмент: тест игрек СТРов И тест игрек снипов.

2. Если речь идёт о родстве по прямой женской линии, то родство можно определить на любую мыслимую глубину.
Держим в голове, что все нынешние мито гаплогруппы восходят к одному и тому же человеку, жившему 200 тысяч лет тому назад. Т.н. генетическая Ева.
Инструмент: полный митосиквенс.

3. Если родство идёт по боковым линиям, то его С НЫНЕШНЕЙ РАЗМЕРНОСТЬЮ ЧИПА и где-то с 90% доверительным интервалом можно подтвердить на глубине не далее 4-4.5 поколений.
Начиная от 5 поколений и глубже - получаемый результат двусмысленный. Допускающий множественные толкования.
С одной стороны, даже документально подтверждённое пятиюродное родство может не отражаться результатами тестов.
С другой, даже при отсутствии пятиюродного родства по любым из возможных сочетаний боковых линий, - оно будет показываться генетическими тестами. ЛОЖНО. За счёт множественности родственных, гораздо более дальних, пересечений.
Инструмент: тест по аутосомным снипам (не путать с аутосмоными СТРами, которые работают вообще на глубину не дальше 2 поколений).



Из Вашего вопроса не понятно, речь идёт о потомках по прямой мужской линии, или же о потомках вообще.

Если линия прямая, то для заданной глубины достаточно уже двух человек. Новые протестированные просто будут повышать точность временной оценки.

Если же Вы спрашиваете о потомках вообще, т.е. по боковым линиям, то ничего не насмотрите на глубину далее 4-5 поколений.

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 284
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-0
У меня есть семейное древо на 20 поколений, в нём первый предок жил в 13 веке. Его прямые потомки по мужской линии живы до сих пор, что подтверждается древом, утвержденным  в 1907 г. Ковенским депутатским собранием  и хранящемся в Каунасском архиве. Можно ли с помощью ДНК-теста от MyHeritage узнать время жизни первого общего предка, сколько  человек минимум должны для этого сделать тест? Можно ли по Y DNA тестам 2 человек более или менее точно определить время жизни первого общего предка?
Вот что мне нужно.
Для начала сделайте себе Y тест. По субкладу и совпаденцам уже будет видно, мог ли предок быть из римлян или варяг.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34050
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2821/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Мне повезло с редкостью и древностью субклада.   ::)

Так же повезло с дДНК.
Имеем образец из Ливанского Сидона. Образец из Египта. Образец с кладбища гладиаторов в Лондоне.

Нынешние родичи (более пяти тысяч лет до общего предка) живут в Омане, Йемене и Саудовской Аравии.

При таких раскладах, данные теста ложатся на любую семейную легенду.      ;D


Моя основная гипотеза, точнее даже, фантазия такова:
   
1. Предки из Шумера (а почему, собственно, нет? сразу загребу древнейшую цивилизацию  :-Xчухнули из Месопотамии в Финикию. Отметились в Сидоне.

2. К началу Нашей Эры отдельные потомки добрались до Древнего Египта.

3. Римляне порушили Карфаген, а заодно и прихватили кого-то из наших мальчиков. Он, и оказался гладиатором второй лиги в Лондуме.

4. Осталось потомство на Британских островах. Например, лауреат Нобелевской премии и мой приближенец, Попл.

5. В ходе Крестовых походов, генетический след протянулся на территорию современной Польши.

6. В середине 17 века, когда поляки заселяли пустошь, что на месте нынешней Винничины (Подолье), затянули туда и моих предков по прямой линии.

Конец истории.
И не говорите мне, что всё было как-то иначе. Без твёрдых доказательств, восприму это, как обычный навет нехороших людей.

>:(



*** Да. Редкость субклада - ставлю себе в заслугу. Люди отважные и ищущие приключений. живут недолго. Потомства оставляют мало. Потому как в силу их характера и рода занятий, смертность много выше.


:)

Оффлайн deman

  • Сообщений: 13
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0

Для начала сделайте себе Y тест. По субкладу и совпаденцам уже будет видно, мог ли предок быть из римлян или варяг.
У меня то матушка из этого рода, то есть мне бесполезно делать Y тест, но есть 2 мужчины прямые потомки по мужской линии предка, жившего 1444-1506 г.г. Они уже сделали тест в My Heritage, ничего интересного для себя не увидели и больше тратиться не хотят. Вопрос в том:
 можно ли по существующим тестам от My Heritage этих 2 человек определить гаплогруппу и проверить время жизни общего предка.
« Последнее редактирование: 13 Декабрь 2018, 06:43:54 от deman »

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2409
  • Страна: ru
  • Рейтинг +699/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
субклад могу проверить: общий или нет. по снипу (снипам) высокого уровня.

а определить Время жизни общего предка, как уже неоднократно почеркивалось, - нет.

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 284
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-0

Для начала сделайте себе Y тест. По субкладу и совпаденцам уже будет видно, мог ли предок быть из римлян или варяг.
У меня то матушка из этого рода, то есть мне бесполезно делать Y тест, но есть 2 мужчины прямые потомки по мужской линии предка, жившего 1444-1506 г.г. Они уже сделали тест в My Heritage, ничего интересного для себя не увидели и больше тратиться не хотят. Вопрос в том:
 можно ли по существующим тестам от My Heritage этих 2 человек определить гаплогруппу и проверить время жизни общего предка.
Как уже написал FELIX, гаплогруппу высокого уровня можно определить через Morley.
Какое родство у этих двух мужчин? Отец и сын? Если да, то Вы же понимаете, что ближайший общий предок отца и сына - это отец? :)
Если же их линии по документам расходятся в указанное время (1444-1506 г.г.), то тесты Y-ДНК могли бы это подтвердить (но не MyHeritage)
« Последнее редактирование: 13 Декабрь 2018, 15:25:00 от Ankor »

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2122
  • Рейтинг +575/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Калибровка констант интенсивности Y-STR мутаций от итальянцев.

https://www.nature.com/articles/s41598-019-45398-3

Estimating Y-Str Mutation Rates and Tmrca Through Deep-Rooting Italian Pedigrees

Alessio Boattini, Stefania Sarno, Alessandra M. Mazzarisi, Cinzia Viroli, Sara De Fanti, Carla Bini, Maarten H. D. Larmuseau, Susi Pelotti & Donata Luiselli


Abstract

In the population genomics era, the study of Y-chromosome variability is still of the greatest interest for several fields ranging from molecular anthropology to forensics and genetic genealogy. In particular, mutation rates of Y-chromosomal Short Tandem Repeats markers (Y-STRs) are key parameters for different interdisciplinary applications. Among them, testing the patrilineal relatedness between individuals and calculating their Time of Most Recent Common Ancestors (TMRCAs) are of the utmost importance. To provide new valuable estimates and to address these issues, we typed 47 Y-STRs (comprising Yfiler, PowerPlex23 and YfilerPlus loci, the recently defined Rapidly Mutating [RM] panel and 11 additional markers often used in genetic genealogical applications) in 135 individuals belonging to 66 deep-rooting paternal genealogies from Northern Italy. Our results confirmed that the genealogy approach is an effective way to obtain reliable Y-STR mutation rate estimates even with a limited number of samples. Moreover, they showed that the impact of multi-step mutations and backmutations is negligible within the temporal scale usually adopted by forensic and genetic genealogy analyses. We then detected a significant association between the number of mutations within genealogies and observed TMRCAs. Therefore, we compared observed and expected TMRCAs by implementing a Bayesian procedure originally designed by Walsh (2001) and showed that the method yields a good performance (up to 96.72%), especially when using the Infinite Alleles Model (IAM).

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 242
  • Страна: ru
  • Рейтинг +195/-2
  • Y-ДНК: G2a1
 А вот мнение  ИЛР:
"На заре ДНК исследовании, преимущественно на англоязычных ресурсах, горячо дебатировался вопрос, корректно ли сопоставлять датировки, полученные при счете по мутациям в STR, если в разных популяциях средняя продолжительность жизни мужчин (в случае Y-хромосомы) и, опосредованно, длина поколения (усредненная по числу сыновей от старшего до младшего) различна. На этот счет кипели нешуточные страсти, в основе которых были имевшиеся в то время данные по статистике мутаций на парах отец-сын. Формально получается, что, если вероятность мутации в том или ином маркере при мелосе не зависит от возраста отца, то среднее количество мутаций, накопленных в течение фиксированного промежутка времени у потомков основателя рода, будет различаться в зависимости от среднего числа поколений, укладывающихся в данный промежуток.
Со временем эти дискуссии сошли на нет, потому что ни доказать, ни опровергнуть тезис о независимости скорости мутаций от возраста отца на экспериментальном материале не удалось. Профессионалы перешли к понятию условного поколения как способа перевода скоростей, полученных при калибровке по календарным годам, и только любители (как правило, малограмотные в буквальном смысле) продолжали разговоры в духе, что, мол, во времена палеолита детей рожали в 15 лет, а потому мутации набегали в 2 раза быстрее, чем сейчас.
С появлением технологии Next Generation Sequencing появилась возможность провести калибровки по снипам в Y-хромосоме, что, среди прочих, проделали с исландцами, располагавшими документальными родословными вплоть по 17-18 веков. Оказалось, что принимаемый ранее без доказательства тезис о независимости вероятности мутации от возраста отца неверен.На статистически достоверном уровне была найдена положительная корреляция. А именно, чем старше отец, тем выше вероятность мутации. Если на пальцах, то родные братья с разницей в возрасте в 20 лет будут (в среднем) по мутациям в Y-хромосоме больше напоминать двоюродных братьев, а младший сын - внука своего родного отца. После этого исследования при калибровках по снипам вообще отказались от понятия средней длины поколения, и константы считают по календарным годам. В формате YFull это в среднем 1 мутация за 144 года, и не имеет значения, сколько поколений уложилось в этот срок.
После этих расчетов почти не оставалось сомнений, что с мутациями в STR происходит то же самое, но не было конкретных данных, чтобы это подтвердить. В этом году они появились. В последнем номере журнала "Forensic Science International. Genetics" группа генетиков-криминалистов из Сербии опубликовала результаты исследования Y-ДНК 120 сербов из гаплогруппы R1b, находившихся в документированном родстве и располагавших сведениями о датах рождения своих предков вплоть до начала 18 века. Вот ссылка на оригинальную работу https://www.fsigenetics.com/article/S1872-4...0675-6/abstract
Авторы калибровали данные в форматах, принятым у криминалистов, но в данном случае это не принципиально, потому что один их основных выводов исследования не должен зависеть от таких частностей. Он звучит так:
A positive correlation between the fathers’ ages and mutability rates was observed (Наблюдается положительная корреляция между возрастом отцов и скоростями мутаций). Как и следовало ожидать, в этом плане мутации в STR ничем не отличаются от мутаций в снипах.
Можно при желании выискивать "проколы" в методике подсчета и придираться к коэффициентом корреляции, но это все переливание из пустого в порожнее. Работа сербских генетиков ставит точку в вопросе о влиянии длины поколения на датировки, полученные при калибровках Y-STR по календарным годам. Будучи эмпирическим на момент изобретения, это подход теперь получил экспериментальное обоснование. Мутации накапливаются пропорционально календарным годам, что дает возможность говорить о ДНК-генеалогических датировках как очень стабильных и мало подверженных внешним воздействиям."

Только  время диктует мутационный процесс ?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11145
  • Страна: az
  • Рейтинг +1901/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Фактически, Рожанский резюмировал всё то, о чём многократно писал Дмитрий Адамов, а также команда Yfull.
Про разницу 65/67 между отцом и поздним сыном, а также двумя единокровных и братьями с разницей в 40 лет писали ещё 10 лет назад. Позже пришли к мнению, что при прочих равных Y-SNP куда более информативны чем Y-STR, поскольку сразу локализуют субъекта на древе.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100