АвторТема: Калибровка скоростей мутаций для целей ДНК-генеалогии  (Прочитано 21333 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2121
  • Рейтинг +575/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
О средней скорости мутаций для совокупности из 400 с лишним Y-STR локусов, определяемых по BAM файлам командой YFULL.
Калибровку проводил путем расчета среднеквадратичного расстояния между 12 гаплотипами европейских ветвей N1c1 и собственным гаплотипом М2019+. Из 495 локусов отобралось 427 с совпадающими данными.
Исходя из времени разделения ветвей N1c1-L1026 и N1c1-M2019 (4900 лет назад) получается средняя скорость мутаций на один STR локус (из 427):

0.00202 на поколение 31.5 лет,
или 0.00160 на поколение 25 лет.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11145
  • Страна: az
  • Рейтинг +1901/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Какова примерная скорость для 111-маркёрного гаплотипа? Можете добавить соответствующие длины в КлАд-калькулятор?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11145
  • Страна: az
  • Рейтинг +1901/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Средняя скорость мутаций для 427-маркерного гаплотипа 0,00202 на локус на поколение 31.5 лет или 0,00160 на поколение 25 лет.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2121
  • Рейтинг +575/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Какова примерная скорость для 111-маркёрного гаплотипа? Можете добавить соответствующие длины в КлАд-калькулятор?
Я использую скорости Марко Хейнилы.
http://archiver.rootsweb.ancestry.com/th/read/GENEALOGY-DNA/2014-03/1395004786
Для 111-маркерных гаплотипов FTDNA средняя скорость 0.00262 на локус на поколение 31.5 лет, или
0.00208 на локус на поколение 25 лет.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1096/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Y STRs mutation events in father-son pairs in Ecuadorian individuals

M.E. Sánchez, G. Burgos, A. Gaviria, V. Aguirre, M. Vela, P.E. Leone, C. Paz-y-Miñocorrespondenceemail
Received: August 30, 2015; Accepted: September 18, 2015; Published Online: September 20, 2015
Publication stage: In Press Corrected Proof
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigss.2015.09.123



Abstract

Eleven Y-STR loci were applied to 417 confirmed father-son pairs. Seven mutations that comprise single step were observed in a total of 2532 allelic transfers, in locus DYS385, DYS390, DYS391, DYS392, and DYS389II. The total mutation rate estimated in this study was 2.8 × 10−3 (95% CI, 1.1 × 10−3 to 5.7 × 10−3); this result is similar to other populations. Q haplogroup lineage was more frequent than others in this study. These results will contribute the forensic and paternity areas database in Ecuador.

Оффлайн Serge1

  • Сообщений: 195
  • Страна: il
  • Рейтинг +18/-0
  • Y-ДНК: L-Y16366*
  • мтДНК: T2a2
В статье на английском языке приведены основные результаты по калибровке скоростей мутаций, ранее опубликованных на русском языке в Вестнике.

12 marker haplotypes - 0.020 mutations per haplotype, 0.00167 mutations per marker,

22 marker haplotypes - 0.006 mutations per haplotype, 0.000270 mutations per marker,

25 marker haplotypes - 0.046 mutations per haplotype, 0.00183 mutations per marker,

37 marker haplotypes - 0.090 mutations per haplotype, 0.00243 mutations per marker,

49 marker haplotypes - 0.080 mutations per haplotype, 0.00163 mutations per marker,

67 marker haplotypes - 0.120 mutations per haplotype, 0.00179 mutations per marker.

111 marker haplotypes - 0.198 mutations per haplotype, 0.00178 mutations per marker.

Измените я в ДНК генеалогии не разбираюсь, но хотел бы кой-что уточнить.

Во допустим есть таблица mutation rate, допустим возьмем в ней значение YCAII 0.000819, получается это скорость мутации на поколение.
Теперь возьмем от сюда из 67 маркерного гаплотипа 0.00179 mutations per marker, получается средняя скорость мутации каждого маркера из 67? И что мне это даёт?

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2121
  • Рейтинг +575/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
В настоящее время я пользуюсь константами интенсивности мутаций ("скоростями мутаций"), рассчитанных Хейнилой (Heinila):

1   DYS393   0.000954
2   DYS390   0.002455
3   DYS19   0.001676
4   DYS391   0.002761
5   DYS385a   0.001832
6   DYS385b   0.003458
7   DYS426   0.000114
8   DYS388   0.000575
9   DYS439   0.004709
10   DYS389i   0.002335
11   DYS392   0.000602
12   DYS389ii   0.002768
13   DYS458   0.007169
14   DYS459a   0.000523
15   DYS459b   0.001525
16   DYS455   0.000274
17   DYS454   0.000201
18   DYS447   0.003155
19   DYS437   0.00083
20   DYS448   0.001243
21   DYS449   0.008337
22   DYS464a   0.001874
23   DYS464b   0.0032
24   DYS464c   0.004241
25   DYS464d   0.003716
26   DYS460   0.003307
27   Y-GATA-H4   0.002365
28   YCAIIa   0.000496
29   YCAIIb   0.001141
30   DYS456   0.005386
31   DYS607   0.00248
32   DYS576   0.011087
33   DYS570   0.008929
34   CDYa   0.014357
35   CDYb   0.018449
36   DYS442   0.003286
37   DYS438   0.000494
38   DYS531   0.000571
39   DYS578   0.000225
40   DYF395S1a   0.000433
41   DYF395S1b   0.000319
42   DYS590   0.000194
43   DYS537   0.001309
44   DYS641   0.000374
45   DYS472   0.000024
46   DYF406S1   0.001607
47   DYS511   0.001294
48   DYS425   0.000236
49   DYS413a   0.00229
50   DYS413b   0.001527
51   DYS557   0.0035
52   DYS594   0.000427
53   DYS436   0.000068
54   DYS490   0.00028
55   DYS534   0.008193
56   DYS450   0.000105
57   DYS444   0.003558
58   DYS481   0.004375
59   DYS520   0.001823
60   DYS446   0.003435
61   DYS617   0.0006
62   DYS568   0.000468
63   DYS487   0.00079
64   DYS572   0.001369
65   DYS640   0.000196
66   DYS492   0.000232
67   DYS565   0.000718
68   DYS710   0.018279
69   DYS485   0.001577
70   DYS632   0.000069
71   DYS495   0.001154
72   DYS540   0.001307
73   DYS714   0.007726
74   DYS716   0.001002
75   DYS717   0.000748
76   DYS505   0.001659
77   DYS556   0.001196
78   DYS549   0.004988
79   DYS589   0.000881
80   DYS522   0.001985
81   DYS494   0.000219
82   DYS533   0.003712
83   DYS636   0.000405
84   DYS575   0.000182
85   DYS638   0.00052
86   DYS462   0.000557
87   DYS452   0.001687
88   DYS445   0.000918
89   Y-GATA-A10   0.004102
90   DYS463   0.001175
91   DYS441   0.001667
92   Y-GGAAT-1B07   0.00084
93   DYS525   0.001538
94   DYS712   0.016378
95   DYS593   0.000232
96   DYS650   0.007583
97   DYS532   0.004117
98   DYS715   0.004444
99   DYS504   0.004614
100   DYS513   0.002626
101   DYS561   0.001649
102   DYS552   0.003182
103   DYS726   0.000245
104   DYS635   0.003392
105   DYS587   0.001223
106   DYS643   0.001348
107   DYS497   0.000974
108   DYS510   0.003172
109   DYS434   0.000282
110   DYS461   0.00203
111   DYS435   0.000225

Единица измерения - число мутаций на один локус на поколение 31.5 лет.

На мой взгляд, это наиболее сбалансированные скорости в настоящее время.
Интенсивности мутаций в локусах YCAIIa и YCAIIb различаются примерно в два раза. Средняя скорость: (0.000496 + 0.001141)/ 2 = 0.000819. Как раз та, которую Вы привели. Что мы можем сказать? Средняя скорость по первым 67 локусам - 0.00258. Это означает, что Y-STR мутации в локусах YCAIIa,b происходят реже, чем в среднем по 67 локусам.

Оффлайн Serge1

  • Сообщений: 195
  • Страна: il
  • Рейтинг +18/-0
  • Y-ДНК: L-Y16366*
  • мтДНК: T2a2
Nimissin, очень интересно, понял, спасибо.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1096/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Цитировать
Note:
"We used 753 whole-genome sequenced males grouped into 274 patrilines to estimate the point mutation rate for the male specific region of the Y chromosome, taking into account that the Y chromosome is a mosaic of different sequence classes."


Mutations are the fundamental source of biological variation. The Y chromosome is mostly haploid and as such it evolves mainly through accumulation of mutations. It is therefore useful in population genetics as well as in forensics, medicine and evolutionary biology. It is often used as a molecular clock and as such it needs calibration. Here we try to calibrate that clock by presenting the point mutation rate for the human Y chromosome. We used 753 whole-genome sequenced males grouped into 274 patrilines to estimate the point mutation rate for the male specific region of the Y chromosome, taking into account that the Y chromosome is a mosaic of different sequence classes. Most striking was the difference between the palindromic regions and other regions of the male specific Y chromosome. The mutation rate for regions excluding palindromes was 8.71 × 10-10 (95% CI = 8.03 × 10−10 to 9.43 × 10−10) per position per year but in palindromes it was 7.37 × 10-10 (6.41 × 10−10 to 8.48 × 10−10) per position per year. We propose that this difference is due to gene conversion that is able to repair damaged nucleotides that would otherwise give rise to mutations in the palindromes but not in other parts of the Y chromosome.



https://skemman.is/bitstream/ 1946/28882/1/awe_dissertation_ oct_2017.pdf

Спасибо Джастину Ло за находку.

Оффлайн deman

  • Сообщений: 13
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
У меня есть семейное древо на 20 поколений, в нём первый предок жил в 13 веке. Его прямые потомки по мужской линии живы до сих пор, что подтверждается древом, утвержденным  в 1907 г. Ковенским депутатским собранием  и хранящемся в Каунасском архиве. Можно ли с помощью ДНК-теста от MyHeritage узнать время жизни первого общего предка, сколько  человек минимум должны для этого сделать тест? Можно ли по Y DNA тестам 2 человек более или менее точно определить время жизни общего предка?
« Последнее редактирование: 08 Декабрь 2018, 13:59:40 от deman »

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 196
  • Страна: ru
  • Рейтинг +45/-2
  • Y-ДНК: R1a-L664
У меня есть семейное древо на 20 поколений, в нём первый предок жил в 13 веке. Его прямые потомки по мужской линии живы до сих пор, что подтверждается древом, утвержденным  в 1907 г. Ковенским депутатским собранием  и хранящемся в Каунасском архиве. Можно ли с помощью ДНК-теста от MyHeritage узнать время жизни первого общего предка, сколько  человек минимум должны для этого сделать тест? Можно ли по тестам 2 человек более или менее точно определить время жизни общего предка?
Можно ли с помощью ДНК-теста от MyHeritage узнать время жизни первого общего предка, сколько  человек минимум должны для этого сделать тест? - Нет.

Можно ли по тестам 2 человек более или менее точно определить время жизни общего предка? - Можно приблизительно, по тесту Y двух мужских представителей одного рода.
Думаю как-то так. В случае чего, пусть знатоки меня поправят.
Если по остзейским родам, то могу дать некоторую информацию (лучше в личку)

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 561
  • Страна: ua
  • Рейтинг +106/-9
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H

Можно ли с помощью ДНК-теста от MyHeritage узнать время жизни первого общего предка, сколько  человек минимум должны для этого сделать тест? - Нет.


Есть хорошее немецкое слово jein. Так что правильный ответ: можно, если достаточно близкое родство и проработанно семейное древо.


Оффлайн deman

  • Сообщений: 13
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0

Есть хорошее немецкое слово jein. Так что правильный ответ: можно, если достаточно близкое родство и проработанно семейное древо.
Насколько близкое, отец с сыном подойдёт?

Оффлайн Francois

  • Сообщений: 561
  • Страна: ua
  • Рейтинг +106/-9
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H

Насколько близкое, отец с сыном подойдёт?

Да, конечно, это самое легкое для определения родство - должно быть 50% общего ДНК.

Оффлайн deman

  • Сообщений: 13
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0

Насколько близкое, отец с сыном подойдёт?

Да, конечно, это самое легкое для определения родство - должно быть 50% общего ДНК.
Можете написать алгоритм как это сделать по тестам MyHeritage?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100