Возраст монгольских N1c и их влияние на генофонд России и других стран

[Dimitri]

Датчан и голландца и чеха предлагаю отнести к западным балтам - тёмносиний.
Про китайцев писал, предлагаю какой-нибудь из оттенков пурпура.
Эстонцы у меня уже значатся. Один из оттенков сине-зелёного.
Киргиз из наших - пока, до появления отдельной среднеазиатской группы - красный.
Грека сами придумайте, очень редкое явление. Интересно, от русских достался гаплотип или от турок?

Спасибо за совет - обязательно им воспользуюсь в следующей версии дерева.
А грек совершенно аутентичный с фамилией LEGITS, прадеда его звали John LEGETSOS, родился в Греции в середине XIX в. Правда, в имени John слышится что-то британское 

[Dimitri]

Непонятно, как обеспечивается отсутсвие примесей N1a, N1b.

Другими словами, постулируется что любой N1c отличается от любого N1b по более чем 30% маркеров. Это неочевидно. Подозреваю, что просто неверно.

Логичней было бы для включения в выборку использовать взвешенное расстояние - чтобы медленные маркеры учитывались с большим весом. И квадратичное, для учета возвратных мутаций. И даже с учётом этого отделение N1b может не получиться...

Я нигде не утверждал, что это выборка N1c. Просто по построению эта выборка началась с модального гаплотипа N1c и закончилась в тот момент, когда в SMGF не осталось ни одного гаплотипа, имеющего не менее чем 70% сходство с включенными в выборку.

[Dimitri]

Но я здесь не вижу N1b - их в выборке видимо не был. А в SMGF монгольских N1b больше, чем N1c.
Дар Исиды давал гаплотипы монгольских N1b
Их надо обязательно вставить.

Не покажите исходный пост уважаемого Дара Исиды?
Я попробовал ввести в SMGF модальный гаплотип N1b (построенный по имеющейся у меня выборке 17-маркерных гаплотипов, а также по ySearch) и действительно нашел несколько (но очень немного) монгольских гаплотипов. Никаких других N1b в SMGF похоже нет. Попробую в ближайшее время добавить эти гаплотипы в мою выборку (сформирую N1b-выборку по тому же принципу, рекурсивным включением всех гаплотипов, имеющих не менее чем 70% сходство с каким-нибудь гаплотипом, уже включенным в выборку). После чего дерево перестрою.

[mouglley]

А, если нарисуете совместное дерево N1b+N1c, то можно будет подробнее узнать про китайцев, какой они гаплогруппы.

[Dimitri]

А, если нарисуете совместное дерево N1b+N1c, то можно будет подробнее узнать про китайцев, какой они гаплогруппы.

Да, так и собираюсь (нашел в SMGF 17 гаплотипов, похожих на N1b - 15 монгольских, 1 китайский и 1 киргизский), расшифрую их и построю общее древо N1b+N1c. Только китайцев там немного будет. Вот в 17-маркерном древе N1 (над которым я параллельно работаю) ожидается большая выборка китайцев и корейцев.

[mouglley]

Жду с нетерпением.

[I2a1a]

Поскольку здесь речь идет о rho-статистике (т.е о среднем количестве высчитанных наблюдаемых мутаций по ветвям "решенного" филогенетического древа от модального гаплотипа), то есть еще несколько вариантов расчета величины rho в годах. Лично я сначала вычисляю возраст по трем известным методам. Затем смотрю в Мурке данные по rho-статистики для каждого найденного штайнеровского древа. Для более точного результата нужно сопоставить данные по ро-статистике и величиной накопленных мутаций (величина мю), высчитанных по методу максимального правдоподобия в версии Каржавина. Затем выбрать древо, где разница величины ро и величины мю минимально. Разделив расчитанный ранее возраст выборки на численное значение ро, получаем значение одного ро в годах. В Мурке это имеет практическое значение, так как в строку параметров можно ввести параметр автоматического вывода возраста ветвей в графику.

Монгольская ветвь имеет возраст (в мутациях) 12.3 со среднеквадратичным отклонением (сигмой) в 2.3.
Как перевести мутации в года? Я просуммировал откалиброванные частоты мутаций всех 43 маркеров, взяв данные из вышеупомянутой работы SMGF, получив 0.101 мутаций на гаплотип. Считая возраст поколения за 25 лет, я получил, что одна мутация происходит в среднем раз в 247 лет.
Получается, монгольская ветка имеет возраст примерно в 3000 лет (с 95% достоверностью плюс-минус две сигмы, т.е. 1100 лет).
Финская ветка имеет возраст в 1750 лет (плюс-минус 430 с достоверностью 95%), а всю выборку можно оценить в 3300 плюс-минус 650 лет.

[Каржавин]

Уважаемый Vadim Verenich, Вы абсолютно правы, что используете в единой технологии расчетов и Мурку и иные методы. Именно такой подход дает наиболее точный результат. К сожалению, я с 1 по 31 августа ухожу в отпуск (в Крым поближе к уважаемому Zastrug`у  ) и там у меня не будет Интернета. А вот в сентябре мне очень бы хотелось с Вами СОВМЕСТНО отладить такую комбинированную технологию (я под нее по своей части exe-шку настругаю) и попросим уважаемых форумчан попробовать ее применить. Эта технология только с виду громоздкая, а на самом деле будет довольно логична и проста в применении, особенно для тех, кто уже освоил Мурку.

[Valery]

я с 1 по 31 августа ухожу в отпуск (в Крым поближе к уважаемому Zastrug`у  )

приятного отдыха

[zastrug]

К сожалению, я с 1 по 31 августа ухожу в отпуск (в Крым поближе к уважаемому Zastrug`у  )

Присоединяюсь - приятного отдыха. От меня до ЮБК правда часов восемь на машине, это Азов в полутора часах . Но погода для отдыха отличная, в Крыму вода до 25 градусов, для работы правда ужас, даже у нас до вчерашнего дождя стояло +38  в тени, + 48 на солнце.
Да, вот что значит трудоголик - в отпуск и то "с сожалением"

[Каржавин]

От меня до ЮБК правда часов восемь на машине, это Азов в полутора часах

Значит, Вы уже неоднократно купались. А у моих родителей садовый домик на берегу реки Истры, так мусорный полигон ДЛЯ ВСЕГО ИСТРИНСКОГО РАЙОНА ПОЧТИ НА БЕРЕГУ реки (выше нас по течению) соорудили!!!! В водоохранной зоне!!!! В густо населенном, хотя и сельском, районе!!!!!!!!!! Какое уж тут купание, воду из шахты забираем, да и то теперь боимся отравления. А в прошлом году этот полигонище еще и горел две недели. Так и отдыхаем на природе в выходные.

[Yurgan]

А, если нарисуете совместное дерево N1b+N1c, то можно будет подробнее узнать про китайцев, какой они гаплогруппы.

Да, так и собираюсь (нашел в SMGF 17 гаплотипов, похожих на N1b - 15 монгольских, 1 китайский и 1 киргизский), расшифрую их и построю общее древо N1b+N1c. Только китайцев там немного будет. Вот в 17-маркерном древе N1 (над которым я параллельно работаю) ожидается большая выборка китайцев и корейцев.

Уважаемый Dmitri, а Вы в FTDNA  не собираете провериться. Очень важно проверить маркеры 590 537 Тогда точно можно выяснить, кто к Вам ближе, а кто дальше.

[Dimitri]

Уважаемый Dmitri, а Вы в FTDNA  не собираете провериться. Очень важно проверить маркеры 590 537 Тогда точно можно выяснить, кто к Вам ближе, а кто дальше.

Вы имеете в виду, что тогда можно будет нарисовать коми-зырянскую ветвь на 67-маркерном древе? Конечно, мне очень хочется сделать анализ в FTDNA. Я просто жду оказии, чтобы вывезти себя любимого за рубеж и отправить оттуда анализ.

[Yurgan]

Уважаемый Dmitri, а Вы в FTDNA  не собираете провериться. Очень важно проверить маркеры 590 537 Тогда точно можно выяснить, кто к Вам ближе, а кто дальше.

Вы имеете в виду, что тогда можно будет нарисовать коми-зырянскую ветвь на 67-маркерном древе? Конечно, мне очень хочется сделать анализ в FTDNA. Я просто жду оказии, чтобы вывезти себя любимого за рубеж и отправить оттуда анализ.

Да, имею ввиду именно это. Может надо сразу заказать кит, а уж потом думать, переслать его или нет, тем более кит долетает до Хьюстона за 15 дней.

[Valery]

Хочу выслушать вашу критику, после чего готов поделиться выборкой гаплотипов с любым желающим.

можно считать что критика кончилась?