Я полагал так: момент отделения L1029 от ствола M458 и есть случай снипа L1029.
...
То есть, вычисляя TMRCA методом выборочных пар, мы определяем время этой развилки - "отца" или время L1029.
Неверное суждение.
Момент отделения от "основного ствола", предка человека, у потомков которого произошел снип L1029, не является моментом возникновения снипа L1029.
Грубо говоря, если общий предок ветвей L260 и L1029 жил 4000 лет назад, а возраст ветви L1029 равен 2500 лет, то получается, снип L1029 мог возникнуть в любое время, в промежутке между 2000 и 500 годами до нашей эры. Интервал полторы тысячи лет)
Резюмируя: вычисляя TMRCA методом выборочных пар (ветви L260 и L1029), мы определяем время этой развилки - "отца",
но не время возникновения снипа L1029.
Сказанное Юрганом, относилось именно к возрасту самих ветвей.
Таким образом ветвь Рытелей, хоть и отделилась от "основного ствола" раньше всех, является самой молодой. С теми гаплотипами, которые есть в наличии, ее возраст ~4-5 столетий.
А самая старая ветвь, получается L1029.
PS Все возрасты взяты "от фонаря", исключительно для иллюстрации сказанного.