АвторТема: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA  (Прочитано 19753 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #105 : 21 Декабрь 2016, 00:56:20 »
3. А если мне нужно сделать ДНК прапрапрадеда, но я его потомок от одного его сына (дочери), и есть еще ДНК от потомка другого его сына (дочери)?
4. При фазингу ведь появляются куски, которые не взять из предлагаемых образцов ДНК? Их предлагается заполнять значениями SNP из образцовый популяций ? А где их брать, если протестированы родственников полтора человека ?

Тут где-то в темах есть дама (не помню имени отчества)  которая очень умело конструирует из кусочков. То есть берет фрагменты от одного родственика по отцу, добавляет куски от другого, третьего ... Составляет новый файл и заливает его на Гедматч. Я математически это понимаю но сам пока таких высот не достиг ...

У меня есть два протестированных троюродных дяди (общий - прапрадедушка мой, им он дедушка) - с удовольствием бы заплатил за подобный сервис...

Онлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34618
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2953/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #106 : 02 Февраль 2017, 08:46:47 »
Кстати, только сейчас заметил на ГедМатч новую фичку в тему:
Lazarus
Create surrogate kits to represent close ancestors.

Кто-нибудь уже пробовал?

У меня два гаплотипа для синтеза:
1. Отец (исходники: мама, я, сестра).
2. Тесть (исходники: тёща, жена, шурин, невестка).

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #107 : 02 Февраль 2017, 10:07:13 »
Кстати, только сейчас заметил на ГедМатч новую фичку в тему:
Lazarus
Create surrogate kits to represent close ancestors.

Кто-нибудь уже пробовал?

У меня два гаплотипа для синтеза:
1. Отец (исходники: мама, я, сестра).
2. Тесть (исходники: тёща, жена, шурин, невестка).

Пробовал - работает.

Онлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34618
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2953/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #108 : 02 Февраль 2017, 19:39:52 »
Спасибо!

:)


*** Попробую тоже после отпуска. Сейчас со временем напряг.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #109 : 02 Февраль 2017, 20:30:58 »
Я сформировал два синтетических аккаунта.
1. Бабушки (по линии матери) - по данным матери и бабушкиного брата
2. Фазированный по трем поколениям по линии отца - отец, я и дети.

В принципе, помогло проредить список совпаденцев и понять четче - кто с какой стороны.

Оффлайн Ingors

  • Сообщений: 13
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #110 : 28 Октябрь 2018, 12:42:24 »
А можете объяснить, как улучшить свой raw файл? То есть у меня есть файл своих данных от myheritage и от 23andme. Когда загружал на gedmatch файл от myheritage вылезло сообщение, что много (больше, чем обычно) ноу коллов. Насколько я понимаю, нужно брать за основу файл 23andme и искать во втором файле ноуколлы. Ну и есть идея, если с этим получится - подправить и файлы родителей, у них только myheritage файлы. Или лучше с них начать? То есть попробовать найти ноуколлы в файлах родителей, а потом обновить файл 23andme? Как это делается?

Если не туда написал - ткните - где это обсуждают.

Онлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34618
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2953/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #111 : 28 Октябрь 2018, 17:47:51 »
У меня несколько синтетических RAW файлов.

Один файл сделала сама 23эндМи. Заказывал тесты дважды (по-моему v.2 и v.3). По общим позициям, там где был случай ноу-кол - значение, или значение - ноу-кол, в финальный файл поставили значение. Иными словами, количество ноу-колов уменьшилось. Этот финальный файл 23эндМи и залил везде (ГедМатч, ДНАленд и т.д.).

Другие файлы делал сам.
Кто-то на форуме сваял утилиту текстового сравнения.
Отрабатывались одинаковые позиции. В случае ноу-кол - значение (и наоборот), ставилось значение.
В случае значение (первый вариант) - значение (второй вариант), ставилось значение первого файла. Иными словами, если в строку команды ставили файл 1, файл 2, то получали один результат. Если же порядок файлов в командной строке меняли, получали другой результат.

Выяснили, что инструментальная ошибка составляет до 5%. Раз.
Что два синтетических файла - сильно отличны. Два.

Поэтому плюнул на синтетику, и просто залил в ГедМатч и пр. по два варианта. В названиях файлов отразил лаборатории, где тест производился (т.е. ФТДНА, или 23эндМи).

Резюмирую: залейте оба своих файла. И душа будет спокойна. И возиться меньше.


:)

Онлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34618
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2953/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #112 : 28 Октябрь 2018, 17:52:02 »
Опыт создания и использования синтетических файлов - у меня скорее негативный. Ничего нового не дал.

Синтетику делал по аутосомным СТРам. Сам. Вручную.
И по аутосомным снипам. Лазарус в ГедМатч и Чандра (так по-моему австралийского программера индийского происхождения кличут).

Полные фигасики.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100