АвторТема: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA  (Прочитано 19736 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34613
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2950/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #30 : 08 Июль 2012, 16:21:27 »
Скажите, а насколько повлияет на точность результата то, что аутосомные данные от разных компаний? У меня отец на 23иЯ, во время скидки заказал ФФ для бабушки, хочу хоть частично восстановить геном деда.
Пока не очень получается даже восстановление генома одного из родителей.  :-\ Хотел было выложить бурную переписку с Джоном, да передумал.
Так что дед - это не скоро. Если конечно речь идёт об обработке сэмплов двоюродных братьев.
Если же, как в Вашем случае, отец и бабушка, то нужны сэмплы дядь-тёть со стороны отца (для генеалогических нужд!!! то есть для выявления дополнительных родичей со стороны деда).
Иными словами, имея одного из родителей и нескольких детей, пытаемся восстановить гаплотип другого родителя.

*** Кроссплатформенный анализ вообще привносит много ложных (составных) УПСов. Ну, а в работе Джона по фазированию особенно.
В утешение можно сказать, что работа ведётся и ведётся в нужном направлении. И это хорошо, товарищи. ©  :)

Оффлайн Kartveli

  • Сообщений: 535
  • Страна: ge
  • Рейтинг +154/-0
    • Georgian DNA Project
  • Y-ДНК: J-BY70
  • мтДНК: D4c2b
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #31 : 08 Июль 2012, 16:25:42 »

Пока не очень получается даже восстановление генома одного из родителей.  :-\ Хотел было выложить бурную переписку с Джоном, да передумал.
Так что дед - это не скоро. Если конечно речь идёт об обработке сэмплов двоюродных братьев.
Если же, как в Вашем случае, отец и бабушка, то нужны сэмплы дядь-тёть со стороны отца (для генеалогических нужд!!! то есть для выявления дополнительных родичей со стороны деда).
Иными словами, имея одного из родителей и нескольких детей, пытаемся восстановить гаплотип другого родителя.

*** Кроссплатформенный анализ вообще привносит много ложных (составных) УПСов. Ну, а в работе Джона по фазированию особенно.
В утешение можно сказать, что работа ведётся и ведётся в нужном направлении. И это хорошо, товарищи. ©  :)

Спасибо! В моем случае остается лишь дядя. Когда позволят финансы, его тоже протестирую.

А вот о различиях платформ задумался только сейчас, когда кит уже приехал :(

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34613
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2950/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #32 : 08 Июль 2012, 16:37:08 »
Покажу наглядно существующий результат.

Вот это приближенцы с крупными УПСами по фазированному гаплотипу моего отца, полученного из моего и моей матери:



То есть, в списке имеем Лесли Линн.

А это приближенцы для тех же самых пороговых значений УПСов по фазированному гаплотипу отца, полученного из сэмплов матери и сестры:



Имеем три других персоны.

Предполагается, что при правильном слиянии двух фазированных отцовских гаплотипов, в листе должны быть четыре персоны (одна из моего листа и три из сестриного).

Но, увы, получаем лист, идентичный одному из сэмплов. Не получается пока технически слияние фрагментарных гаплотипов:



*** Думаю, что по индексам сэмплов, Вы наверняка заметили, что обработка кросс-платформенная.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34613
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2950/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #33 : 08 Июль 2012, 16:51:27 »
Рискуя быть занудным, повторю ещё по своему предыдущему посту.

Идея не в том, чтобы получить в комбинированном реконструированном родительском гаплотипе тех же самых людей, что присутствуют в каждом из сэмплов детей. (Это задача минимум, указующая на то, что слияние проведено правильно. То есть и приближенцы все должны присутствовать, и УПСы с каждым из них должны быть не меньше, чем у детей.)

Основная же задумка - это получение новых приближенцев, которые ни у одного из детей не присутствуют. (То есть компенсация поколенного затухания.)

Оффлайн Kartveli

  • Сообщений: 535
  • Страна: ge
  • Рейтинг +154/-0
    • Georgian DNA Project
  • Y-ДНК: J-BY70
  • мтДНК: D4c2b
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #34 : 08 Июль 2012, 19:06:25 »
Спасибо за примеры и пояснения!

В принципе, у меня с отцовской стороны значимых совпаденцев нет, по понятным причинам. На данном этапе меня больше интересует реконструкция предковых компонентов деда

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #35 : 13 Июль 2012, 08:36:43 »
ФТДНа объявило скидки до 15 июля.

Пожалуйста, подскажите!

1. Давно сделала тест на 23эндми.
2. Позже протестировала кузину по маме.
Нашлось более 200 совпаденцев (около 150 общих с кузиной, из них порядка 70 открылись).

3. В прошлом году по акции за $50 конвертировала свои данные 23эндми на ФТДНА (кузину не конвертировала).
Результат - около 20 совпаденцев всего. Хотя по Леону и гедмачу есть много близких совпаденцев именно на ФТДНА. (более того - конвертированные данные приемной дочки-подкидыша, у которой на 23эндми 17 совпаденцев, на ФТДНА не показали никого, даже тех отца и сына, с коими у девочки на 23эндми 0.22% shared, 1 segment и которые точно протестированы на ФТДНА)

Вопросы:

---Я так понимаю, что на ФТДНА нельзя, как на 23эндми приглашать участников для зашаривания? Более того, кроме найденных самой ФТДНА совпаденцев никого из других участников я видеть не могу?
Правильно?

--- В такой ситуации стоит ли тратить деньги для тестирования на ФТДНА кого-то из кузенов по другим линиям?  ???

Если стоит, то какой тест лучше - мтДнк или фэмилисерч?

Спасибо!




Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #36 : 13 Июль 2012, 14:21:28 »
1. на ФТДНА зашаривания как такового нет. Для просмотра доступны все данные совпаденцев. С ними можно связаться по электронной почте, просмотреть их профиль и совпадающие сегменты хромосом. То есть все также как в 23иЯ. Только другой интерфейс. Более тяжеловесный. Но зато все совпаденцы (кроме тех, кто закрыли свои данные как приватные) доступны по умолчанию.

2. База в ФТДНА существенно меньше чем в 23иЯ по аутосомным данным. Поэтому и совпаденцев меньше.
А размер совпадающих участков в сМ можно регулировать вручную. Там фильтр есть.

3. Family Finder дает информацию аналогичную 23иЯ. Только снипов там поменьше. мтДНК, включая FGS - это прямая женская линия. митоДНК низковариабельная. Для генеалогического поиска эта информация на 95% бесполезна.


Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6402
  • Страна: ru
  • Рейтинг +827/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #37 : 13 Июль 2012, 15:03:43 »

3. Family Finder дает информацию аналогичную 23иЯ. Только снипов там поменьше.
Ув. Шад,
В Family Finder 710 000 пар снипов. А сколько в 23иЯ
« Последнее редактирование: 13 Июль 2012, 15:48:27 от Eugene »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #38 : 13 Июль 2012, 16:23:03 »

3. Family Finder дает информацию аналогичную 23иЯ. Только снипов там поменьше.
Ув. Шад,
В Family Finder 710 000 пар снипов. А сколько в 23иЯ

Цитировать
The technology that we use, the Illumina OmniExpress Plus, analyzes approximately 1,000,000 SNPs that cover the entire genome. Although this is still only a fraction of the more than 10 million SNPs that are estimated to be in the human genome, these 1,000,000 are specially selected because they provide a lot of information about other nearby SNPs. This maximizes the information we can get from every SNP we analyze, while keeping the cost low.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6402
  • Страна: ru
  • Рейтинг +827/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #39 : 13 Июль 2012, 16:47:28 »
Цитировать
The technology that we use, the Illumina OmniExpress Plus, analyzes approximately 1,000,000 SNPs that cover the entire genome. Although this is still only a fraction of the more than 10 million SNPs that are estimated to be in the human genome, these 1,000,000 are specially selected because they provide a lot of information about other nearby SNPs. This maximizes the information we can get from every SNP we analyze, while keeping the cost low.
Спасибо Шад,
Только не понятно у них 1 000 000 пар как в ФТДНА или просто 1 000 000?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6246
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1116/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #40 : 16 Январь 2013, 08:11:57 »
Веренич про фазирование. С практическим примером.

http://goo.gl/axmF2

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1048
  • Рейтинг +142/-1
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #41 : 10 Сентябрь 2013, 12:19:26 »
Посчитала свои совпадения с отцовской и материнской сторон по данным 23andme. Из моих 361 DNA relatives 129 не имеют сродства с моими родителями. Т.е. это либо ложные, либо составные УПСы.
А 6 человек родственны мне и по отцовской и по материнской линиям, причем 3 из них финны, 1 -?, 2 русских (одна из которых с фамилией Карелина-может быть тоже откуда-то рядом с Финляндией?)

Проверила и по своим детям. В одном случае из 436 - 141 ложные ( 5 родственны по 2м линиям) , в другом - из 399 - 126 ложные ( 4 родственны по 2м линиям).
Т.е. примерно 1/3 - ложные сигналы.
« Последнее редактирование: 10 Сентябрь 2013, 13:26:53 от Людмила »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34613
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2950/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #42 : 10 Сентябрь 2013, 19:20:06 »
Из моих 361 DNA relatives 129 не имеют сродства с моими родителями. Т.е. это либо ложные, либо составные УПСы.
35.73%!


Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1048
  • Рейтинг +142/-1
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #43 : 10 Сентябрь 2013, 23:40:26 »
Цитировать
35.73%!
Да, многовато. Так что имейте ввиду те, у кого нет возможности сравнить себя с родителями.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5433
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2199/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #44 : 11 Сентябрь 2013, 07:04:14 »
Да, многовато. Так что имейте ввиду те, у кого нет возможности сравнить себя с родителями.
Думаю, что число надо еще увеличить. Это ведь только УПСы, которые оказались ложными с вашей стороны. А со стороны совпаденцев часть УПСов тоже должны быть ложными (у вас и одного из ваших родителей есть, у совпаденца есть, у его родителей нет)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100