АвторТема: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA  (Прочитано 19813 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #75 : 17 Сентябрь 2013, 19:01:32 »
Эта тема еще ждет исследования  :)

Srkz,

Если надумаете заняться синтезом гаплотипов, то я Вам могу представить данные (raw data) по своей тёще и её трём детям для работы.

Ну, и хоть никто не спрашивал, скажу чего от реконструированных гаплотипов жду я.

Надеюсь получить лист дополнительных родичей непротестированного родителя, не детектируемых из-за поколенного затухания у всех его протестированных детей.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5440
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2206/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #76 : 17 Сентябрь 2013, 19:36:03 »
Если надумаете заняться синтезом гаплотипов, то я Вам могу представить данные (raw data) по своей тёще и её трём детям для работы.
Хорошо, обязательно дам вам знать, если займусь этим и будет получаться что-то полезное.
Цитировать
Ну, и хоть никто не спрашивал, скажу чего от реконструированных гаплотипов жду я.
Надеюсь получить лист дополнительных родичей непротестированного родителя, не детектируемых из-за поколенного затухания у всех его протестированных детей.
Да это понятно :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #77 : 06 Ноябрь 2015, 21:45:30 »
Статистика по фазированию.

Использую четыре гаплотипа мамы (23эндМи), сестры (23эндМи), свой (23эндМи и ФТДНА). Считаем, что геномов три. Свой дубль использую для устранения ноу-коллов.
Задача: синтезировать гаплотип отца.

11.1% снипов не удалось реконструировать полностью. (Во всех трёх исходных геномах совпадающие гетерозигтные значения. Например, АС.)
18.5% снипов реконструированны полностью.
70.4% снипов реконструирован только один аллель.

По последнему случаю недостающее значение можно дополнить ноу-коллом. Например, А-. Либо поставить гомозиготным. Например, АА.

Также по первому и последнему случаям, недостающие значения можно дополнить модальными значениями, полученными из 40 геномов односельчан отца.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #78 : 06 Ноябрь 2015, 21:49:48 »
Да, забыл сказать. Конечно же по первому случаю можно и отцу поставить такое же гетерозиготное значение. Один аллель угадается точно.    :)


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #79 : 07 Ноябрь 2015, 19:50:31 »
Цитировать
With only two siblings, a quarter of the missing parents’ chromosome on average will not have been passed to any offspring and the inheritance pattern will have only same or different possibilities and it becomes impossible to determine which sibling’s chromosome is changing at a recombination cut point.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #80 : 07 Ноябрь 2015, 19:52:19 »
Цитировать
Sometimes, even with four or more children, some (usually small) parts of the missing parent’s chromosomes may not be passed to any of the children.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #81 : 07 Ноябрь 2015, 20:00:31 »
Пока:

Цитировать
Phasing has not, as yet, been incorporated into the computer programs of the various commercial DNA companies who offer autosomal and X-chromosome tests.

Остаётся надееться, что это сделают сторонние компании. Скажем, ДНАлэнд.


*** Использование существующих инструментов не позволило мне увеличить лист генетических родичей. (Это основная идея фазирования.)
Обрабатывал две группы (мать + 2 детей; мать + 3 детей).
Заставки недостающих значений делал либо частичными ноу-коллами, либо гомозиготно, либо по листам наиболее частых значений. Всё это добавляло спекулятивных родичей и искажало степени родства.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #82 : 07 Ноябрь 2015, 23:14:07 »
Вот так выглядят родительские геномы. Явно тестированный и реконструированный (родитель + 2 ребёнка).





Оффлайн Oleg Vladimirov

  • Сообщений: 320
  • Страна: ru
  • Рейтинг +413/-0
  • Y-ДНК: R1a1 - Y28938
  • мтДНК: МЖ - H23, ММЖ - H11a1, МЖМЖ - H2a2a1, МЖЖМЖ - U5a1d2b, супруга - H6a1a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #83 : 07 Ноябрь 2015, 23:28:18 »
Возник такой вопрос.
Хотел бы реконструировать геном своего деда по отцу.
По линии деда никого не тестировал. Но, есть FF младшего брата бабушки, а также есть FF всех ее 4 детей - моего отца, 2 его сестер и брата. С моим отцом общая у них только мать. Всех тестировал в FTDNA.
По сути ведь этих "данных" должно быть достаточно, чтобы "отсеяв" у моего отца сегменты идущие от матери реконструировать геном деда.

Каким образом лучше всего реконструировать геном деда?



« Последнее редактирование: 07 Ноябрь 2015, 23:39:53 от Oleg Vladimirov »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #84 : 08 Ноябрь 2015, 00:24:35 »
Итак.
Вместо одного из родителей (матери) у нас имеется только брат.
Ещё есть четверо детей. Отец + две его единоутробные сестры и брат
Задача восстановить геном отца. Для поиска родственников по отцовской линии.

Если задача заключается только в том, чтобы определить, какие родственники идут со стороны отца (точнее, деда по отцу), а которые со стороны матери (точнее, бабушки по отцу) я бы поступил следующим образом:
1. Закачал бы данные ФФ в формате Эксел по Вашим отцу, двум тётям и дяде, двоюродному деду.
2. Отсортировал бы каждый список.
3. Осортированные списки свёл бы в общую таблицу.
4. Всех персон в колонке Вашего отца, встречающихся у кого-либо из тёть, дяди, двоюродного деда, выделил бы в отдельный столбец. Это родственники со стороны бабушки по отцу.
5. Все оставшиеся персоны в списке Вашего отца - это либо родственники со стороны деда, либо составные УПСы. (Конечно, возможно, что несколько человек со стороны бабушки тоже просочатся.)

Работу эту вполне можно сделать вручную.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #85 : 08 Ноябрь 2015, 00:26:57 »
Собственно фазирование Вам не рекомендую.
1. Имеем неполный набор исходных данных для любой из утилит.
2. Полученный гаплотип можно будет вставить в ограниченные базы. Типа, ГедМатч, или ДНАлэнд.

Оффлайн Oleg Vladimirov

  • Сообщений: 320
  • Страна: ru
  • Рейтинг +413/-0
  • Y-ДНК: R1a1 - Y28938
  • мтДНК: МЖ - H23, ММЖ - H11a1, МЖМЖ - H2a2a1, МЖЖМЖ - U5a1d2b, супруга - H6a1a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #86 : 08 Ноябрь 2015, 00:43:57 »
Спасибо, согласен с тем, что фазирование будет неполным. Всех совпаденцев я уже вручную отсортировал. Вышла следующая картина: всего 110 человек в FF-листе, из них не совпали с дядей, единоутробными братом и сестрами - 57 человек, но все не с самыми большими сегментами (максимальный Longest Block: 11.08 сМ). В Gedmatch не всех пока отсортировал, но там есть совпаденец, с кем родство явно по деду, у отца с ним всего 1 сегмент. но 25.60 сМ. Наверное родство тоже отдаленное, раз всего  на 1 сегменте.

Просто подумал, что если по этим 5 результатам как-то вывести геном деда, интересно было бы его сравнить. Может тогда картина какая-то более цельная была, пусть и неполная.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #87 : 08 Ноябрь 2015, 00:46:17 »
Спасибо, согласен с тем, что фазирование будет неполным. Всех совпаденцев я уже вручную отсортировал. Вышла следующая картина: всего 110 человек в FF-листе, из них не совпали с дядей, единоутробными братом и сестрами - 57 человек, но все не с самыми большими сегментами (максимальный Longest Block: 11.08 сМ).

Нормальные размеры УПСов, учитывая низкую удельную протестированность по бывшему СССР.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34649
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2962/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #88 : 08 Ноябрь 2015, 00:48:35 »
В Gedmatch не всех пока отсортировал, но там есть совпаденец, с кем родство явно по деду, у отца с ним всего 1 сегмент. но 25.60 сМ. Наверное родство тоже отдаленное, раз всего  на 1 сегменте.
Надеюсь, родич начинается на М? Т.е. протестирован в 23эндМи. Если же на F, то это полная фигня.

Оффлайн Oleg Vladimirov

  • Сообщений: 320
  • Страна: ru
  • Рейтинг +413/-0
  • Y-ДНК: R1a1 - Y28938
  • мтДНК: МЖ - H23, ММЖ - H11a1, МЖМЖ - H2a2a1, МЖЖМЖ - U5a1d2b, супруга - H6a1a
Re: Фазирование данных 23иЯ и FTDNA
« Ответ #89 : 08 Ноябрь 2015, 00:55:16 »
Да, он тестировался в 23andMe. Вот думаю, кому-либо из его родственников старшего поколения предложить ДНК, чтобы узнать по какой линии идет родство.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100