В.А. Степанов (НИИ МГ СО РАМН, Томск). Генетическая история населения Евразии: данные Y-  и Х-хромосомных гаплотипов и аутосомных SNP.




© Авторскими правами на всю неопубликованную информацию, запечатленную на фотоснимках, обладают ученые Лаборатории эволюционной генетики НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН под руководством доктора биологических наук В.А.Степанова.

Y - Харьков В.Н., Степанов В.А.
X - Хитринская И.Ю., Харьков В.Н., Степанов В.А.

Происхождение человека и география генетического разнообразия: по следам нашей ДНК


Популяционная генетика человека: смено подходов, методов и объектов


Генетическое разнообразие человека


Филогеография гаплогрупп мтДНК и Y-хромосомы

 
Генетическая модель истории современного человека, построенная на основе данных мтДНК и Y-хромосомы


Происхождение и расселение человека: непротиворечивая картина междисциплинарных данных

 
Популяционная генетика человека: задачи и перспективы

 
Разнообразие линий Y-хромосомы в Северной Евразии

 
Генетическая дифференциация популяций Евразии по Y-хромосоме

 
Y-хромосомная карта Европы

 
Генетические барьеры в Евразии по данным Y-хромосомы

 
Генетические барьеры в Европе

 
Факторный анализ популяций в Евразии

 
Факторный анализ популяций в Европы (без Кавказа)

 
Гаплогруппа R1a1
M17 5-10 ky Kurgan culture? Proto-Indo-Europeans?
30-50% Balto-Slavs;30% Indostan; 20% Central Asia; 20-60% Altay-Sayan

 
Медианная сеть микросателлитных гаплотипов R1a1

 

Медианная сеть гаплотипов R1a1 для этносов Южной Сибири

 
Гаплотипы X-хромосомного локуса ZFX

 
Структура неравновесия по сцеплению (LD) в локусе ZFX

 
Структура неравновесия по сцеплению (LD) в популяциях HapMap 

 
Древо гаплогрупп и гаплотипов ZFX

 
Эволюционное древо и классификация гаплотипов ZFX 

 
Разнообразие ZFX в Евразии

 
Генетические барьеры в Евразии по данным ZFX

 
PC analysis World

 
Кластерный и факторный анализ ZFX

 
Резюме X/Y

 
 

 
Полногеномный анализ аутосомных SNP на биочипах Affymetrix 56K (PASNPI, Seielstad  et al., 2008)

 
Ресеквенирование полных геномов (Jun Wang et al., 2009)
Yanhuang project - The First  Sequenced Asian Genome)

 
Генетика происхождения донора ДНК проекта Yanhuang  (Jun Wang et al., 2009)
Анализ популяционно-специфичных SNPs из HapMap у Вентера, Уотсона и Yanhuang
Донор - здоровый китаец (хань)

 
Yanhuang: от генотипа к фенотипу  (Jun Wang et al., 2009)

 
Благодарности коллегам

Неплохо. Есть сильнейшие моменты.
Если бы ещё наши иследователи научлись публиковаться, как импортники - сразу и развёрнуто, с приложениями, цены бы их работам не было не только среди нас, но и во всём мире.
Необходимо пригласить авторов для неконспектного, а развёрнутого выражения мыслей в наш журнал.

Наш ресурс работает над этим - своими действиями мы показываем пример, как можно было бы представить всю информацию - оперативно и полно, с комментариями. Более того, создав журнал "RJGG", мы готовы взвалить на свои плечи часть работы. Так и хочется прокричать: "Науку - в массы!"

Да, действительно, это один из самых глубоких всесторонних анализов из тех, что я видел. Тут и факторный, и кластерный (филогенетический) анализы, и филогенетические сети, и эволюционные древа. Ну, и конечно же стандартный метод ПГ - анализ молекулярной дисперсии. Кроме того, оценка корреляций между разными статистическими данными. Есть даже анализ сцепления по неравновесию (!). Хотел бы увидеть пояснения по слайдам с данными LD, так как мне необходимо прояснить суть этого подхода и насколько его целесообразно использовать не по отношению к аутосомам, а к Y-STR.

У генетиков сейчас пора отпусков, надо полагать... Боюсь, что их "участие" мы сможем ощутить лишь осенью. Надо Владимира Харькова попросить посодействовать с комментариями к докладу. А, быть может, Вадим Анатольевич заглянет к нам и... хотя бы по почте пришлет к-л комментарии... Будем ждать и надеяться...

Комментарии хорошо.
Намного лучше - автор размещает краткую статью, как это и принято, в своём журнале, а развёрнутую версию - здесь.

(почти) Ко всем участникам на конференции я подходил с вопросом написания статьи на основе доклада. Подходили, также, вместе с Аббатом - он не даст соврать.

Да, за тестами типа 23эндМи и ДекодМи - будущее.
И потом всегда нижеприведенная картинка удивляет. То есть было себе несколько стад протолюдей. Размеры популяции как у современных шимпанзе. А потом - бац! И за 50-100 тысяч лет расплодились до почти 7 миллиардов.
Т.е. среднеежегодный прирост человечества находился на уровне 0.013 - 0.0027 %!

Увадаемый Вадим Варенич! Смысла применять математику анализа LD на Y  нет никакого, т.к. там все сцеплено на 100%, то есть полное неравновесие по сцеплению.

Спасибо за комментарий, ув.Владимир. Я подразумевал не inter loci  анализ одной хромосомы Y, а выборки из определенного набора микросателлитных локусов Y-хромосом. Или подобный анализ по сцеплению не производится?

Увадаемый Вадим Варенич! Смысла применять математику анализа LD на Y  нет никакого, т.к. там все сцеплено на 100%, то есть полное неравновесие по сцеплению.

К вопросу о ZFX. Наткнулся тут на статью. Это поляки с канадцами еще в 1999-м нарыли.

http://www.genetics.org/cgi/content/full/152/3/1091

One polymorphic site (700) was shared by all the groups; at another (1093), the new allele was fixed in all non-African populations. Three sites (514, 632, and 757) had the new allele present only in non-Africans, three others (203, 400, and 491) in Africans, while at two sites (502 and 716) the new allele had a patchy distribution, presumably resulting from admixture (see DISCUSSION). Thus, the distribution of the polymorphisms distinguished Africans from other continental groups.