АвторТема: Моментальный тест на ДНК!  (Прочитано 6761 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10903
  • Страна: az
  • Рейтинг +1723/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Моментальный тест на ДНК!
« : 21 Февраль 2012, 14:01:34 »
USB stick can sequence DNA in seconds

Цитировать
"It may look like an ordinary USB memory stick, but a little gadget that can sequence DNA while plugged into your laptop could have far-reaching effects on medicine and genetic research.

The UK firm Oxford Nanopore built the device, called MinION, and claims it can sequence simple genomes – like those of some viruses and bacteria – in a matter of seconds. More complex genomes would take longer, but MinION could also be useful for obtaining quick results in sequencing DNA from cells in a biopsy to look for cancer, for example, or to determine the genetic identity of bone fragments at an archaeological dig"

Oxford Nanopore introduces DNA 'strand sequencing' on the high-throughput GridION platform and presents MinION, a sequencer the size of a USB memory stick
Цитировать
"Oxford Nanopore Technologies Ltd. today presented for the first time DNA sequence data using its novel nanopore 'strand sequencing' technique and proprietary high performance electronic devices GridION and MinION.  These data were presented by Clive G Brown, Chief Technology Officer, who outlined the Company's pathway to a commercial product with highly disruptive features including ultra long read lengths, high throughput on electronic systems and real-time sequencing results.  Oxford Nanopore intends to commercialise GridION and MinION directly to customers within 2012".

Карочи: британские учёные в лице ООО "Оксфорд Нанопор Технолоджис" изобрели новую серьёзную финтифлюшку типа флешки, названное ими как "минион", которая за считанные секунды отсеквенирует ДНК. Купить шайтан-девайс можно будет уже в 2012 г. Это тебе не в лаборатории слюнявые колбочки слать, а потом отращивать бороду в ожидании.

"Что скажете, волки?" (С - Акела)

Может, "Гентису" вооружиться сим изобретением?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #1 : 21 Февраль 2012, 14:18:53 »
Так это вам не привычные цифирки в гаплотипах.
Это тысячи гигабаз!
Как будете анализировать!

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10903
  • Страна: az
  • Рейтинг +1723/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #2 : 21 Февраль 2012, 14:27:27 »
Наверное, флешку потом втыкають в комп со специально обученной прогой, которая и выдёргивает всё как надо.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #3 : 21 Февраль 2012, 14:38:24 »
Наверное, флешку потом втыкають в комп со специально обученной прогой, которая и выдёргивает всё как надо.

Это -леля

 ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D ;D

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #4 : 21 Февраль 2012, 14:39:32 »
Фарух я бы не был столько оптимистичен и наивен :)

1 - из статьи не понятно - это устройство одноразовое (900 уе) то есть на один сиквенс или нет?
2 - пока оно тестировалось только на небольших геномах вирусов или бактерий, а 5000 баз это ерунда vs 3 млрд
3 - выделенная днк всеравно нужна, насколько я понял
4 - самое важное в севенирование кол-во прочтений, если как они хвалились за один раз, то я бы не стал доверять такому результату :)

пока имхо все это пиар для привлечения инвестиций, а не реальный проверенный продукт

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #5 : 21 Февраль 2012, 14:40:34 »
Будущее будет не за машинками-секвенаторами, а за программным обеспечением интерпретатором.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #6 : 21 Февраль 2012, 14:42:25 »

4 - самое важное в севенирование кол-во прочтений, если как они хвалились за один раз, то я бы не стал доверять такому результату :)


Минимальное количество reads тожно быть не менее 3-4, имхо.
Иначе будет много no-calls.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #7 : 21 Февраль 2012, 14:47:12 »
Минимальное количество reads тожно быть не менее 3-4, имхо.
Иначе будет много no-calls.
угу ну не 1 раз же  :) может для микроба и подойдет, а для чела лучше пару десятков раз причем в обе стороны

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10903
  • Страна: az
  • Рейтинг +1723/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #8 : 21 Февраль 2012, 14:49:04 »
Если серьёзно, то такое оборудование нужно, детали его опций могут обсуждаться. Рано или поздно его доведут до ума.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #9 : 21 Февраль 2012, 14:53:07 »
Если серьёзно, то такое оборудование нужно, детали его опций могут обсуждаться. Рано или поздно его доведут до ума.
да никто не спорит, и оно будет в будущем. купишь его как девайс подкл к айфоне 25g и вперед! тогла и начнется ЭРА... а мы будем вписаны в историю ДНК-генеалогии золотыми буквами  ;D как стоявшие у истоков

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6184
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1066/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #10 : 21 Февраль 2012, 16:20:44 »
На рынок выходит дешифратор ДНК в виде USB-флэшки
Леонид Попов, 20 февраля 2012
http://www.membrana.ru/particle/17622


USB-секвенсор ДНК радикально упрощает расшифровку генома на всех этапах – от подготовки образца самой ДНК до получения результата (фото Oxford Nanopore Technologies).

В Великобритании создан самый крошечный автоматический расшифровщик генома в мире. Он появится на прилавках уже в нынешнем году, причём — с довольно привлекательным ценником. А компанию ему составит не менее интересный ДНК-анализатор, заключённый в сервере.

Компания Oxford Nanopore Technologies представила миниатюрный одноразовый определитель последовательности оснований в молекуле ДНК — MinION.

Полностью автономный приборчик, по размеру чуть крупнее памяти-флэшки, подключается к USB-порту ноутбука или ПК. Он содержит все элементы, необходимые для полного секвенирования генома: микропотоковые системы, уникальный сенсор и специализированную электронику.


Точность работы новичка – на уровне существующих систем секвенирования, утверждают создатели прибора (фото Oxford Nanopore Technologies).
Аппарат производит прямое считывание «букв» ДНК и в реальном времени отражает их на экране, а также записывает в память компьютера.


Исследователи могут заранее определить, какой объём информации им нужен для целей того или иного опыта, или какой фрагмент генетического кода они ищут, и прекратить расшифровку сразу по достижении результата, чтобы быстро перейти к новому эксперименту.

Подготовка образцов для системы MinION тоже не требует больших усилий. Прибор работает с двухцепочечной ДНК, причём ему не требуется предварительная амплификация.

В некоторых случаях сенсор может выделить молекулу сразу же из пробы крови или сыворотки, а иногда может понадобиться небольшая предварительная обработка смеси.

Ещё интереснее, что прибор MinION является побочным проектом, родившимся при создании более крупной и мощной многоразовой системы секвенирования — GridION. Обе используют одну технологию расшифровки генома, над которой группа биохимиков из Британии и США работала около 20 лет (считая от появления голой идеи).

В основе механизма лежит полимерная мембрана со встроенными нанопорами. Эта часть прибора получена комбинацией натуральных (белки) и синтетических молекул.


Нанопоры в мембране спроектированы так, чтобы пропускать строго определённые молекулы (иллюстрация Oxford Nanopore Technologies).
Специально разработанный фермент, добавляемый в раствор с пробой, подхватывает молекулу ДНК и последовательно продавливает её через пору, как через фильеру (смотрите рисунок вверху).


В это время подключённая к поре электронная схема фиксирует электрические колебания. По их специфическому профилю аппарат вычисляет каждую прошедшую базовую пару, причём с высокой точностью даже для очень длинных фрагментов «молекулы жизни».


Белковая нанопора в мембране. Через неё идёт ионный ток, в котором возникают «перебои», различающиеся в зависимости от вида проходящих через эти «ворота» молекул. По степени отклонения тока электроника идентифицирует базовые основания ДНК (иллюстрация Oxford Nanopore Technologies).
В отличие от своего крохотного собрата система GridION представляет собой нечто вроде комплекса серверов-дешифраторов (компания называет их узлами — GridION node).


Каждый такой узел имеет слот для одноразового картриджа. Последний содержит весь набор реагентов, необходимых для полного анализа ДНК, и собственно чип-анализатор с двумя тысячами описанных выше нанопор.

Узел GridION node с высокой точностью измеряет ионные токи внутри чипа, расшифровывает их и выводит на дисплей результат секвенирования. Параллельно последовательность генетического кода записывается на внешний жёсткий диск или другой компьютер (через USB или Сеть).

За сутки один GridION node способен выдать десятки гигабайт данных по последовательности оснований в изученных ДНК.


Аппарат GridION может быть настроен на поиск не только в образце и анализ ДНК, но и других молекул – нужных учёным белков или, к примеру, взрывчатых соединений (иллюстрация Oxford Nanopore Technologies).
Хотя «сервер» GridION node способен работать как самостоятельное настольное оборудование, наиболее впечатляющий результат достигается, когда несколько таких аппаратов объединяются в серверную стойку (стандартной ширины 19 дюймов) и действуют согласованно, обмениваясь данными прямо в ходе декодирования.

(Кстати, размеры и разъёмы GridION node соответствуют обычному серверу.)


Картриджи для GridION (фотографии Oxford Nanopore Technologies).
В 2013 году должна выйти версия GridION node уже на 8000 нанопор, и она должна работать быстрее предшествующей модели.


По информации разработчиков, 20 таких машин в одной серверной стойке смогут декодировать весь геном того или иного человека всего за 15 минут.


Оба аппарата, и GridION (в первой версии), и поразительный MinION, намечено выпустить на рынок в 2012 году. Изготовитель намерен установить конкурентоспособные цены, в сравнении с самыми последними технологиями скоростной расшифровки генома.

В частности, «секвенсор ДНК — флэшка» будет стоить менее $900, передаёт Technology Review.


«Сервер» GridION node и набор таких узлов в серверной стойке. Один GridION node потребляет менее 50 ватт мощности, подчёркивает компания одно из преимуществ аппарата (иллюстрации Oxford Nanopore Technologies).
Тут нужно вспомнить, что чуть больше года назад американская компания Life Technologies представила настольный персональный расшифровщик генома Personal Genome Machine, стоящий менее $100 тысяч.

Принцип, примёнённый в нём, отличается от технологии GridION, но есть и общая черта: для автоматизированного секвенирования учёные тоже разработали микрочип, сочетающий в себе электронику с химией.

В январе 2012 года Life Technologies (вернее, её дочерняя фирма Ion Torrent) показала свою новую модель дешифратора генома под названием Ion Proton. Эта машина оценена уже в $149 тысяч, но зато чип-анализатор, скрывающийся внутри, в 1000 раз более мощный, чем прежний образец.


Аппарат Ion Proton способен прочитать полный геном человека за один день при стоимости «расходников» в $1 тысячу (фото Ion Torrent Systems/Life Technologies).
Все упомянутые аппараты должны устранить, как говорят учёные, одно из узких мест в целом ряде биологических и медицинских исследований – медленное декодирование генома.

Теперь такую задачу могут брать на себя сравнительно мелкие лаборатории, а в случае с расшифровщиком-флэшкой можно сказать, что технология декодирования ДНК находится на пороге того, чтобы прийти чуть ли не в каждый дом, подобно тому, как сейчас люди самостоятельно анализируют содержание сахара в крови.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #11 : 21 Февраль 2012, 16:27:33 »
Аппарат Ion Proton способен прочитать полный геном человека за один день при стоимости «расходников» в $1 тысячу (фото Ion Torrent Systems/Life Technologies).
Все упомянутые аппараты должны устранить, как говорят учёные, одно из узких мест в целом ряде биологических и медицинских исследований – медленное декодирование генома.

Сколько раз? Китайцы разработали технологию "прочтения генома" с помощью грида процессоров от PS3 (!). Он позволяет прочитывать полный геном за один день несколько раз.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6272
  • Страна: ru
  • Рейтинг +784/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #12 : 21 Февраль 2012, 16:29:04 »
а в случае с расшифровщиком-флэшкой можно сказать, что технология декодирования ДНК находится на пороге того, чтобы прийти чуть ли не в каждый дом, подобно тому, как сейчас люди самостоятельно анализируют содержание сахара в крови.
Да, прогресс шагает просто семимильными шагами. Не успеваем сообразить, а уже новый гаджет (скоро его так видимо и будут называть)  :)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #13 : 21 Февраль 2012, 16:30:25 »
а в случае с расшифровщиком-флэшкой можно сказать, что технология декодирования ДНК находится на пороге того, чтобы прийти чуть ли не в каждый дом, подобно тому, как сейчас люди самостоятельно анализируют содержание сахара в крови.
Да, прогресс шагает просто семимильными шагами. Не успеваем сообразить, а уже новый гаджет (скоро его так видимо и будут называть)  :)

Аналогия с диабетиками неточна

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10903
  • Страна: az
  • Рейтинг +1723/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Моментальный тест на ДНК!
« Ответ #14 : 22 Февраль 2012, 09:18:19 »
Если всё описанное - реально, то для реализации ДНК-проектов достаточно приобрести минион, энное количество раз приложить его к испытуемому - и результат готов.  ;D

Подходишь к какому-нибудь нужному поциенту и говоришь "А ну ка, милай друк, давай-ка проверим тебя на гаплу и 67-маркёров. Больно не будет, зуб даю. Раз и всё!"

Подобная практика поставит под удар прибыль таких Йог Сототов ДНК-бизнеса как ФТДНА и ей подобных.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100