N1-Z1936 Savo LLY22g recLOH [L708+,L1026+,L1022-,L550-]

[Yurgan]

M

Mutation так обозначается

Нет, это что-то другое - во всех других случаях показан измененный элемент.

[Centurion]

M

Mutation так обозначается

Нет, это что-то другое - во всех других случаях показан измененный элемент.

можете не верить - дело ваше 

[Yurgan]

M

Mutation так обозначается

Нет, это что-то другое - во всех других случаях показан измененный элемент.

можете не верить - дело ваше 

Вот этот же участок у 117443 Setälä, Finland N1b
AGATTTAGATAATTCTGAAAAGC


Т.е. показана мутация C на A.



А вот тот же участок у 154501 Shikalov, Russia – карельская ветвь N1c1

AGCTTTAGATAATTCTGAAAAGC

Т.е. LLY22g_2 C- - мутации нет.

У других представителей финно-карельской ветви, протестированных по WTY (N25747 Pyykkonen, Finland и 141818 Wayrynen, Finland)  эти участки в финче не показываются, поэтому непонятно, что там и больше из этой ветви никто непроверялся.

[Centurion]

я показал нукл. замены в positive исходя из reference

[mouglley]

Вот этот же участок у 117443 Setälä, Finland N1b
AGATTTAGATAATTCTGAAAAGC


Т.е. показана мутация C на A.



А вот тот же участок у 154501 Shikalov, Russia – карельская ветвь N1c1

AGCTTTAGATAATTCTGAAAAGC

Т.е. LLY22g_2 C- - мутации нет.

У других представителей финно-карельской ветви, протестированных по WTY (N25747 Pyykkonen, Finland и 141818 Wayrynen, Finland)  эти участки в финче не показываются, поэтому непонятно, что там и больше из этой ветви никто непроверялся.

Из всех тестированных на финче выложены:

183394 (GRC11055225)
LLY22g_1 T+
LLY22g_2 A+

73958 (GRC012523)
LLY22g_2 A+

То есть, эти снипы довольно-таки непостоянные.

[Yurgan]

Вот этот же участок у 117443 Setälä, Finland N1b
AGATTTAGATAATTCTGAAAAGC


Т.е. показана мутация C на A.



А вот тот же участок у 154501 Shikalov, Russia – карельская ветвь N1c1

AGCTTTAGATAATTCTGAAAAGC

Т.е. LLY22g_2 C- - мутации нет.

У других представителей финно-карельской ветви, протестированных по WTY (N25747 Pyykkonen, Finland и 141818 Wayrynen, Finland)  эти участки в финче не показываются, поэтому непонятно, что там и больше из этой ветви никто непроверялся.

Из всех тестированных на финче выложены:

183394 (GRC11055225)
LLY22g_1 T+
LLY22g_2 A+

73958 (GRC012523)
LLY22g_2 A+

То есть, эти снипы довольно-таки непостоянные.

Очень странно.
Везде в проектах показано, что Shikalov LLY22g+
А он однозначно LLY22g-
154501 Shikalov, Russia – карельская ветвь N1c1
Предковый вариант
AGCTTTAGATAATTCTGAAAAGC

Из всех, прошедших WTY, однозначно LLY22g+ только у
117443 Setälä, Finland N1b
AGATTTAGATAATTCTGAAAAGC

У боьшинства, в том числе 73958 (GRC012523)
там стоит M, K или вообще WK

Это означает, что какая-то мутация есть, но какая конкретно замена не ясно и совсем не означает, что это точно такая  же мутация, как у N1b, где четко виден переход C – A, или G – T.

Но у уважаемого Eugene 183394 (GRC11055225) действительно LLY22g+

AGATTTAGATAATTCTGAAAAGC

Там же рядом находится снип L593_2 ChrY:22432111..22432111
У всех там стоит W, а Setälä – A или T

Финч уважаемого Валихана так и не показывает.

Уважаемый Juhani должен запросить ФТДНА, почему этот участок он не может увидеть в своем финче.

[mouglley]

Выделены в отдельную группу N1c1*(xL550) Savo LLY22g recLOH гаплотипы, у которых снип LLY22g может оказаться изничтоженным:
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/haplotypes/table/366/

Им надо проверить свои LLY22g.

[mouglley]

12 кандидатов на LLY22g recLOH:
N1c1-L1026(xL550,L102,L034,Z1935) Savo [L708+,L1026+,L1022-,L550-] (test for LLY22g recLOH

[mouglley]

Новый кандидат на Savo-LLY22g_recLOH 239163 Jan Davidsson, b. 1693, d. 1773 Sweden

[mouglley]

И ещё один: 252159 Antti Vääräin,1652-1740, Vimpeli, Finland

[ankr21]

Тема древняя. Может и не актуально. После апгрейда YF06184 hg19-hg38 вылез LLY22g_2 - одно прочтение.