АвторТема: HaploGrep  (Прочитано 2181 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
HaploGrep
« : 08 Февраль 2012, 21:01:16 »
http://haplogrep.uibk.ac.at

Формат исходного .hsd файла:
Для прошедших FGS :

SampleId<tab>Range<tab>Haplogroup<tab>Polymorphisms (delimited with tabs)                                                                                                                             
Vasya<tab>16001-16569; 1-574; 575-16000<tab>?<tab>16362C  16482G  239C 263G 309.1C 315.1C 523.1C 523.2A   750G 1438G 3915A 4727G 4769G 8860G 9380A 10936T 11253C 15326G

Если располагать снипы в порядке HVR1 HVR2 CR.

Для прошедших HVR1+HVR2 :
SampleId<tab>Range<tab>Haplogroup<tab>Polymorphisms (delimited with tabs)                                                                                                                             
Petya<tab>16001-16569; 1-574<tab>?<tab>16362C  16482G  239C 263G 309.1C 315.1C 523.1C 523.2A

Не забывать разделять табами!
« Последнее редактирование: 08 Февраль 2012, 22:21:38 от napobo3 »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1096/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: HaploGrep
« Ответ #1 : 08 Февраль 2012, 21:43:32 »
А каким образом можно получить файл в формате, пригодном для обработки? FASTA - не подходит...

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: HaploGrep
« Ответ #2 : 08 Февраль 2012, 21:52:12 »
А каким образом можно получить файл в формате, пригодном для обработки? FASTA - не подходит...
Зайти на собственую страницу в ФТДНА https://my.familytreedna.com/mtdna-results.aspx и скопипейстить все "HVR1/HVR2/CR DIFFERENCES FROM rCRS"
После чего отредактировать.

"Alternatively, this format is generated automatically with our freely available epidemiological data management system eCOMPAGT."
http://haplogrep.uibk.ac.at/website/faq.html

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1096/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: HaploGrep
« Ответ #3 : 09 Февраль 2012, 20:51:53 »
Шикарная утилита. Благодаря уважаемому napobo3 удалось составить файл данных. В результате имею:
1. четкая предикция гаплогруппы.
2. графическое изображение дерево с выделением снипов, идентифицирующих субклады.
3. определение моего приватного снипа 3796G.

Кстати, я могу теперь себя идентифицировать как J1c2+3796? По такому принципу в программе обозначена ветвь с приватным снипом, не имеющая стандартного обозначения.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: HaploGrep
« Ответ #4 : 09 Февраль 2012, 21:12:51 »
Не совсем понимаю как хаплогреп строит деревья - он может только копировать фрагменты Philotree. Там нет встроенного философта, только возможность экспорта. Может выложите картинку?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1096/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: HaploGrep
« Ответ #5 : 09 Февраль 2012, 22:40:05 »
Не совсем понимаю как хаплогреп строит деревья - он может только копировать фрагменты Philotree. Там нет встроенного философта, только возможность экспорта. Может выложите картинку?


Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: HaploGrep
« Ответ #6 : 09 Февраль 2012, 23:36:20 »
Это только фрагмент дерева Phylotree. Там нет ничего приватного.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6232
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1096/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: HaploGrep
« Ответ #7 : 10 Февраль 2012, 00:02:08 »
Это только фрагмент дерева Phylotree. Там нет ничего приватного.

На дереве нет. Приватный снип указан на панеле левее.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: HaploGrep
« Ответ #8 : 10 Февраль 2012, 00:19:51 »
Им лучше использовать не Phylotree а какую-нибудь более подробную сборку, вроде моей :) Кстати, если переформатировать мое дерево в формат как они едят Файлотрее, может так и получится. У них ведь есть оффлайн-версия?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100