Я делаю следущим образом - добавляю гаплотипы (2-3, максимум 4 за раз). Проверяю конфигурацию древа на предмет "прочных" в филогенетическом смысле ветвей (mppart=1.000). Чтобы конфигурация не менялась драматическим образом, задаю гаплотип I2a-DinN в качестве исходного модального корня с помощью dr@, а I2a-DinS - задаю в качестве узла OUTGROUP. В результате даже при добавлении новых гаплотпов древо меняется не существенным образом.