Содержимое файлов NEXUS, использованных для построения древа в предыдущем сообщении
Файл TNT (получен из файла .ych путем бинаризации Валериной утилитой prepare, поскольку NEXUS поддерживает запись неполных гаплотипов, то в неполных гаплотипах кн.Четвертинского, Можаривского, Варзабу и Гвождецкого отсутвующие маркеры заменены на "?")
xread
'33 benchmark'
66 33
Latosky 001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg 011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post 001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej 001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant 001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik 000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich 001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah 011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich 001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich 001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov 001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov 001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski 001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek 000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski 001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka 001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig 000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber 000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert 101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke 000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek 000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet 001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler 000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman 001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz 000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved 001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp 001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz 001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski 01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky 00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu 00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn 00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
;
Полученный в TNT NEXUS файл с матрицей и 5 деревьями
#NEXUS
begin data;
dimensions ntax=32 nchar=66;
format missing=? symbols="0~1";
matrix
Latosky 001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg 011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post 001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej 001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant 001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik 000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich 001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah 011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich 001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich 001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov 001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov 001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski 001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek 000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski 001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka 001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig 000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber 000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert 101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke 000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek 000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet 001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler 000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman 001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz 000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved 001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp 001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz 001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski 01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky 00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu 00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn 00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
;
end;
begin trees ;
tree tnt_1 = [&U]
(1,((((((((((((2,8),(30,31)),(28,32)),(12,(10,14))),(6,(11,15))),((3,16),(4,9))),(26,27)),(19,22)),(20,(23,24))),(7,29)),(21,(25,(17,18)))),(5,13)));
tree tnt_2 = [&U]
(1,((29,((((((2,8),(28,32)),(30,31)),(((3,16),(10,(11,15))),(4,9))),(14,(7,12))),(((26,(27,(21,((6,25),(17,18))))),(20,(23,24))),(19,22)))),(5,13)));
tree tnt_3 = [&U]
(1,(((((2,8),((((14,(10,((3,16),((4,9),(11,15))))),(7,12)),(29,32)),(30,31))),(6,28)),((27,(26,(21,(25,(17,18))))),((19,22),(24,(20,23))))),(5,13)));
tree tnt_4 = [&U]
(1,((((((((((((2,8),(28,32)),(30,31)),(10,(12,14))),(6,(11,15))),((3,16),(4,9))),(26,27)),(19,22)),(20,(23,24))),(7,29)),(21,(25,(17,18)))),(5,13)));
tree tnt_5 = [&U]
(1,((6,7,10,12,14,21,25,26,27,28,29,32,(2,8),(3,16),(4,9),(11,15),(17,18),(19,22),(20,23,24),(30,31)),(5,13)));
end ;
Этот файл был загружен в Mesquite (отличная программа с особенно гибким механизмом экспорта данных , несмотря на то, что как любое Java приложение
потребляет безбожное количество опер.памяти), где с помощью особой опции Export to MrBayes был сгенерирован NEXUS скрипт для запуска в MrBayes. В MrBayes есть интересная опция, которая позволяет вычислять вероятность расположения ветвей с пропущенными бинарными признаками ("??"). Например, в древе из предыдущего поста была расчитана апостериорная вероятность расположения ветви волынского князя Четвертинского рядом с гаплотипом волынского шляхтича Гулевича. Она составляет 55%.
#NEXUS
BEGIN DATA;
DIMENSIONS NTAX=32 NCHAR=66;
FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ?;
MATRIX
Latosky 001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg 011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post 001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej 001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant 001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik 000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich 001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah 011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich 001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich 001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov 001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov 001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski 001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek 000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski 001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka 001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig 000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber 000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert 101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke 000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek 000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet 001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler 000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman 001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz 000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved 001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp 001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz 001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski 01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky 00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu 00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn 00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
;
END;
begin mrbayes;
set autoclose=yes nowarn=yes;
lset nst=6 rates=invgamma;
unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all);
prset applyto=(all) ratepr=variable;
mcmcp ngen= 10000 relburnin=yes burninfrac=0.25 printfreq=10 samplefreq=10 nchains=4 savebrlens=yes;
mcmc;
sumt;
end;