АвторТема: Филогенетические древа I2a  (Прочитано 135489 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #135 : 24 Сентябрь 2009, 18:16:39 »
Так какой вариант более правильный?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #136 : 24 Сентябрь 2009, 18:20:01 »
Почему? У меня бинарных признаков 65 а у Вас 63 :) Ясное дело что разная стоимость.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #137 : 24 Сентябрь 2009, 18:23:26 »
Я убрал последние 01 в матрице.

Почему? У меня бинарных признаков 65 а у Вас 63 :) Ясное дело что разная стоимость.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #138 : 24 Сентябрь 2009, 18:34:42 »
Я убрал последние 01 в матрице.

Почему? У меня бинарных признаков 65 а у Вас 63 :) Ясное дело что разная стоимость.

теперь приаттачил файл где у меня 565


ТНТ Ратчет+Дефолт дает 568

Возможно и на этот раз у нас отличается число колонок

Но ТНТ все равно быстрее и лучше :)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #139 : 24 Сентябрь 2009, 18:37:57 »
Я использую дефолтные значения +Ратчет+Фьюз три

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #140 : 24 Сентябрь 2009, 18:40:29 »
Еще рекомендую Implicit Enumeration (т.е. точное решение) того файла где у меня 65 25, он весь выложен в посте :) Но, опять-таки, не смотря на преимущество и в этом вопросе Murka FN, программа ТНТ все равно лучше мурки :)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #141 : 29 Сентябрь 2009, 23:13:06 »
Содержимое файлов NEXUS, использованных для построения древа в предыдущем сообщении

Файл TNT (получен из файла .ych путем бинаризации Валериной утилитой prepare, поскольку NEXUS поддерживает запись неполных гаплотипов, то в неполных гаплотипах кн.Четвертинского, Можаривского, Варзабу и Гвождецкого отсутвующие маркеры заменены на "?")

xread
'33 benchmark'
66 33
Latosky     001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg    011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post        001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej       001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant        001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik      000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich    001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah        011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich     001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich    001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov    001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov       001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski    001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek   000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski    001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka      001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig    000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber      000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert     101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke    000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek       000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet      001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler     000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman   001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz        000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved     001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp        001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz    001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski 01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky   00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu     00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn  00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
;

Полученный в TNT NEXUS файл с матрицей и 5 деревьями

#NEXUS
begin data;
dimensions ntax=32 nchar=66;
format missing=? symbols="0~1";
matrix
Latosky          001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg         011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post             001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej            001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant             001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik           000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich         001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah             011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich          001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich         001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov         001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov            001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski         001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek        000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski         001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka           001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig         000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber           000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert          101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke         000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek            000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet           001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler          000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman        001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz             000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved           001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp             001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz         001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski      01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky        00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu          00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn       00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
;
end;

begin trees ;
tree tnt_1 = [&U]
(1,((((((((((((2,8),(30,31)),(28,32)),(12,(10,14))),(6,(11,15))),((3,16),(4,9))),(26,27)),(19,22)),(20,(23,24))),(7,29)),(21,(25,(17,18)))),(5,13)));
tree tnt_2 = [&U]
(1,((29,((((((2,8),(28,32)),(30,31)),(((3,16),(10,(11,15))),(4,9))),(14,(7,12))),(((26,(27,(21,((6,25),(17,18))))),(20,(23,24))),(19,22)))),(5,13)));
tree tnt_3 = [&U]
(1,(((((2,8),((((14,(10,((3,16),((4,9),(11,15))))),(7,12)),(29,32)),(30,31))),(6,28)),((27,(26,(21,(25,(17,18))))),((19,22),(24,(20,23))))),(5,13)));
tree tnt_4 = [&U]
(1,((((((((((((2,8),(28,32)),(30,31)),(10,(12,14))),(6,(11,15))),((3,16),(4,9))),(26,27)),(19,22)),(20,(23,24))),(7,29)),(21,(25,(17,18)))),(5,13)));
tree tnt_5 = [&U]
(1,((6,7,10,12,14,21,25,26,27,28,29,32,(2,8),(3,16),(4,9),(11,15),(17,18),(19,22),(20,23,24),(30,31)),(5,13)));

end ;


Этот файл был загружен в Mesquite (отличная программа с особенно гибким механизмом экспорта данных , несмотря на то, что как любое Java приложение
потребляет безбожное количество опер.памяти), где с помощью особой опции Export to MrBayes был сгенерирован NEXUS скрипт для запуска в MrBayes. В MrBayes есть интересная опция, которая позволяет вычислять вероятность расположения ветвей с пропущенными бинарными признаками ("??"). Например, в древе из предыдущего поста была расчитана апостериорная вероятность расположения ветви волынского князя Четвертинского рядом с гаплотипом волынского шляхтича Гулевича. Она составляет 55%.

#NEXUS

BEGIN DATA;
DIMENSIONS  NTAX=32 NCHAR=66;
FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ?;
MATRIX
Latosky      001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg     011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post         001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej        001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant         001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik       000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich     001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah         011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich      001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich     001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov     001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov        001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski     001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek    000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski     001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka       001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig     000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber       000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert      101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke     000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek        000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet       001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler      000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman    001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz         000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved       001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp         001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz     001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski  01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky    00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu      00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn   00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????

;
END;
begin mrbayes;
set autoclose=yes nowarn=yes;
lset nst=6 rates=invgamma;
unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all);
prset applyto=(all) ratepr=variable;
mcmcp ngen= 10000 relburnin=yes burninfrac=0.25  printfreq=10  samplefreq=10 nchains=4 savebrlens=yes;
mcmc;
sumt;
end;



Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #142 : 30 Сентябрь 2009, 00:24:33 »
Вадим, спасибо, отличный пример утилизации данных с пропущенными позициями.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #143 : 30 Сентябрь 2009, 01:01:18 »
Вадим, спасибо, отличный пример утилизации данных с пропущенными позициями.


Спасибо.

Вот еще один менее удачный пример. Поскольку в группировке гаплотипов I2a2 (назовем ее условно ветвь А) усматривается явный географический тренд Карпаты-Словения, я добавил в исходный файл несколько пар словацких и карпаторусинских гаплотипов, 1 секлерский гаплотип и гаплотип Завадского (все предположительно выходцы с Карпат) :

Hollick
13,24,18,10,14,15,11,13,14,14,11,17,19,8,10,11,11,25,15,20,32,12,14,15,15,10,10,21,21,15,11,10
Erdos
13,24,16,11,14,15,11,13,14,13,11,21,18,8,10,11,11,25,15,20,32,12,14,15,15,10,10,21,21,15,11,10
Goga
13,24,16,11,14,15,11,13,12,13,11,19,18,8,11,11,11,25,15,20,33,12,14,15,15,10,10,21,21,15,11,10,
Dutchak
13,24,16,11,14,14,11,13,12,13,11,18,16,8,10,11,11,25,15,20,34,12,14,15,15,10,10,21,21,15,11,10
Pusiak
13,24,16,11,14,14,11,13,12,13,11,18,17,8,10,11,11,25,15,20,32,12,14,15,15,10,10,21,21,15,11,10
Huratiak
13,24,16,11,14,15,11,13,12,13,11,18,18,8,10,11,11,23,15,20,33,12,14,15,16,10,10,21,21,15,10,10
Zawadsky
13,24,16,10,14,15,11,13,13,13,11,19,17,8,10,11,11,26,15,20,32,14,14,15,15,10,10,21,21,15,10,10

Содержимое TNT файла

xread
'39 benchmark'
66 39
Latosky     001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg    011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post        001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej       001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant        001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik      000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich    001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah        011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich     001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich    001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov    001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov       001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski    001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek   000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski    001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka      001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig    000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber      000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert     101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke    000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek       000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet      001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler     000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman   001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz        000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved     001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp        001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz    001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski 01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky   00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu     00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn  00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
Hollick     00111001010011111110000111110111100101000110100101????????????????
Erdos       00100101010011110111111111010111100101000110100101????????????????
Goga        00100101010011000111100111011111100101100110100101????????????????
Dutchak     00100101000011000111000100010111100101110110100101????????????????
Pusiak      00100101000011000111000110010111100101000110100101????????????????
Huratiak    00100101010011000111000111010110000101100110110101????????????????
Zawadsky    00100001010011100111100110010111110101001110100101????????????????
;


Результат (одно из 93 деревьев, на этот раз я использовал в TNT функцию Stabilize consensus ]. Новоприбывшие карпаторусинские товарищи обозначены красным эллипсом, в большинстве деревьев кластер русинов замыкается на карпатцев иных национальностей. Дополнительное очко в пользу такого размещения ветви.



Приложение:

Расчеты апостериорной вероятности истинности ветви




   Clade credibility values:

   /-------------------------------------------------------------- Latosky (1)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Post (3)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Radej (4)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Rant (5)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Susnik (6)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Verenich (7)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Bukvich (9)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Kulenich (10)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Mirenkov (11)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Savov (12)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Zagwoski (13)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Toplizsek (14)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Topolski (15)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Tyczka (16)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Herbert (19)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Lewitzke (20)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Mehmet (22)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Piehler (23)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Zimmerman (24)
   |                                                                               
   +-------------------------------------------------------------- Medved (26)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Zepp (27)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Hulewicz (28)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Mozharivski (29)
   |                                                                               
   |-------------------------------------------------------------- Czetwertyn (32)
   |                                                                               
   |                              /------------------------------- Hollick (33)
   |                              |                                               
   |                              |------------------------------- Erdos (34)
   |                              |                                               
   |                              |------------------------------- Goga (35)
   |                              |                                               
   |--------------97--------------+               /--------------- Dutchak (36)
   |                              |-------77------+                               
   |                              |               \--------------- Pusiak (37)
   |                              |                                               
   |                              |------------------------------- Huratiak (38)
   |                              |                                               
   |                              \------------------------------- Zawadsky (39)
   |                                                                               
   |                                              /--------------- Ogrisseg (2)
   |----------------------84----------------------+                               
   |                                              \--------------- Vlah ()
   |                                                                               
   |                                              /--------------- Cartwrig (17)
   |                              /-------98------+                               
   |                              |               \--------------- Hauber (18)
   |               /------71------+                                               
   |               |              \------------------------------- Renz (25)
   |-------77------+                                                               
   |               \---------------------------------------------- Masek (21)
   |                                                                               
   |                                              /--------------- Gwozdecky (30)
   \----------------------60----------------------+                               
                                                  \--------------- Warzabu (31)
                                                                                   

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #144 : 30 Сентябрь 2009, 10:44:14 »
Вадим, спасибо, отличный пример утилизации данных с пропущенными позициями.
То есть, со временем Вы и Мурку можете попытаться научить утилизировать неполные гаплотипы?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #145 : 30 Сентябрь 2009, 14:56:37 »
Вадим, спасибо, отличный пример утилизации данных с пропущенными позициями.
То есть, со временем Вы и Мурку можете попытаться научить утилизировать неполные гаплотипы?


Пока не вижу способа. Парсимония в Мурке/Нетворке и в классических программах основана на принципиально различных техниках, хотя цель конечно одна. Классический метод позволяет это сделать (хотя и неэффективно если речь идет о точном решении), а тот которым пользуюсь я - наверное нет.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #146 : 03 Октябрь 2009, 13:54:32 »
#NEXUS

BEGIN DATA;
DIMENSIONS  NTAX=44 NCHAR=66;
FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ?;
MATRIX
Latosky      001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg     011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post         001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej        001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant         001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik       000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich     001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah         011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich      001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich     001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov     001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov        001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski     001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek    000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski     001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka       001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig     000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber       000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert      101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke     000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek        000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet       001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler      000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman    001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz         000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved       001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp         001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz     001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski  01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky    00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu      00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn   00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
Hollick      00111001010011111110000111110111100101000110100101????????????????
Erdos        00100101010011110111111111010111100101000110100101????????????????
Goga         00100101010011000111100111011111100101100110100101????????????????
Dutchak      00100101000011000111000100010111100101110110100101????????????????
Pusiak       00100101000011000111000110010111100101000110100101????????????????
Huratiak     00100101010011000111000111010110000101100110110101????????????????
Zawadsky     00100001010011100111100110010111110101001110100101????????????????
[b]Ladewig      001001010100111001111000100010111100100000110110101110101010000011
Dammueller   001001010100111001110000100010111100101000110110101110101010000011
Hogren       000001011100111001110000100010111100101000110110101110101010000010
Kulig        001001010100111001100000100010111110101000110100101110101010000011
Goss         001001010100111001111111100010111100101110110110101110101000000000[/b]

;
END;
begin mrbayes;
set autoclose=yes nowarn=yes;
lset nst=6 rates=invgamma;
unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all);
prset applyto=(all) ratepr=variable;
mcmcp ngen= 100000 relburnin=yes burninfrac=0.25  printfreq=1000  samplefreq=1000 nchains=4 savebrlens=yes;
mcmc;
sumt;
end;

UPGMA дерево




Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #147 : 04 Октябрь 2009, 00:24:35 »
Цитата: wertner 10.3.2009, 20:04
Вадим Веренич, а можете объяснить как Вы считали время отделения гаплотипа или ветви?
Например, Verenich и Turney имеют общего предка, до которого 4 и 5 мутаций, соответственно. Вы получили, что отделение произошло примерно в 1200 и 1350 годах. Как Вы получили эти цифры?
(Кстати, я бы ожидал наоборот, чтобы отделение Вашего гаплотипа произошло позднее, т.к. мутаций произошло меньше).

P.S. Не удивлюсь, если наши с Вами предки были из какого-нибудь одного балканского народа (в какой-то период), хоть и разных гаплогрупп :-)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #148 : 04 Октябрь 2009, 00:26:48 »
Цитата: Vadim Verenich 11.3.2009, 23:34
Цитата: wertner @ 10.3.2009, 20:04

Вадим Веренич, а можете объяснить как Вы считали время отделения гаплотипа или ветви?
Cчитал с учетом возвратных мутаций по классической формуле АК из его работ о гаплотипах коханим.
Древо построено на основании выборки гаплотипов одной длины (45 маркеров) , которые мне удалось найти в базе Ancestry.com.
После обработки выборки скриптом YUtility в выборку добавлен гипотетический модальный тип нашего обшего предка.
Затем добавил в выборку модальные гаплотипы M423-DinS (южные динарики) и M423-DinN (северные динарики), расчитанные гуру ДНК генеалогии группы I Кеном Нодтвельдом (КН). После добавил в выборку заведомо более удаленные гаплотипы Гулевича,Бурца, Потоцкого и двух найденных Вами совпаденцов Бурца - Ханке и Шибинича. Мурка, как и предполагалась, выделила их в отдельные ветви. И поскольку корневой узел графа (древа) не был задан в исходных данных, то все ветви были объединены одним гипотетическим корнем. Я взял на себя смелость обозначать этот узел как общий для всех ветвей субклада M423-Din модальный тип. Возраст этого узла мне был заведомо известен по данным кладистики Нодтвельдта, и расчетам АК. Хотя КН считал возраст по методу кросс-дисперсии (self-variance +interclade-variance), а АК с использованием ОКМАК (оригинального кинетического метода А.Клесова ). Данные по возрасту динарического клада у них примерно сходятся - 2700 лет у Клесова против 2550 лет у КН (по новым данным -2400 лет)- несмотря на разницу в методах и то, что КН использует скорости мутаций Чандлера и берет 30 лет на поколение. Этот субклад происходит от более древнего клада P37.2+ (базовый клад группы I2a, появился примерно 20000 лет назад), от которого он "ответвился" через 17000 лет. Вот именно от этого корня я и считал время расхождения ветвей, т.е задом наперед, поэтому гаплотип с большим числом мутаций оказывается более ранним по отношению к гаплотипам с меньшим числом. Но возможно - это "порочный круг" и так мы никогда не установим время рассхождения ветвей.
Далее, Мурка выделила две устойчивые группы, среди одной доминируют немцы и западные славяне, среди другой венгры и южные славяне.
Кроме того выявились некоторые тенденции, могущие пролить свет на миграции древних славян в период 6-9 в.н.э. Некоторые даты очень хорошо коррелируют с историей полабских славян,хорватов, словенцов, а иногда даже с хронологией отдельных родов. Если клмк-тобудет интересно, то могу рассказать подробнее.

PS. В
Не далее, чем 5 марта сего года Нодтвельд объявил о наличии двух ветвей внутри клада M423-Din (M423)(formerly I2a1) , которому недавно присвоили номенклатуру I2a2. Он разделил их на древе по значениям маркеров DYS448 и DYS449 :

"Dinaric I2a2 divides into two populations; one is 19 at DYS448 with relatively low DYS449 values, the other is DYS448 = 21 with relatively high DYS449 values. This young Dinaric I2a2 does not separate to my eye on any other markers. THE DYS448 = 19 branch seems to be heavier in the Yugoslav membership. Variances for both populations have been obtained and the interclade variance. Converted into ages using 30 years/generation and Chandler father/son rates

Coalescence Age G*(19) for DYS448 = 19 population is 1670 years
Coalescence Age G*(20) for DYS448 = 20 population is 1850 years
Interclade Age for Dinaric I2a2 is 2400 years

Coalescence Age estimates are by construction younger than clade MRCA ages.
"


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Филогенетические древа I2a
« Ответ #149 : 04 Октябрь 2009, 00:28:46 »
Цитата: Kнязь Игорь 11.3.2009, 23:43
Хороший анализ, Вадим.

Такой вопрос - где Вы взяли данные возрастов для двух субкладов "динариков", посчитанные Кеном по методу кросс-дисперсии. Как отбирались у него эти группы? Разве есть соответствующие снипы?
« Последнее редактирование: 04 Октябрь 2009, 00:57:59 от Vadim Verenich »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.