АвторТема: Филогенетические древа I2a2  (Прочитано 108116 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #15 : 26 Июнь 2009, 01:44:23 »
Попробуйте скачать эти картинки. В альбоме есть соответствующая опция. В онлайновом режиме есть опция масштабирования, но из-за широкого формата графики Мурки, вряд ли что-нибудб получится.

Уважаемый Вадим, не подскажете чайнику как можно увеличить Ваши фотографии при просмотре, чтобы можно было бы прочесть на них текст? Мои попытки увеличения средствами броузера выдают нечитабельный вариант. И еще, возможно ли себя, безродного I2a2, протестированного по 67 маркерам попытаться пристроить в крону Ваших деревьев?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #16 : 27 Июнь 2009, 17:24:47 »
Слайды с конференции генетиков ВоГИС вдохновили меня на новый подход к кластерному анализу деревьев Мурки. Теперь я буду разбивать все ветви дендрографов на отдельные графы и работать с ними


Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #17 : 27 Июнь 2009, 20:10:35 »
Слайды с конференции генетиков ВоГИС вдохновили меня на новый подход к кластерному анализу деревьев Мурки. Теперь я буду разбивать все ветви дендрографов на отдельные графы и работать с ними
Ваш замечательный граф
http://lh5.ggpht.com/_gA7OVXtDeQc/SkYb4aUdZII/AAAAAAAABms/gOOQ3rnMJnU/I2a-cluster1.jpg
не просматривается.

Поподробнее, пожалуйста, по каким категориям Вы предполагаете разбивать на отдельные графы?
Может быть, стоит перевернуть дерева с кроны на корень? Что об этом думают форумчане?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #18 : 27 Июнь 2009, 20:21:53 »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #19 : 27 Июнь 2009, 20:27:17 »
Вставил граф в сообщение

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #20 : 27 Июнь 2009, 20:40:34 »
Теперь Всё заработало. ???
До этого не было видно не то, что графа, но и, доже, ссылки.
« Последнее редактирование: 27 Июнь 2009, 20:51:25 от mouglley »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #21 : 27 Июнь 2009, 20:51:53 »
Хорошо, что заработало.
Ветви я буду анализировать в том виде, в каком их разместила Мурка.
Показательно, что в древе выделяется две мощные ветки: карпатская ветвь (одно из ответвлений которой я разместил выше) и собственно югославская ветвь. Они полностью соответствуют делению на I2a-DinN и
I2a-DinS

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #22 : 27 Июнь 2009, 20:58:16 »
Но анализировать их можно будет по-отдельности только после того, как по появлении каждого нового гаплотипа Мурка их заново разделит на ветви.
А когда гаплотипов будет много, основной работой (по времени Мурки) и будет расчленение ветвей.
На анализ самих ветвей будет оставаться всё меньше времени.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #23 : 27 Июнь 2009, 21:10:15 »
Я делаю следущим образом - добавляю гаплотипы (2-3, максимум 4 за раз). Проверяю конфигурацию древа на предмет "прочных" в филогенетическом смысле ветвей (mppart=1.000). Чтобы конфигурация не менялась драматическим образом, задаю гаплотип I2a-DinN в качестве исходного модального корня с помощью dr@, а I2a-DinS - задаю в качестве узла OUTGROUP. В результате даже при добавлении новых гаплотпов древо меняется не существенным образом.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #24 : 27 Июнь 2009, 21:44:28 »
Спасибо за совет. Попобую.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #25 : 27 Июнь 2009, 23:24:24 »
Теперь народ подумает будто это сама мурка так чертовски красиво рисует :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #26 : 27 Июнь 2009, 23:26:56 »
ЗЫ: идея выделять ветви с достоверностью менее 1.0 пунктиром мне понравилась :)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #27 : 27 Июнь 2009, 23:27:13 »
Я был бы не против.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #28 : 27 Июнь 2009, 23:31:03 »
ЗЫ: идея выделять ветви с достоверностью менее 1.0 пунктиром мне понравилась :)

Так вроде принято в классической генеалогии. По той же аналогии, узлы с возрастом (по ро-статистики) старше возраста предка :) надо отмечать знаком вопроса или известным афоризмом Станиславского. :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #29 : 27 Июнь 2009, 23:35:01 »
Так вроде принято в классической генеалогии. По той же аналогии, узлы с возрастом (по ро-статистики) старше возраста предка :) надо отмечать знаком вопроса или известным афоризмом Станиславского. :)


О! Спасибо за совет с парадоксальным возрастом, это тоже очень разумно! В общем, теперь уже набрался некоторый список импрувментов экспорта в Графвиз.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100