АвторТема: Филогенетические древа I2a2  (Прочитано 106536 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Филогенетические древа I2a2
« : 23 Июнь 2009, 14:41:15 »
С целью критического обсуждения и мозгового штурма методов построения филогенетических деревьев выложил в сетевой альбом ряд филогенетических деревьев гаплогруппы I2a2.
При построении деревьев использовалась новые возможности Murka 1.1.13 - MJ-эвристика и MP обработки получившейся сети с учетом исходных весов (weighted heuristcs) (WPHEUR -b 30 -f"") и редукция штейнеровских деревьев (CUTDRA). Использовалась неравновесная метрика. Остальные параметры остались прежними, в том числе и исходные веса ув.wertnera.

О характере выборки: использовалась выборка из 113 гаплотипов одинаковой длины (25 маркеров). Отбор производился из коллекции I2a гаплотипов ув.wertnera. В-первую очередь отбирались подтвержденные SNP-тестом (M423,P41.2) гаплотипы, затем из общей выборки выбирались гаплотипы с профильными для I2a2-Din значениями. Затем из полученной выборки были исключены гаплотипы с значениями профильных маркеров, близкими к модальным значениям двух близкородственных субкладов - I2a2-Isles и I2a2-Disles. В  неопределенных случаях, исключались гаплотипы I2a2 из Британии и Ирландии.
В итоге осталось выборка, включающая в себя гаплотипы венгров Баната,Словакии,Трансильвании и Буковины; словаков, поляков, карпаторусинов, хорватов,словенцов,сербов,украинцев,белорусов, русских. Кроме этого, в выборке представлено несколько ашкенази, по одному немцу,австрийцу, албанцу, итальянцу.
Территориальный охват выборки примерно соответствует границам Австро-Венгерской империи в 1889 году.


Предварительный тест на молекулярную дисперсию (AMOVA) не проводился, так как выборка организовывалась по принципу максимального Y-хромосомного генотипического сходства. Поэтому генетическая вариативность между группами по этническим и географическим признакам не должны существенно отличаться от прогнозируемого.

Теперь пару замечаний о топологии полученных деревьев. Я, в принципе, согласен с  выводом ув. Валерия З.  по вопросу о достоверности парсимонии: "парсимонистские филогении, основанные на коммерческих 17,25,37 локусах У-хромосомы, случайны и ненадежны."

Поэтому для анализа достоверности генерируемых деревьев использовался анализ построенных деревьев по четырем признакам:
1) оценка rho (которая варьируется в зависимости от MP-древа) - величина мю (суммарное число мутаций гаплотипа-потомка, накопленное от предкового гаплотипа), рассчитываемая по методу С.П.Каржавина, должна совпадать с величиной rho

Оценка деревьев I2a2 по этому пункту не проводилась.

2) оценка уникальности топологии -все вычисленные штейнеровские MP-древа в случае достоверности построений, должны минимально различаться по топологии.

Рассматриваемые деревья Hg I2a2 в целом не значительно отличаются по топологии, хотя в древе присутствуют "случайные ветви"

3) оценка mppart  ветвей -анализ частоты соответствующей партиции (ветви) среди всех изученных MP-деревьев. Оценка параметр mppart позволяет выявить "случайность" размещения "оппортунистической ветви" ( (c) AK ) в данном древе. По наблюдениям Валерия, средняя частота партиций достоверных по другим признакам деревьев равна значению >=0.95. То же самое можно сказать о достоверности ветвей:

Цитировать
Цитата Валерия:
Степень "типичности" партиций гаплотипов в дереве (то есть встречаемость их в других деревьях той же степени оптимальности) имеет большое значение при рассмотрении топологий; значительное число редких партиций в дереве свидетельствует о случайности его топологии, и в случае когда это характерно для всех оптимальных деревьев, можно говорить об отсутствии явного филогенетического "сигнала" в исходных данных. Ниже приведен пример одного из построенных деревьев, каждое ребро снабжено отметкой [mppart=...] частоты соответствующей партиции среди всех изученных MP-деревьев.

В анализируемом случае частота партиций древьев I2a2 в среднем укладывается в интервалы частоты достоверных деревьев.

4. Оценка расстояния Робинсона-Фоулдса между построенными деревьями:
среднее расстояние между деревьями не должна превышает выверенный порог средних расстояний в 0.15-0.2, за которым достоверная реконструкция истории мутаций STR невозможна.

Среднее расстояние между филодеревьями гаплогруппы I2a2  - округленно 0.10- не превышает выверенный порог средних расстояний в 0.15-0.2.
 



Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #1 : 23 Июнь 2009, 15:13:14 »
Полученные результаты позволяют допустить достоверность филогенетических деревьев I2a2. Остается самый главный для меня вопрос - является ли полученная филогения верифицируемой в терминах классической генеалогии?

При ответе на этот вопрос встает целый ряд вопросов. Опыт исследования  даже "глубоких" родословных на примере ирландских туатов, показывает, что совпадения родословной и филогении не превышает 25-30%. С этим, опять-таки связан целый комплекс вопросов, которые лучше обсудить позднее.
В генеалогическом плане, использованная выборка весьма неудачна. Большинство гаплотипов принадлежит потомкам иммигрантов в США, которые по объективным причинам, владеют ограниченной информацией о своем генеалогическом происхождении. В лучшем случае, известная родословная по мужской линии заканчивается в начале-середине 17-18 веков. Исключение составляют гаплотипы Тарновского-Тарночи (родословная известна с XIII века),Гулевича,мой гаплотип (XV век) Пшчолковского,  Чаплицкого, Минаковского (XVI-XVII века). Выборка содержит сербский гаплотип человека, претендующего на происхождение от династии средневековых сербских правителей Немановичей (Nemanovic), а также гаплотип человека по имени Добрый, который считает себя потомком Добрыни Никитича.
Чтобы компенсировать эффект недостаточности историческо-родословной информации, в выборку введены 5-6 I2a2-Din гаплотипов лиц с претензиями на историческую родословную.Это двое пвсевдо-Рюриковичей  (Гвождецкий и Можаривский), которые происходят соответственно с Галичины и Волыни (Овруча), хотя первый считает себя потомков князей Гвоздевых-Ростовских, второй - потомком князей Можайских.

Что касается сопоставления с конкретными данными, то начну с удовлетворяющих меня результатов.
Во-первых, в MP деревьях, полученных с помощью Мурки отчетливо видны две ветви (субклада), идущие практически от самого корня. Анализ дополнительных  локусов гаплотипов выборки показал, что в левую (разветвленную) ветвь попали гаплотипы I2a2-Din-N " северные динарцы", в правую (менее разветвленную) ветвь  "южные динарцы" I2a2-Din-S. Примерное время расхождения южной и северной ветвей примерно (в рамках стат.поправки) соответствует времени расхождения, вычисленному Кеном Нордтведтом для большой I2a выборки.

Теперь отметим несколько интересных моментов  сугубо генеалогического плана.
« Последнее редактирование: 23 Июнь 2009, 15:34:01 от Vadim Verenich »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #2 : 23 Июнь 2009, 15:33:15 »
Уважаемый Вадим, Ваш анализ великолепен, я потрясен аккуратностью подхода и абсолютным пониманием методики. При этом Вам интересен тот же вопрос которым задаюсь я - как можно проверить анализ историческими сведениями? Каковы критерии, если нет генеалогических записей? Допустим, берем простолюдинов. Их больше :) Значит, максимум на что можно надеяться - хорошая привязка ветвей к географии. Перспективен ли такой способ проверки филогений, на Ваш взгляд? И какие еще могут быть зацепки, кроме родословий аристократии и географии остальных?


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #3 : 23 Июнь 2009, 16:02:19 »
Я полагаю, что нужно использовать комбинированную этногеографическую привязку. Кстати, Ваша программа дала несколько удовлетворяющих привязок.

1)Большая часть карпаторусинов и словаков легла на дереве рядом
2) Самый потрясающий пример - обратите внимание на самую "молодую" и длинную ветвь возрастом в 550 лет слева. В ее "крону" попали все без исключения ашкенази выборки -Лещинский,Авербах,Меламет,Навот,Завада,Чиж и Лейсер- и это при том, что они родом из разных регионов Украины и быв. Австро-Венгрии
3) В правой ветви южных динарцев просматривается связка Darabos-Daradics. В одной из венгерских книг я обратил внимание на то, что это- секлерские фамилии. Причем один Darabos в конце 19 века в процессе венгеризации фамилий поменял свою фамилию именно на Daradics.
4) Cвязка Гвождецкий-Гулевич, Можаривский-Веренич ничем не противоречит генеалогии.
Так как считается, что Гулевичи попали на Волынь с Галичины, у них вполне могут быть общие предки в пределах последних 7-9 веков. В ранней генеалогии Можаривских (если забыть о их чрезмерно притянутой генеалогии от Дмитрия Донского) имеется ряд ономастических совпадений с генеалогией Вереничей. К тому же весьма вероятно, что Вереничи появились на Пинщине в 15 веке вместе с киевскими князьями, которые контролировали Овруч и с середины 15 века унаследовали от Наримунтовичей пинское княжество. Время ответвления предков Можаровских и Вереничей от общего предка -соответственно 566+-233 и 1062+-475, то есть временные интервалы расхождения пересекаются примерно в 13-15 веках.
« Последнее редактирование: 23 Июнь 2009, 22:02:22 от Vadim Verenich »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #4 : 23 Июнь 2009, 19:26:06 »
То есть, если я правильно понял, ПОКА противоречий не видно, и у данного подхода есть шанс быть верным? :)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #5 : 23 Июнь 2009, 20:50:31 »
В определенных доверительных интервалах  - да. Другой альтернативы я не вижу.

То есть, если я правильно понял, ПОКА противоречий не видно, и у данного подхода есть шанс быть верным? :)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #6 : 23 Июнь 2009, 21:58:23 »
Уважаемый Vadim Verenich, я упуспил параметр редукция штейнеровских деревьев (CUTDRA)
Что он даёт?
В какой раздел включается?
На Ваш взгляд, его применение приближает дерево к историческим данным?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #7 : 23 Июнь 2009, 22:21:37 »
Вот что написал один умный человек

Цитировать
Штейнеровская (STP) редукция - контракция ребер, в том числе ребер нулевого веса.
Штейнеровский вариант вызывается если достоверно известно что (1) (ненулевое) ребро есть по крайней мере в одном минимальном решении либо (2) нам нужно избавиться от ребер нулевого веса. В обоих случаях мы не можем их просто выбросить (как мы поступаем с "избыточными" ребрами) так как потом надо будет восстановить граф чтобы предъявить готовое решение задачи. Ребро (AB) удаляется, вершины A и B сливаются в одну а если были еще ребра (AC) и (BC) то из них выбирается минимальное по длине. Соответственно цели контракции доказывается что (выбранный) метод восстановления корректен.

Этот параметр вставляется в соответствующем месте параметров Мурки

-M "0; 20; 0; 0; FASTUNION|MORETREES|RESCHECK; 1; 0; 0; SEP1|NTT|NT1|NT2|NTD|LEUC|PS|SL|NV|LE|VR|NTDVR|PT|PTE|DA|SEPDA|NTDX|PTEX|EXTE|EXTV|EXTEE|EXTVDA|EXTEEDA|EXTVDAP|EXTEEDAP|ASCPRN|EXPV|CUTRDA;
Что касается приближения к историческим данным, тут нет четкого методологического приема. Тут бОльшую роль играет момент интуитивного прозрения, чем какая-то конкретная математическая модель. Можно построить  сколь угодно аккуратное  (в филогенетическом плане) дерево хоть и по сто маркерам  ;D со всеми возможными фичами. Но даже это корректное древо не гарантирует верифицируемости в историко-генеалогическом контексте.

Уважаемый Vadim Verenich, я упуспил параметр редукция штейнеровских деревьев (CUTDRA)
Что он даёт?
В какой раздел включается?
На Ваш взгляд, его применение приближает дерево к историческим данным?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #8 : 23 Июнь 2009, 23:05:00 »
По поводу прозрения - то я уже знаю.
А по поводу увеличения времени расчёта?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #9 : 23 Июнь 2009, 23:35:29 »
Я не заметил особой разницы на 25-маркерных гаплотипах. Времени уходит примерно столько же, сколько и с редукцией.

По поводу прозрения - то я уже знаю.
А по поводу увеличения времени расчёта?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #10 : 24 Июнь 2009, 03:43:17 »
Спасибо, Вадим, за столь четкое изложение.

Мне интересны отклонения числа мутаций гаплотипа-потомка, накопленное от предкового гаплотипа от rho или мю. Например, средне-квадратичное отклонение. Является ли  уменьшение средне-квадратичного отклонения признаком более достоверного дерева?

Оффлайн semalex

  • Сообщений: 1
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: I2a2*
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #11 : 24 Июнь 2009, 14:57:48 »
Уважаемый Вадим, не подскажете чайнику как можно увеличить Ваши фотографии при просмотре, чтобы можно было бы прочесть на них текст? Мои попытки увеличения средствами броузера выдают нечитабельный вариант. И еще, возможно ли себя, безродного I2a2, протестированного по 67 маркерам попытаться пристроить в крону Ваших деревьев?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #12 : 25 Июнь 2009, 14:04:36 »
Можно

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10088
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1506/-44
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #13 : 25 Июнь 2009, 22:02:27 »
С саксами, ютами, англами и фризами и позднее с частью норманнов(кроме прочих) ассоциируют и мой субклад I2b1

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетические древа I2a2
« Ответ #14 : 25 Июнь 2009, 22:14:03 »
Маугли, прошу прощения, поправил не то сообщение. :(
Вы  не могли бы снова запостить свое сообщение?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100