АвторТема: Где корень I1?  (Прочитано 55057 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12253
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2348/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Где корень I1?
« Ответ #225 : 04 Май 2016, 09:14:15 »
Давно хотел спросить. Спрошу здесь, в теме про возникновение I1. Если оффтопно, то попрошу перенести вопрос.

Например, человек протестировал Big Y в FTDNA, и его результаты "откусили" пяток снипов из узла I1, создав таким образом небольшой пятисниповый узел между узлами I и I1, от которого отдельной ветвью отходят уже его приваты. Какую буквенно-цифровую номенклатуру присвоят его ветви в таком случае?

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1590
  • Страна: ru
  • Рейтинг +535/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #226 : 04 Май 2016, 09:54:41 »
Давно хотел спросить. Спрошу здесь, в теме про возникновение I1. Если оффтопно, то попрошу перенести вопрос.

Например, человек протестировал Big Y в FTDNA, и его результаты "откусили" пяток снипов из узла I1, создав таким образом небольшой пятисниповый узел между узлами I и I1, от которого отдельной ветвью отходят уже его приваты. Какую буквенно-цифровую номенклатуру присвоят его ветви в таком случае?
может I01 :)
если такое произойдет это будет событие века  ;D

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2152
  • Страна: ru
  • Рейтинг +461/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #227 : 04 Май 2016, 19:26:01 »
Как я понимаю нашли самого старого I - Paglicci133, вот отсюда - ссылка

Лень читать многабукафф той статьи (занят сейчас исследованиями других вопросов). Я так и не понял, это I* или просто недотипировали? Или I1 и I2 в то время вообще ещё не родились?
не родились, I разделилась на I1 и I2 27500 лет назад, а возраст этого образца заявлен как (34,580-31,210 ybp)
https://www.yfull.com/tree/I/

Вот этот возраст в 26 тыс лет(примерно совпадающий с временем отделения ветви I1) мне не дает покоя :D
Может I1 как-то умудрялись выжить по ту сторону ледника?

Цитировать
Финал последнего оледенения эпохи плейстоцена (которое началось около 110 тысяч лет назад) начался 26 тысяч лет назад. Тогда, во время последнего ледникового максимума, почти вся Северная Америка, север Европы (до Альп!) был покрыт сплошным слоем ледников.
Возможно I1 изначально вели обособленный образ жизни и были немногочисленны. Ну типа эскимосов. В отличии от I2, которые хлебушек сеяли.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12253
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2348/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Где корень I1?
« Ответ #228 : 04 Май 2016, 19:49:53 »
может I01 :)

В принципе, не такой уж и оффтопный мой вопрос. Тоже касается начала I1, только с точки зрения снипов. Люблю себе такие дзенские коаны задавать по пути на работу, для разминки мозга с утра ;D

В общем, насколько я понимаю, как раз этот узел из пяти снипов и обозначат как I1. Ветвь того, кто отщипнул от узла I1 5 снипов будет I1*. Вот только как назовут в таком случае "отщипнутый" узел с оставшимися снипами, пока не могу понять.

А если поднять планку вопроса, и представить, что результаты какого-нибудь человека раскололи напополам узел I на два узла:

1) узел с вышестоящими снипами, предковый для узла с нижестоящими снипами (бывшими до тестирования в одном узле со снипами вышестоящего узла) и узла I* с приватами протестировавшегося, и

2) узел с нижестоящими снипами (бывшими до тестирования в одном узле со снипами вышестоящего узла), предковый для сегодняшних I1 и I2?

Как будут называть узел 2)? I00?

если такое произойдет это будет событие века  ;D

У нас в J1 теоретически оленеостровец может как раз представлять такой случай. Часть снипов узла J1-M267 у него положительна. Те немногие участки J1a, что удалось покрыть, в них снипы отрицательные, в J1b несколько no calls, и всё.

Не знаю, попадались ли в научных выборках I*?  Вот есть сокотрийцы J*, в 2013 в Иране нашли двух человек IJ*. Жаль. что никому из них не сделали полногеномный тест на уровне Big Y. Вполне возможны и описанные мною выше варианты, я так думаю.
« Последнее редактирование: 04 Май 2016, 21:33:06 от Yaroslav »

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12253
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2348/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Где корень I1?
« Ответ #229 : 04 Май 2016, 19:54:01 »
Возможно I1 изначально вели обособленный образ жизни и были немногочисленны. Ну типа эскимосов. В отличии от I2, которые хлебушек сеяли.

Хлебушек в Европу принесли неолитчики с Ближнего Востока. А до этого - только Это будет славная охота ©  (м/ф Маугли) :)

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2152
  • Страна: ru
  • Рейтинг +461/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #230 : 04 Май 2016, 20:31:58 »
Возможно I1 изначально вели обособленный образ жизни и были немногочисленны. Ну типа эскимосов. В отличии от I2, которые хлебушек сеяли.

Хлебушек в Европу принесли неолитчики с Ближнего Востока. А до этого - только Это будет славная охота ©  (м/ф Маугли) :)
Верно. Потому то I2 более подготовлены были к приходу индоевропейцев. У I2 TMRCA=21700, а у II всего лишь 4700.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1437/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Где корень I1?
« Ответ #231 : 04 Май 2016, 22:21:55 »
В принципе, не такой уж и оффтопный мой вопрос. Тоже касается начала I1, только с точки зрения снипов. Люблю себе такие дзенские коаны задавать по пути на работу, для разминки мозга с утра ;D

Зачем так ломать голову, достаточно посмотреть как этот вопрос был разрешен аналогичных случаях.  ;)

Ведь когда-то I1 были просто I1a, I2 были I1b, I2a2a были I1c.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1437/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Где корень I1?
« Ответ #232 : 04 Май 2016, 22:26:24 »
Возможно I1 изначально вели обособленный образ жизни и были немногочисленны. Ну типа эскимосов. В отличии от I2, которые хлебушек сеяли.

Хлебушек в Европу принесли неолитчики с Ближнего Востока. А до этого - только Это будет славная охота ©  (м/ф Маугли) :)
Верно. Потому то I2 более подготовлены были к приходу индоевропейцев. У I2 TMRCA=21700, а у II всего лишь 4700.

Неа, ибо formed 27500 ybp. 4700 это только бугор или эффект основателя. Возможно I1 долгое время были горцами, если брать в расчет где нашли самого старого I1, а горцы как известно очень неудобный противник, пусть и немногочисленный, так что кто был более подготовлен это спорный вопрос.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1437/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Где корень I1?
« Ответ #233 : 05 Май 2016, 23:02:10 »
Пишут, что еще одного I нашли, но что-то я не нашел ничего кроме мито в статье

Epipaleolithic   France   Rochedane (Villars-sous-Dampjoux)   M   13,090-12,830 cal BP   
I - PF3641, CTS4088, CTS7593, CTS8420, CTS10058, PF3800, PF3803, L68   
U5b2b - A8449G, T16086C, C16519T, (525insAC)
Posth 2016Fu 2016

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1590
  • Страна: ru
  • Рейтинг +535/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #234 : 05 Май 2016, 23:50:19 »
Пишут, что еще одного I нашли, но что-то я не нашел ничего кроме мито в статье

Epipaleolithic   France   Rochedane (Villars-sous-Dampjoux)   M   13,090-12,830 cal BP   
I - PF3641, CTS4088, CTS7593, CTS8420, CTS10058, PF3800, PF3803, L68   
U5b2b - A8449G, T16086C, C16519T, (525insAC)
Posth 2016Fu 2016
он есть в приложении
L68+, т.е. I2

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2152
  • Страна: ru
  • Рейтинг +461/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #235 : 06 Май 2016, 08:18:48 »
Итого из этой работы имеем следующие образцы относящиеся к гапле I :

Paglicci133  I (34,580-31,210 ybp) Italy(Gravettian)
Pavlov1      I (31,110-29,410) Czech(Gravettian)

? HohleFels49 I (16,000-14,260) Germany(Magdalenian)
GoyetQ2         I (15,230-14,780) Belgium(Magdalenian)
Burkhardtshohle I (15,080-14,150) Germany(Magdalenian)

Chaudardes1 I (8,360-8,050) France(Mezolithic)
BerryAuBac  I (7,320-7,170) France(Mezolithic)

у тех которые моложе 27 тыс лет надо бы поискать прочтения снипов уровней I1 и I2, мож этих просто недотипировали  :-\
Вот интересная карта с береговой линией и ледниками Европы 40 тыс лет назад. Думаю Карпаты тоже могли быть покрыты ледяной шапкой.

Добавлю еще карту Азии 20 тысяч лет назад. Полагаю обширные ледниковые озера присутствовали и в Еврапе при отступлении ледника.
« Последнее редактирование: 06 Май 2016, 18:42:13 от ankr21 »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2152
  • Страна: ru
  • Рейтинг +461/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #236 : 25 Январь 2017, 13:19:30 »
TMRCA для всей группы I1 в новой версии YFull tree v5.01 пересчитан. И сейчас равен 4600. Напомню, до этого был 4700.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1590
  • Страна: ru
  • Рейтинг +535/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #237 : 14 Январь 2018, 14:07:14 »
Спасибо. Там еще двумя постами ниже есть ссылка на I1 7500ybp из Швеции.
Что-то я как-то упустил из вида, было ли обсуждение у нас на форуме его Y и возможной принадлежности к I1.
Цитировать
Stora Förvar 11, a 7,500-year-old Mesolithic hunter-gatherer sample from the island of Stora Karlsö in Sweden.
The calls show that Stora Förvar 11 belonged to Y haplogroup I1-M253.
https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-stora-forvar-11/
https://genetiker.wordpress.com/2015/08/16/more-y-snp-calls-from-stone-age-sweden/

Понятно, что Генетикер это Генетикер, только вот я решил сам проверить и скачал BAM(SfF11.hs37d5.fa.merged.bam)
Открыл в бам-вьювере все те позиции снипов(I и I1) на которые указал Генетикер, и действительно эти мутации(одноридые) там есть.
BAM можно скачать отсюда: https://export.uppmax.uu.se/b2013240/neolithic2/

Получается, что этот образец дДНК самый древний I1 на текущий момент? Конечно же с учетом того, что мутации опять одноридные :(
Образец Stora Förvar 11 использован в новой статье http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.2003703,
и теперь ему возраст удревнили 9023-8760ybp, а раньше его позиционировали как 7500ybp.
Обнаруженные положительные риды снипов ветки I1 все те же самые, значит это тот же самый образец что и два года назад, и его наверное даже не перечитывали заново.
https://genetiker.wordpress.com/more-y-snp-calls-for-stora-forvar-11/
К сожалению покрытие плохое и в научных кругах и у сообщества всё никак рука не поднимется признать его I1, хотя там других вариантов ИМХО не наблюдается.


Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1590
  • Страна: ru
  • Рейтинг +535/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #238 : 14 Январь 2018, 15:15:47 »
Цитировать
Обнаруженные положительные риды снипов ветки I1 все те же самые, значит это тот же самый образец что и два года назад, и его наверное даже не перечитывали заново.
Похоже, что его всё-таки пытались перечитать заново, т.к. Генетикер заявляет что он дополнительно к старым прочтениям нашел положительное прочтение снипа PF3662 (уровня I) и снипа Y7398 (уровня I1-DF29-Z58-Z59-CTS8647-Z60-Z140-Z141-Y6231-Y7277-Y7278-Y7398 это прочтение скорее всего ошибочное, т.к. не вписывается во время жизни SF11). В старом BAM файле (SfF11.hs37d5.fa.merged.bam) я прочтений по этим  двум снипам не наблюдаю, поэтому уточнил у Генетикера где можно скачать обновленный BAM файл для образца SF11. Спросил вот тут: https://genetiker.wordpress.com/2018/01/10/y-snp-calls-from-mesolithic-scandinavia/

Оффлайн niksoft1

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-1
  • Y-ДНК: r1a-z92
Re: Где корень I1?
« Ответ #239 : 14 Январь 2018, 15:35:29 »
мне кажется в такой постановке вопрос имеет варианты ответа Европа или Ближний восток. Сузить трудно.
Учитывая, что I1 зародилось около 30 тысяч лет назад, что ее носители были охотниками собирателями, назвать сейчас точное место мутации I1 вряд ли удастся.
Интереснее понять, как и почему произошел такой взрывной рост за последние 6000 лет и с какими народами /историческими событиями примерно связаны основные субклады.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100