АвторТема: Где корень I1?  (Прочитано 83515 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Где корень I1?
« Ответ #180 : 24 Июнь 2015, 09:11:15 »
А никто не смотрел откуда они территориально, может что-то интересное по захоронениям есть?

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Где корень I1?
« Ответ #181 : 24 Июнь 2015, 12:29:05 »
С северо-северо-восточных с правого хребта если считать от входа

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Где корень I1?
« Ответ #182 : 24 Июнь 2015, 14:15:46 »
Ринат, зачем это здесь?

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #183 : 28 Июнь 2015, 13:11:29 »
Нашел у этих образцов(RISE179,RISE207,RISE175) еще и снипы вышестоящего уровня "I".




У RISE179 одна позиция(14378881 G->A) совпала с приватной у одного из новых китов c ветви I1-z73(z2900+).
Но, к сожалению, по возрастам совсем не совпадает(3556ybp и 2300ybp). Да и один рид всего.


Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1062
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: Где корень I1?
« Ответ #184 : 28 Июнь 2015, 14:08:18 »
Да и один рид всего.
Там, насколько я вижу, два прочтения. В первом случае G, а во втором - А.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #185 : 28 Июнь 2015, 14:46:00 »
Да и один рид всего.
Там, насколько я вижу, два прочтения. В первом случае G, а во втором - А.
Нет, там одно прочтение - A.
Верхняя серая строчка это референсные значения. При старте утилиты помимо BAM-файла можно и файл с референсными значениями подсунуть.
Так удобнее, сразу наглядно видно какие прочтения  совпадают с референсными а какие нет.
 (подсунул референсный Y fasta файл "chrY.fa" из утилиты Чандракумара) :



Еще для удобства по правой кнопке мыши включаю Graph / SNP, тогда внизу красными столбиками показываются позиции где прочтения отличаются от референсных.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #186 : 12 Ноябрь 2015, 22:54:05 »
Спасибо. Там еще двумя постами ниже есть ссылка на I1 7500ybp из Швеции.
Что-то я как-то упустил из вида, было ли обсуждение у нас на форуме его Y и возможной принадлежности к I1.
Цитировать
Stora Förvar 11, a 7,500-year-old Mesolithic hunter-gatherer sample from the island of Stora Karlsö in Sweden.
The calls show that Stora Förvar 11 belonged to Y haplogroup I1-M253.
https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-stora-forvar-11/
https://genetiker.wordpress.com/2015/08/16/more-y-snp-calls-from-stone-age-sweden/

Понятно, что Генетикер это Генетикер, только вот я решил сам проверить и скачал BAM(SfF11.hs37d5.fa.merged.bam)
Открыл в бам-вьювере все те позиции снипов(I и I1) на которые указал Генетикер, и действительно эти мутации(одноридые) там есть.
BAM можно скачать отсюда: https://export.uppmax.uu.se/b2013240/neolithic2/

Получается, что этот образец дДНК самый древний I1 на текущий момент? Конечно же с учетом того, что мутации опять одноридные :(

Может ли кто-нибудь тоже этот BAM посмотреть?

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #187 : 13 Ноябрь 2015, 08:54:19 »
Кому интересно миторапорт для образца RISE207:

Haplogroup Report for mtDNA
User Entered Markers: C146T,C152T,C698T,A769G,A825T,C2885T,G3010A,T3594C,T7256C,C9540T,T10664C,A10688G,A11251G,A11914G,G13105A,G13276A,T13506C,T13650C,G13708A,C15452A,C16069T,T16223C,G16230A,A16265G,T16278C
--------------------------------------------------------------------------------

Best Identified Haplogroups
Haplogroup J1c8a
  ♀ Eve
     ⇨ L1'2'3'4'5'6 (C146T,C182T,T4312C,T10664C,C10915T,A11914G,G13276A,G16230A)
       ⇨ L2'3'4'5'6 (C152T,A2758G,C2885T,G7146A,T8468C)
         ⇨ L2'3'4'6 (C195T,A247G,A825t,T8655C,A10688G,C10810T,G13105A,T13506C,G15301A,A16129G,T16187C,C16189T)
           ⇨ L3'4 (T182C!,T3594C,T7256C,T13650C,T16278C)
             ⇨ L3 (A769G,A1018G,C16311T)
               ⇨ N (G8701A,C9540T,G10398A,C10873T,A15301G!)
                 ⇨ R (T12705C,T16223C)
                   ⇨ JT (A11251G,C15452a,T16126C)
                     ⇨ J (C295T,T489C,A10398G!,A12612G,G13708A,C16069T)
                       ⇨ J1 (C462T,G3010A)
                         ⇨ J1c8a (A9052G,A16265G)
Matches on Tree (22) : C146T C152T A769G C2885T G3010A T3594C T7256C C9540T T10664C A10688G A11251G A11914G G13105A G13276A T13506C T13650C G13708A C16069T T16223C G16230A A16265G T16278C
Mismatches/Extras (3) : C698T A825T C15452A

--------------------------------------------------------------------------------

Other Possible Haplogroups
Haplogroup J1
  ♀ Eve
     ⇨ L1'2'3'4'5'6 (C146T,C182T,T4312C,T10664C,C10915T,A11914G,G13276A,G16230A)
       ⇨ L2'3'4'5'6 (C152T,A2758G,C2885T,G7146A,T8468C)
         ⇨ L2'3'4'6 (C195T,A247G,A825t,T8655C,A10688G,C10810T,G13105A,T13506C,G15301A,A16129G,T16187C,C16189T)
           ⇨ L3'4 (T182C!,T3594C,T7256C,T13650C,T16278C)
             ⇨ L3 (A769G,A1018G,C16311T)
               ⇨ N (G8701A,C9540T,G10398A,C10873T,A15301G!)
                 ⇨ R (T12705C,T16223C)
                   ⇨ JT (A11251G,C15452a,T16126C)
                     ⇨ J (C295T,T489C,A10398G!,A12612G,G13708A,C16069T)
                       ⇨ J1 (C462T,G3010A)
Matches on Tree (21) : C146T C152T A769G C2885T G3010A T3594C T7256C C9540T T10664C A10688G A11251G A11914G G13105A G13276A T13506C T13650C G13708A C16069T T16223C G16230A T16278C
Mismatches/Extras (4) : C698T A825T C15452A A16265G

rCRS:
73G, 698T, 750G, 1438G, 2706G, 3010A, 11251G, 13708A, 15326G, 15452A, 16069T, 16265G
« Последнее редактирование: 13 Ноябрь 2015, 09:04:27 от ankr21 »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #188 : 13 Ноябрь 2015, 10:09:33 »
Картинки к тому же RISE207

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #189 : 13 Ноябрь 2015, 11:53:59 »
Сайт острова где жил или охотился древнейший представитель I1:
http://www.storakarlso.se/
И немного инфы из вики:
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D1%82%D1%83%D1%80%D0%B0-%D0%9A%D0%B0%D1%80%D0%BB%D1%81%D1%91
Честно говоря думал что этот маленький островок был частью острова Готланд или даже частью Скандинавского полуострова (правда тогда он полуостровом не был) в эпоху мезолита времен существования Анцилового пресноводного озера. Но я ошибался. Уровень озера был в то время примерно на 12-15 (в пике трансгресси на 30) метров выше чем сейчас у Балтийского моря. Но остров затоплен не был.
Прилагаю картинки:


« Последнее редактирование: 13 Ноябрь 2015, 12:05:14 от ankr21 »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #190 : 13 Ноябрь 2015, 12:15:27 »
Единственный STR который вытащила прога из БАМ файла SfF11: DYS413a/b = 23  :(
А вот мито легко и качественно вытаскивается. Почему в FTDNA за него 199$ сдирают ???? Для тех кто БИГ делал после февраля 2015 даже анализ проводить не прядется. Хоть бы разумную цену назначили в таких случаев за предоставление данных по mtDNA. Анализ то уже был сделан. Только его из БАМа изъяли, проклятые капиталисты.
Мито для Stora Förvar 11 (I1-M253). Жил или охотился 7500 лет назад на островке Стура-Карлсё, что в 6 км от о. Готланда.

rCRS: 73G, 263G, 750G, 1438G, 2706G, 7028T, 11719A, 14766T, 14793G, 15326G

User Entered Markers: C146T,C152T,C195T,A247G,A769G,A825T,A1018G,C2885T,T3594C,G4104A,T4312C,G7146A,T7256C,A7521G,T8468C,T8655C,G8701A,C9540T,T10664C,A10688G,C10810T,C10873T,C10915T,A11914G,T12705C,G13105A,G13276A,T13506C,T13650C,A14793G,T16187C,C16189T,G16230A,C16256T,C16270T,C16311T
--------------------------------------------------------------------------------

Best Identified Haplogroups
Haplogroup U5a
  ♀ Eve
     ⇨ L1'2'3'4'5'6 (C146T,C182T,T4312C,T10664C,C10915T,A11914G,G13276A,G16230A)
       ⇨ L2'3'4'5'6 (C152T,A2758G,C2885T,G7146A,T8468C)
         ⇨ L2'3'4'6 (C195T,A247G,A825t,T8655C,A10688G,C10810T,G13105A,T13506C,G15301A,A16129G,T16187C,C16189T)
           ⇨ L3'4'6 (G4104A,A7521G)
             ⇨ L3'4 (T182C!,T3594C,T7256C,T13650C,T16278C)
               ⇨ L3 (A769G,A1018G,C16311T)
                 ⇨ N (G8701A,C9540T,G10398A,C10873T,A15301G!)
                   ⇨ R (T12705C,T16223C)
                     ⇨ U5 (T3197C,G9477A,T13617C,C16192T,C16270T)
                       ⇨ U5a (A14793G,C16256T)
Matches on Tree (35) : C146T C152T C195T A247G A769G A1018G C2885T T3594C G4104A T4312C G7146A T7256C A7521G T8468C T8655C G8701A C9540T T10664C A10688G C10810T C10873T C10915T A11914G T12705C G13105A G13276A T13506C T13650C A14793G T16187C C16189T G16230A C16256T C16270T C16311T
Mismatches/Extras (1) : A825T

--------------------------------------------------------------------------------

Other Possible Haplogroups
Haplogroup U5b2a1a
  ♀ Eve
     ⇨ L1'2'3'4'5'6 (C146T,C182T,T4312C,T10664C,C10915T,A11914G,G13276A,G16230A)
       ⇨ L2'3'4'5'6 (C152T,A2758G,C2885T,G7146A,T8468C)
         ⇨ L2'3'4'6 (C195T,A247G,A825t,T8655C,A10688G,C10810T,G13105A,T13506C,G15301A,A16129G,T16187C,C16189T)
           ⇨ L3'4'6 (G4104A,A7521G)
             ⇨ L3'4 (T182C!,T3594C,T7256C,T13650C,T16278C)
               ⇨ L3 (A769G,A1018G,C16311T)
                 ⇨ N (G8701A,C9540T,G10398A,C10873T,A15301G!)
                   ⇨ R (T12705C,T16223C)
                     ⇨ U5 (T3197C,G9477A,T13617C,C16192T,C16270T)
                       ⇨ U5b2a1a (T15511C,C16189T!!)
Matches on Tree (33) : C146T C152T C195T A247G A769G A1018G C2885T T3594C G4104A T4312C G7146A T7256C A7521G T8468C T8655C G8701A C9540T T10664C A10688G C10810T C10873T C10915T A11914G T12705C G13105A G13276A T13506C T13650C T16187C C16189T G16230A C16270T C16311T
Mismatches/Extras (3) : A825T A14793G C16256T

Haplogroup H14a
  ♀ Eve
     ⇨ L1'2'3'4'5'6 (C146T,C182T,T4312C,T10664C,C10915T,A11914G,G13276A,G16230A)
       ⇨ L2'3'4'5'6 (C152T,A2758G,C2885T,G7146A,T8468C)
         ⇨ L2'3'4'6 (C195T,A247G,A825t,T8655C,A10688G,C10810T,G13105A,T13506C,G15301A,A16129G,T16187C,C16189T)
           ⇨ L3'4'6 (G4104A,A7521G)
             ⇨ L3'4 (T182C!,T3594C,T7256C,T13650C,T16278C)
               ⇨ L3 (A769G,A1018G,C16311T)
                 ⇨ N (G8701A,C9540T,G10398A,C10873T,A15301G!)
                   ⇨ R (T12705C,T16223C)
                     ⇨ H14a (C16256T,T16352C)
Matches on Tree (33) : C146T C152T C195T A247G A769G A1018G C2885T T3594C G4104A T4312C G7146A T7256C A7521G T8468C T8655C G8701A C9540T T10664C A10688G C10810T C10873T C10915T A11914G T12705C G13105A G13276A T13506C T13650C T16187C C16189T G16230A C16256T C16311T
Mismatches/Extras (3) : A825T A14793G C16270T
« Последнее редактирование: 13 Ноябрь 2015, 19:22:26 от ankr21 »

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Где корень I1?
« Ответ #191 : 14 Ноябрь 2015, 01:28:10 »
Еще раз более пристально пересмотрел его BAM.
Хоть мутации и одноридные, а у меня сомнений что он I1 не осталось.




UPD:  что-то картинка отвалилась, прикрепил заново
« Последнее редактирование: 25 Март 2017, 09:59:11 от Sylvester »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #192 : 16 Ноябрь 2015, 12:16:10 »
Тоже поигрался с БАМ Вьювером. Оснований не доверять результатам Genetiker нет.
I1-Z2805/CTS6629
I1-Z2802/CTS6221
I1-Z2792/CTS5887
I1-YSC0000301/Z2882
I1-Z2726
I1-Z2749/CTS1748
I1-Z2731
присутствуют у Stora Förvar 11.
Все снипы, кроме последнего на 5 звезд.
Обнаруженные I2-L596-S6740 и  J1-CTS1547/PF4687 имеют 4 звезды
Ну а R1b1-L389-P297-M269-L23-L51-L151-P312-DF27-Z195-Z198-Z292-Z262-Y8421-Y8410-Y9119 во внимание не стоит принимать.

Есть еще одна проблема: насколько точно был установлен возраст образца. Раскопки в пещере велись аж с 1888. Кости скорей всего долго пролежали в архивах или где их там обычно хранят.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Где корень I1?
« Ответ #193 : 16 Ноябрь 2015, 16:16:09 »
дДНК Скандинавского полуострова:

Mesolithic 5500 BC  Stora Förvar 11  I1-M253         https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-stora-forvar-11/
Mesolithic 5000 BC Motala 2   I2c-L597        https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-motala-2/
Mesolithic 5000 BC Motala 3   I2a1b-M423      https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-motala-3/
Mesolithic 5000 BC Motala 6   I2a1-P37       https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-motala-6/
Mesolithic 5000 BC Motala 9   I2a1a2a1-L1287  https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-motala-9/
Mesolithic 5000 BC Motala 12  I2a1b-M423      https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-motala-12/
Funnelbeaker  3000 BC  Gökhem 4         I2a1b1-L161.1   https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-gokhem-4/
Pitted Ware   2750 BC  Ajvide 52        I2a1a2a1-L1287 https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-ajvide-52/
Pitted Ware   2750 BC  Ajvide 58        I2a1a2a1-L1287  https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-ajvide-58/
Pitted Ware   2750 BC  Ajvide 59        I-M170         https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-ajvide-59/
Pitted Ware   2750 BC  Ajvide 70        I2a1a2a1-L1287  https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-ajvide-70/
Pitted Ware   2500 BC  Ire 8            I2a1b1a1-S2703  https://genetiker.wordpress.com/y-snp-calls-for-ire-8/
Battle Axe   2621-2472 BC RISE94  R1a1a1b-V4100/Z651/F3044
Nordic LN   2275-2032 BC RISE98   R1b1a2a1a1-M405/S21/U106*
Nordic LN   2010-1776 BC RISE179    I1-Z2765/CTS3506
Nordic BA   1493-1302 BC RISE207    I1-M450/S109
Nordic BA   1395-1132 BC RISE175    I1-FGC2435/Z2698

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Где корень I1?
« Ответ #194 : 16 Ноябрь 2015, 16:21:59 »
В Европе

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.