Y-SNP vs Y-STR

[Centurion]

Вообще, проводились ли такие сравнения 450-маркёрных гаплотипов между заведомыми родственниками

да. у нас есть в базе порядка 10 гаплотипов клана Фреймов и1

[nilogov]

Вообще, проводились ли такие сравнения 450-маркёрных гаплотипов между заведомыми родственниками

да. у нас есть в базе порядка 10 гаплотипов клана Фреймов и1

Документальное подтверждение?

[Farroukh]

лучше иметь на руках все возможные инструменты зачем ограничмваться

Да я это понимаю. Весь вопрос в цене. Если сравнение по 450 маркёрам работает, то дешевле заплатить только за длинный гаплотип, чем за гаплотип и ворох снипов.

да. у нас есть в базе порядка 10 гаплотипов клана Фреймов и1

Можно ли опубликовать здесь таблицу степеней родства и количества мутаций на 450 маркёрах? Например, родные братья - 20 шагов, двоюродные - 50 и т. п.?

[Srkz]

лучше иметь на руках все возможные инструменты зачем ограничмваться

Да я это понимаю. Весь вопрос в цене. Если сравнение по 450 маркёрам работает, то дешевле заплатить только за длинный гаплотип, чем за гаплотип и ворох снипов.

Если ориентироваться на текущие цены FTDNA, стоимость 450 маркеров должна быть порядка BIG Y или выше (67->111 44 маркера за 91 доллар, 359+(450-111)*91/44=1060 долларов). Понятно, что это не себестоимость, но все же подозреваю, что разница в реальной цене между 450 стр и BIG Y невелика.

[Farroukh]

По существующему прайсу выходит такая картина:

Y-DNA 12 – $59; 4,92$ за 1 маркёр
Y-DNA 25 – $229; 9,16$ за 1 маркёр
Y-DNA 37 – $149; 4,03$ за 1 маркёр
Y-DNA 67 – $248; 3,7$ за 1 маркёр
Y-DNA 111 – $339; 3,05$ за 1 маркёр

Прогноз:
Y-DNA 450 – $500; 1,12$ за 1 маркёр

BigY выдаёт 450 маркёров, так?

[Migifbug]

По существующему прайсу выходит такая картина:

Y-DNA 12 – $59; 4,92$ за 1 маркёр
Y-DNA 25 – $229; 9,16$ за 1 маркёр
Y-DNA 37 – $149; 4,03$ за 1 маркёр
Y-DNA 67 – $248; 3,7$ за 1 маркёр
Y-DNA 111 – $339; 3,05$ за 1 маркёр

Прогноз:
Y-DNA 450 – $500; 1,12$ за 1 маркёр

BigY выдаёт 450 маркёров, так?

Скорее Fullgenomes выдает столько маркеров...

не полный... биг игрек это всего порядка 53% от исследуемого игрека

Если 450 маркеров, то:
Fullgenomes при цене $1099+$99=$1198, =$2,66 за маркер + >50-53k SNP
BigY при цене $695 = 0,53*450= 239 STR = $2,9 за маркер + >25-30k SNP
Это конечно так, примерно, на глаз...

[Srkz]

По существующему прайсу выходит такая картина:

Y-DNA 12 – $59; 4,92$ за 1 маркёр
Y-DNA 25 – $229; 9,16$ за 1 маркёр
Y-DNA 37 – $149; 4,03$ за 1 маркёр
Y-DNA 67 – $248; 3,7$ за 1 маркёр
Y-DNA 111 – $339; 3,05$ за 1 маркёр

Прогноз:
Y-DNA 450 – $500; 1,12$ за 1 маркёр

BigY выдаёт 450 маркёров, так?

Из последовательности вытекает скорее доллара полтора-два за маркер (при увеличении количества маркеров втрое 37->111 цена маркера снижается на четверть, 12->37 на одну пятую)
Возможно, разница в стоимости обусловлена разными технологиями?

[Centurion]

BigY при цене $695 = 0,53*450= 239 STR = $2,9 за маркер + >25-30k SNP

нет, я написал примерно 420-430 стров определяются из 493 в Биг Игреке, а известных снп примерно 75% от 53 тыс

[Centurion]

BigY выдаёт 450 маркёров, так?

не выдает, а включает, примерно 420-430

[Farroukh]

Какова статистика клана Фреймов? Или это пока внутренняя информация?

[Centurion]

Какова статистика клана Фреймов? Или это пока внутренняя информация?

внутренняя наверное, при этом только они знаю кто кому в каком родстве и тд

[Farroukh]

Вопрос: насколько технически дешевле проводить отдельное тестирование 450 маркёров?
Или дешевле полный секвенс, где есть маркёры и снипы сразу?

[Nimissin]

Вопрос: насколько технически дешевле проводить отдельное тестирование 450 маркёров?
Или дешевле полный секвенс, где есть маркёры и снипы сразу?

Точно на этот вопрос может ответить специалист, работающий на секвенаторах.
Сам я полагаю, что вследствие фактического наличия машин NGS (Иллюмина 2000 и 2500) дешевле получать 420-430 STR локусов по данным сплошного секвенирования.

[Farroukh]

То есть такой длинный гаплотип извлекается одновременно со снипами?
Тогда логично допустить, что и при секвенсе 67 маркёров какие-то глубокие снипы тоже параллельно тестируются?
Подождём доктора Центуриона.

[Nimissin]

То есть такой длинный гаплотип извлекается одновременно со снипами?
Тогда логично допустить, что и при секвенсе 67 маркёров какие-то глубокие снипы тоже параллельно тестируются?
Подождём доктора Центуриона.

Снипы при анализе 67 СТР локусов не тестируются. Этом совсем другая методика.