АвторТема: Y-SNP vs Y-STR  (Прочитано 5549 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #15 : 28 Май 2014, 12:36:01 »
Цитировать
Вообще, проводились ли такие сравнения 450-маркёрных гаплотипов между заведомыми родственниками
да. у нас есть в базе порядка 10 гаплотипов клана Фреймов и1

Оффлайн nilogov

  • Сообщений: 1000
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-2
  • философ антиязыка
  • Y-ДНК: R-BY55151
  • мтДНК: T2b-T152C!
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #16 : 28 Май 2014, 13:09:19 »
Цитировать
Вообще, проводились ли такие сравнения 450-маркёрных гаплотипов между заведомыми родственниками
да. у нас есть в базе порядка 10 гаплотипов клана Фреймов и1
Документальное подтверждение?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #17 : 29 Май 2014, 07:53:31 »
Цитировать
лучше иметь на руках все возможные инструменты зачем ограничмваться
Да я это понимаю. Весь вопрос в цене. Если сравнение по 450 маркёрам работает, то дешевле заплатить только за длинный гаплотип, чем за гаплотип и ворох снипов.

Цитировать
да. у нас есть в базе порядка 10 гаплотипов клана Фреймов и1
Можно ли опубликовать здесь таблицу степеней родства и количества мутаций на 450 маркёрах? Например, родные братья - 20 шагов, двоюродные - 50 и т. п.?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6136
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2790/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #18 : 29 Май 2014, 09:09:46 »
Цитировать
лучше иметь на руках все возможные инструменты зачем ограничмваться
Да я это понимаю. Весь вопрос в цене. Если сравнение по 450 маркёрам работает, то дешевле заплатить только за длинный гаплотип, чем за гаплотип и ворох снипов.
Если ориентироваться на текущие цены FTDNA, стоимость 450 маркеров должна быть порядка BIG Y или выше (67->111 44 маркера за 91 доллар, 359+(450-111)*91/44=1060 долларов). Понятно, что это не себестоимость, но все же подозреваю, что разница в реальной цене между 450 стр и BIG Y невелика.
« Последнее редактирование: 29 Май 2014, 09:22:52 от Srkz »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #19 : 29 Май 2014, 09:40:41 »
По существующему прайсу выходит такая картина:

Y-DNA 12 – $59; 4,92$ за 1 маркёр
Y-DNA 25 – $229; 9,16$ за 1 маркёр
Y-DNA 37 – $149; 4,03$ за 1 маркёр
Y-DNA 67 – $248; 3,7$ за 1 маркёр
Y-DNA 111 – $339; 3,05$ за 1 маркёр

Прогноз:
Y-DNA 450 – $500; 1,12$ за 1 маркёр

BigY выдаёт 450 маркёров, так?

Оффлайн Migifbug

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #20 : 29 Май 2014, 10:34:02 »
По существующему прайсу выходит такая картина:

Y-DNA 12 – $59; 4,92$ за 1 маркёр
Y-DNA 25 – $229; 9,16$ за 1 маркёр
Y-DNA 37 – $149; 4,03$ за 1 маркёр
Y-DNA 67 – $248; 3,7$ за 1 маркёр
Y-DNA 111 – $339; 3,05$ за 1 маркёр

Прогноз:
Y-DNA 450 – $500; 1,12$ за 1 маркёр

BigY выдаёт 450 маркёров, так?
Скорее Fullgenomes выдает столько маркеров...
не полный... биг игрек это всего порядка 53% от исследуемого игрека
Если 450 маркеров, то:
Fullgenomes при цене $1099+$99=$1198, =$2,66 за маркер + >50-53k SNP
BigY при цене $695 = 0,53*450= 239 STR = $2,9 за маркер + >25-30k SNP
Это конечно так, примерно, на глаз...

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6136
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2790/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #21 : 29 Май 2014, 10:56:43 »
По существующему прайсу выходит такая картина:

Y-DNA 12 – $59; 4,92$ за 1 маркёр
Y-DNA 25 – $229; 9,16$ за 1 маркёр
Y-DNA 37 – $149; 4,03$ за 1 маркёр
Y-DNA 67 – $248; 3,7$ за 1 маркёр
Y-DNA 111 – $339; 3,05$ за 1 маркёр

Прогноз:
Y-DNA 450 – $500; 1,12$ за 1 маркёр

BigY выдаёт 450 маркёров, так?
Из последовательности вытекает скорее доллара полтора-два за маркер (при увеличении количества маркеров втрое 37->111 цена маркера снижается на четверть, 12->37 на одну пятую)
Возможно, разница в стоимости обусловлена разными технологиями?
« Последнее редактирование: 29 Май 2014, 11:05:21 от Srkz »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #22 : 29 Май 2014, 12:15:38 »
BigY при цене $695 = 0,53*450= 239 STR = $2,9 за маркер + >25-30k SNP
нет, я написал примерно 420-430 стров определяются из 493 в Биг Игреке, а известных снп примерно 75% от 53 тыс

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #23 : 29 Май 2014, 12:16:55 »
BigY выдаёт 450 маркёров, так?
не выдает, а включает, примерно 420-430

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #24 : 29 Май 2014, 12:25:13 »
Какова статистика клана Фреймов? Или это пока внутренняя информация?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #25 : 29 Май 2014, 12:53:53 »
Какова статистика клана Фреймов? Или это пока внутренняя информация?
внутренняя наверное, при этом только они знаю кто кому в каком родстве и тд

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #26 : 05 Сентябрь 2014, 13:45:50 »
Вопрос: насколько технически дешевле проводить отдельное тестирование 450 маркёров?
Или дешевле полный секвенс, где есть маркёры и снипы сразу?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2215
  • Рейтинг +649/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #27 : 05 Сентябрь 2014, 14:40:21 »
Вопрос: насколько технически дешевле проводить отдельное тестирование 450 маркёров?
Или дешевле полный секвенс, где есть маркёры и снипы сразу?
Точно на этот вопрос может ответить специалист, работающий на секвенаторах.
Сам я полагаю, что вследствие фактического наличия машин NGS (Иллюмина 2000 и 2500) дешевле получать 420-430 STR локусов по данным сплошного секвенирования.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #28 : 05 Сентябрь 2014, 14:58:19 »
То есть такой длинный гаплотип извлекается одновременно со снипами?
Тогда логично допустить, что и при секвенсе 67 маркёров какие-то глубокие снипы тоже параллельно тестируются?
Подождём доктора Центуриона.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2215
  • Рейтинг +649/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #29 : 05 Сентябрь 2014, 15:38:16 »
То есть такой длинный гаплотип извлекается одновременно со снипами?
Тогда логично допустить, что и при секвенсе 67 маркёров какие-то глубокие снипы тоже параллельно тестируются?
Подождём доктора Центуриона.
Снипы при анализе 67 СТР локусов не тестируются. Этом совсем другая методика.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100