АвторТема: Y-SNP vs Y-STR  (Прочитано 5548 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Y-SNP vs Y-STR
« : 17 Январь 2012, 12:07:00 »
111 маркёров или всё же пошаговое снипование?

Такое явление как гомоплазия [[совпадение значений на первой (12 маркёров) и реже на второй (до 25 маркёров) панелях при отсутствии близкого родства]] казалось бы однозначно указывает на необходимость deep clade test (ДКТ) или даже дальнейшего более глубокого снипования.

И действительно, попробуй даже на 67 маркёрах гарантированно отличи, скажем, азиатские R1a от европейских. То  же для J1. То же для E1b1b1, далее везде со всеми остановками. Именно по этой причине возможность 100%-ной предикции субклада по гаплотипу во многих случаях невозможна. Выход один - ДКТ или же выборочное снипование на наиболее вероятные снипы.

Но. Количество снипов увеличивается чуть ли не ежемесячно, а в будущем наверное и ежедневно. И как при этом быть? Постоянно заказывать всё вновь прибывающие снипы - путь хороший, но для этого надо не жалеть кровно заработанных.

В качестве альтернативы можно предположить, что 111 маркёров позволят более точно отнести человека к конкретному субкладу, а не ко вселенской гаплогруппе. Но возникает встречный вопрос:
1) Насколько вероятна гомоплазия на 111 маркёрах?
2) Насколько глубоко на основании 111 маркёров можно предиктовать субклад? Скажем, для атлантической R1b1b2xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx?
3) Что в итоге более информативно: 12-маркёрный гаплотип, но проверенный по всем снипам или 111-маркёрный безымянный?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7792
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #1 : 17 Январь 2012, 12:20:01 »
И действительно, попробуй даже на 67 маркёрах гарантированно отличи, скажем, азиатские R1a от европейских.
На 67-ми маркерах гаплотипы ашкеназов-левитов превосходно отделяются от европейских.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6554
  • Страна: ru
  • Рейтинг +930/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #2 : 17 Январь 2012, 12:21:31 »
Я думаю правила здесь четкого нет и надо всегда иметь 67 маркеров а дальше уже смотреть какой снип заказать, если возможно выбрать по 67 маркерам. Если совсем ничего не предсказать по маркерам, а такое бывает где-то в 1% случаев или меньше, то надо DeepClade.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #3 : 17 Январь 2012, 12:34:40 »
Цитировать
На 67-ми маркерах гаплотипы ашкеназов-левитов превосходно отделяются от европейских.
Ну это я так к примеру. Наверняка в будущем всплывут более сложные ситуации.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8733
  • Страна: kz
  • Рейтинг +843/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #4 : 17 Январь 2012, 12:40:45 »
Мне кажеться все зависит от наличия СНИПов например в С3 и G1a делать нечего, надо только 67-111 и WTY делать.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #5 : 17 Январь 2012, 12:58:47 »
Допустим, снипы есть. По деньгам дешевле сделать 12 маркёров и 8 снипов, чем 111-маркёрный гаплотип.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #6 : 17 Январь 2012, 13:18:44 »
У R1a1 67 маркеров хорошо предсказывают субклад. Ну и 2-3 снипа для подтверждения.
А 12 маркерам и куча снипов наугад - выбрасывание денег.
111 маркеров пока нужны лишь для сравнения двух близких гаплотипов - для филогении, мне кажется, пока малоокупаемы.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10681
  • Страна: tt
  • Рейтинг +2055/-46
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #7 : 17 Январь 2012, 14:10:38 »
У R1a1 67 маркеров хорошо предсказывают субклад.
У меня субклад был виден уже на первых панелях, 67 это только подтвердили. Снип делал исключительно для "материального подтверждения" цепочки Р78+   L484+

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #8 : 17 Январь 2012, 14:33:28 »
Везёт же людям. У меня даже на 67 маркёрах ближайший люд из других субкладов.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2682
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #9 : 17 Январь 2012, 15:29:01 »
Я думаю правила здесь четкого нет и надо всегда иметь 67 маркеров а дальше уже смотреть какой снип заказать, если возможно выбрать по 67 маркерам. Если совсем ничего не предсказать по маркерам, а такое бывает где-то в 1% случаев или меньше, то надо DeepClade.
Поддерживаю. К каждому гаплотипу надо подходить индивидуально, в зависимости от гаплогруппы, субклада, наличия обнаруженных и тестируемых на данный момент снипов.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #10 : 17 Январь 2012, 16:35:45 »
Не спорю. Но может быть и так, что снипов много, но гаплотип уникальный.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #11 : 15 Июнь 2013, 08:04:41 »
К вопросу о фул-геноме. Если люди ваяют 450 маркёрные гаплотипы, то, теоретически, в будущем можно даже и снипы не делать - будет 100% предикция по характерным маркёрам вплоть до кланового или даже семейного субклада.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #12 : 28 Май 2014, 10:00:44 »
В свете результатов BigY и полного игрек-секвенса решил освежить эту тему. Итак, есть техническая возможность определить полный набор снипов от Адама до меня (тысячи их!) и полный набор маркёров (450-маркёрный гаплотип).

Y-STR можно определять независимо отдельно от Y-SNP. Отсюда вопросы:

1) Есть два 450-маркёрных гаплотипа. Один относится к гаплогруппе A, другой - к Q. То есть их БОП - это сам Адам, 200 тлн. Насколько релевантна будет разница между ними? Покажет ли число мутаций такой возраст? Вообще, проводились ли такие сравнения 450-маркёрных гаплотипов между заведомыми родственниками и заведомо удалёнными людьми типа A и Q?

2) Может, для генеалогических расчётов проще ввести тестирование на 450 маркёров безо всяких там снипов и бесконечных обновлений снип-деревьев и заморочек с гаплогруппами?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #13 : 28 Май 2014, 12:31:24 »
Цитировать
В свете результатов BigY и полного игрек-секвенса решил освежить эту тему. Итак, есть техническая возможность определить полный набор снипов от Адама до меня (тысячи их!) и полный набор маркёров (450-маркёрный гаплотип).
не полный... биг игрек это всего порядка 53% от исследуемого игрека

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Y-SNP vs Y-STR
« Ответ #14 : 28 Май 2014, 12:34:46 »
Цитировать
2) Может, для генеалогических расчётов проще ввести тестирование на 450 маркёров безо всяких там снипов и бесконечных обновлений снип-деревьев и заморочек с гаплогруппами?
лучше иметь на руках все возможные инструменты зачем ограничмваться

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100