Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша

[Mich Glitch]

То есть, применительно к игреку интересует вот это:
Father-son:
      Arithmetic mean: 32.66, Median: 32.00, Mode: 30.

Иными словами, средний возраст отца на момент рождения сына 32.66 года.

Медианный возраст отца на момент рождения сына 32 года.

Модальный возраст отца на момент рождения сына 30 лет.

[Mich Glitch]

Я бы как-то принял соображение, что на самом деле transition event (в данном случае, момент зачатия) был в большинстве случаев на 9 месяцев раньше (время беременности).

Но без лишних умствований откидываю и это:
а) ориентируясь на рождение (тоже transition event);
б) полагая коррекцию системной (то есть, присутствующей во всех случаях).

[Mich Glitch]

Не может иметь детей.
Насмешили. 

То, что у 80 летнего дедушки нет 30 летней подружки - вовсе не означает, что у него не может быть детей.

По этой логике, у 20-летнего прыщавого кнопкодава - тоже не может быть детей. У него девушки нет. Да, и в силу его увлечения аниме и компьютерными мечтательствами - скорее всего и не будет.

Факты vs моделизация.

[arba]

Ненужные усложнения.
Затирание смыслов.
Невозможные для учёта сценарии. ("Не может иметь детей" - класс. Каким образом это определить?)
Разность подходов.
Я опираюсь на факты.
Вы предлагаете использовать умозрительные схемы.

Повторю методику подсчёта.

На момент рождения ребёнка (или мальчик, или девочка, или пол неважен) фиксируется возраст родителя (отец, мать, пол неважен).

А затем и делаются все статистические обсчёты. Это и есть поколенные интервалы.

Вы вычисляете поколенный интервал в самом широком смысле этого понятия. И в этом плане, Ваша методика является самой простой, самой разумной и, пожалуй, самой правильной.

Но я преследую узкоспециальную цель – я хочу вычислить, и как можно корректнее, скорости мутаций в STR локусах. А для этого мне важно знать именно тот конкретный поколенный интервал отец-сын, который я описал выше. Ничего сложного там нет. Но дело не в этом. Дело в том, что она корректнее любой другой методики, для той цели, которую я преследую. Лучше этой методики может быть только та, которая исходит из возраста отца  в каждой паре отец-сын, где подсчитывались мутации, если, конечно, такая информация имеется в наличии по всем парам без исключений. Но такая информация часто отсутствует. Иначе не было бы нужды прибегать ни к Вашей, ни к описанной выше, ни к какой другой методике. Именно из-за этой неполноты информации приходится прибегать к следующей на линии по корректности методике. Ни более, ни менее.

Кстати, я не собираюсь навязывать этот специальный интервал Вам или кому бы то ни было.

[Mich Glitch]

Ничего сложного там нет.

Разве я сказал, что это сложно?
Я высказался в том духе, что по моему мнению, это глупо.
Но Вы, конечно же, можете попробовать.
Искать детей тех, чей отец "не способен иметь детей" и собирать статистику.

[Mich Glitch]

Фонд Соренсона обработал, если память не изменяет, 87 тысяч пар отец-сын.
Полученные величины мало чем отличаются от указанных выше.

[Mich Glitch]

Недостаток результатов Соренсона в том, что имеем определённый временной срез. 20 век.

Я использовал другую парадигму - расчёт пар отец-сын по генеалогиям.
Пар всего лишь 15 тысяч с копейками (возможности одного человека не сопоставимы с возможностями религиозного фонда).
Генеалогические данные полны неточностей.

Зато использован принципиально другой подход. Раз.

Есть возможность посмотреть поколенные по разным эпохам. Два.

[Mich Glitch]

Что касается Вашей постановки задачи (в корне неверной, по моему мнению), то исчисленные интервалы, как раз и предназначены для оценки ВБОПов.

Перемножаем количество мутаций на среднюю частоту мутаций, затем умножаем на поколенный интервал, потом прибавляем средний возраст тестируемых - и вуаля!

[Mich Glitch]

По предварительным прикидкам поколенные интервалы будут высчитаны где-то на 25 тысячах пар родитель-ребёнок (отец-сын и мать-ребёнок).
Для сравнения у Соренсона:

Number of father/son pairs:   129 558

Number of mother/child pairs:   218 135

Ошибся.

У Соренсона не 87 тысяч, а почти 130.

[Mich Glitch]

Не нашёл с ходу картинку результатов Соренсона. У него получалось 32.5 года средний поколенный интервал отец-сын.

В классической генеалогии приняты 3 поколения на столетие. То есть, 33.33 года.

У меня 32.66.

Если закладываться на пару тысяч лет, то скорее 30 лет на поколение, чем 25.

Это, собственно, и есть основной вывод.

[arba]

Что касается Вашей постановки задачи (в корне неверной, по моему мнению), то исчисленные интервалы, как раз и предназначены для оценки ВБОПов.

Перемножаем количество мутаций на среднюю частоту мутаций, затем умножаем на поколенный интервал, потом прибавляем средний возраст тестируемых - и вуаля!

Уважаемый Мич-Глитч, Вы не поняли постановку задачи (в корне, по моему мнению). Это для Вас "исчисленные интервалы, как раз и предназначены для оценки ВБОПов". Мне же они нужны для оценки вероятностей мутаций. Вы толкуете об одной задаче, а я решаю прямо противоположную задачу. Я Вам про Фому, а Вы мне про Ерему.

Мне, извините, наплевать на поколенный интервал; этот интервал сам по себе меня вообще не интересует. Меня интересует временное расстояние между рождением отца и рождением его сына в годах, для тех пар отец-сын, для которых подсчитывались мутации. Все. Никакой заморочки с понятием поколенного интервала. Он мне даром не нужен с тех пор, как я понял, что скорости мутаций растут линейно с возрастом отца, т.е. поколенный интервал сам по себе не имеет ни малейшего значения для определения скоростей мутаций. Но необходимо знать временной интервал между рождением отца и рождением его сына.

Я в третий раз повторяю: к сожалению, эта информация (т.е. временной интервал между рождением отца и рождением его сына) не всегда указывается в описаниях экспериментов с парами отец-сын, где подсчитывались мутации. Вот почему я вынужден прибегнуть к помощи поколенного интервала, но не Вашего – Ваш поколенный интервал не является самым подходящим для этой цели. Я ожидаю, что разница между Вашим поколенным интервалом и тем, который я описал, будет где-то около 2-х или 3-х лет, т.е. около 7%. А это совсем не мало. Если я прав, то именно такой процент ошибки и вносится в определение скоростей мутаций. Вот что меня волнует.   

Я уверен, что если Вы перестанете метать икру, сядете и подумаете спокойно пять минут, Вы легко поймете, о чем я толкую.

[Mich Glitch]

Имеем скорость движения.
Вы измеряете время. Я дистанцию. Или наоборот.

Вам наплевать. И мне наплевать.

Поставьте задачу. В смысле, сформулируйте внятно.
Соберите данные.
Дайте результат.

Просто.

[arba]

Имеем скорость движения.
Вы измеряете время. Я дистанцию. Или наоборот.

Вам наплевать. И мне наплевать.

Поставьте задачу. В смысле, сформулируйте внятно.
Соберите данные.
Дайте результат.

Просто.

Решать прямую и обратную задачи в математике вообще, – и в теории вероятностей, в частности, – это далеко не то же самое, что "Имеем скорость движения. Вы измеряете время. Я дистанцию. Или наоборот." И в данном конкретном случае, поверьте, это не так просто, как Вы лихо отписались.

Задачу поставил – внятнее, кажется, некуда. Но, похоже, Вы все еще не поняли.

Собираю данные. Дам результат... если Вам не наплевать.

Куда-ж проще? 

[Mich Glitch]

Тут есть Ваш собрат по духу.



Призывает провести серию 111-маркерных тестов у старцев с интервалом в 1 час.
По его разумению, это позволит оценить возрастные мутации.

[Mich Glitch]

Я же, легко допуская наличие возрастных изменений на уровне генома, предлагаю делать замеры в контрольной группе в течении долгого времени. Т.е. с интервалами в несколько лет.

Разница подходов.