АвторТема: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша  (Прочитано 29173 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #165 : 20 Март 2020, 20:05:17 »
Статистика по состоянию на сегодня:

------------------------
 Statistics report
------------------------

Total persons: 48389
Males total: 25863
Females total: 22526

Pairs Father-Son total: 20849
   among them with good dates (used in caluculations below): 15018
Pairs Father-Daughter total: 16187
   among them with good dates (used in caluculations below): 13248
Pairs Mother-Son total: 17455
   among them with good dates (used in caluculations below): 14067
Pairs Mother-Daughter total: 15378
   among them with good dates (used in caluculations below): 12713


*** Generational interval ***

   Mother-child:
      Arithmetic mean: 28.98, Median: 28.00, Mode: 25
      Absolute deviation: 6.15, Variance: 57.99, RMSD: 7.61, Standard deviation (unbiased): 7.62
   Mother-daughter:
      Arithmetic mean: 28.90, Median: 28.00, Mode: 25
      Absolute deviation: 6.12, Variance: 57.04, RMSD: 7.55, Standard deviation (unbiased): 7.55
   Father-child:
      Arithmetic mean: 32.64, Median: 31.00, Mode: 30
      Absolute deviation: 6.95, Variance: 75.51, RMSD: 8.69, Standard deviation (unbiased): 8.69
   Father-son:
      Arithmetic mean: 32.66, Median: 32.00, Mode: 30
      Absolute deviation: 6.95, Variance: 76.04, RMSD: 8.72, Standard deviation (unbiased): 8.72
   All:
      Arithmetic mean: 30.86, Median: 30.00, Mode: 25
      Absolute deviation: 6.70, Variance: 70.33, RMSD: 8.39, Standard deviation (unbiased): 8.39

   All, by centuries:
      11:
         Arithmetic mean: 29.10, Median: 28.00, Mode: 23
         Absolute deviation: 6.96, Variance: 78.22, RMSD: 8.84, Standard deviation (unbiased): 8.94
      12:
         Arithmetic mean: 33.96, Median: 31.50, Mode: [47, 24, 25]
         Absolute deviation: 9.27, Variance: 109.50, RMSD: 10.46, Standard deviation (unbiased): 10.67
      13:
         Arithmetic mean: 29.86, Median: 27.00, Mode: [24, 27]
         Absolute deviation: 6.20, Variance: 52.85, RMSD: 7.27, Standard deviation (unbiased): 7.44
      14:
         Arithmetic mean: 28.75, Median: 29.00, Mode: [18, 20, 31]
         Absolute deviation: 6.75, Variance: 72.81, RMSD: 8.53, Standard deviation (unbiased): 8.81
      15:
         Arithmetic mean: 34.00, Median: 33.50, Mode: 44
         Absolute deviation: 6.80, Variance: 51.60, RMSD: 7.18, Standard deviation (unbiased): 7.57
      16:
         Arithmetic mean: 32.35, Median: 31.00, Mode: 31
         Absolute deviation: 6.10, Variance: 58.11, RMSD: 7.62, Standard deviation (unbiased): 7.86
      17:
         Arithmetic mean: 33.55, Median: 32.00, Mode: 29
         Absolute deviation: 8.93, Variance: 126.28, RMSD: 11.24, Standard deviation (unbiased): 11.26
      18:
         Arithmetic mean: 30.63, Median: 29.00, Mode: 30
         Absolute deviation: 7.47, Variance: 93.90, RMSD: 9.69, Standard deviation (unbiased): 9.69
      19:
         Arithmetic mean: 30.99, Median: 30.00, Mode: 25
         Absolute deviation: 6.62, Variance: 66.76, RMSD: 8.17, Standard deviation (unbiased): 8.17
      20:
         Arithmetic mean: 30.59, Median: 30.00, Mode: 27
         Absolute deviation: 6.07, Variance: 56.11, RMSD: 7.49, Standard deviation (unbiased): 7.49
      21:
         Arithmetic mean: 30.27, Median: 31.00, Mode: [36, 37]
         Absolute deviation: 5.13, Variance: 35.89, RMSD: 5.99, Standard deviation (unbiased): 6.03

   Father-son, by centuries:
      11:
         Arithmetic mean: 32.26, Median: 29.00, Mode: 23
         Absolute deviation: 8.41, Variance: 93.35, RMSD: 9.66, Standard deviation (unbiased): 9.93
      12:
         Arithmetic mean: 37.00, Median: 39.00, Mode: [32, 34, 37, 39, 40, 42, 43, 45, 49, 20, 53, 22, 25]
         Absolute deviation: 8.00, Variance: 94.62, RMSD: 9.73, Standard deviation (unbiased): 10.12
      13:
         Arithmetic mean: 30.42, Median: 27.00, Mode: [24, 27]
         Absolute deviation: 6.47, Variance: 54.98, RMSD: 7.41, Standard deviation (unbiased): 7.62
      14:
         Arithmetic mean: 29.55, Median: 28.00, Mode: 20
         Absolute deviation: 6.78, Variance: 78.07, RMSD: 8.84, Standard deviation (unbiased): 9.27
      15:
         Arithmetic mean: 33.20, Median: 30.00, Mode: [39, 25, 44, 28, 30]
         Absolute deviation: 6.64, Variance: 50.96, RMSD: 7.14, Standard deviation (unbiased): 7.98
      16:
         Arithmetic mean: 33.17, Median: 30.50, Mode: [27, 30, 31]
         Absolute deviation: 6.72, Variance: 66.97, RMSD: 8.18, Standard deviation (unbiased): 8.55
      17:
         Arithmetic mean: 34.75, Median: 32.50, Mode: [31, 32]
         Absolute deviation: 8.98, Variance: 130.20, RMSD: 11.41, Standard deviation (unbiased): 11.46
      18:
         Arithmetic mean: 32.51, Median: 31.00, Mode: 30
         Absolute deviation: 7.84, Variance: 104.39, RMSD: 10.22, Standard deviation (unbiased): 10.22
      19:
         Arithmetic mean: 32.82, Median: 32.00, Mode: 30
         Absolute deviation: 6.82, Variance: 70.20, RMSD: 8.38, Standard deviation (unbiased): 8.38
      20:
         Arithmetic mean: 32.22, Median: 31.00, Mode: 28
         Absolute deviation: 6.23, Variance: 59.41, RMSD: 7.71, Standard deviation (unbiased): 7.71
      21:
         Arithmetic mean: 31.83, Median: 34.00, Mode: 36
         Absolute deviation: 5.69, Variance: 41.53, RMSD: 6.44, Standard deviation (unbiased): 6.59

   Mother-daughter, by centuries:
      11:
         Arithmetic mean: 26.40, Median: 29.00, Mode: 30
         Absolute deviation: 3.92, Variance: 17.04, RMSD: 4.13, Standard deviation (unbiased): 4.62
      12:
         Arithmetic mean: 24.00, Median: 24.00, Mode: [21, 24, 27]
         Absolute deviation: 2.00, Variance: 6.00, RMSD: 2.45, Standard deviation (unbiased): 3.00
      15:
         Arithmetic mean: 27.00, Median: 27.00, Mode: 27
         Absolute deviation: 0.00, Variance: 0.00, RMSD: 0.00, Standard deviation (unbiased): 0.00
      17:
         Arithmetic mean: 33.67, Median: 30.50, Mode: 25
         Absolute deviation: 8.56, Variance: 95.76, RMSD: 9.79, Standard deviation (unbiased): 9.95
      18:
         Arithmetic mean: 28.52, Median: 27.00, Mode: 23
         Absolute deviation: 6.77, Variance: 75.38, RMSD: 8.68, Standard deviation (unbiased): 8.68
      19:
         Arithmetic mean: 29.00, Median: 28.00, Mode: 24
         Absolute deviation: 6.09, Variance: 55.20, RMSD: 7.43, Standard deviation (unbiased): 7.43
      20:
         Arithmetic mean: 28.86, Median: 28.00, Mode: 26
         Absolute deviation: 5.64, Variance: 46.63, RMSD: 6.83, Standard deviation (unbiased): 6.83
      21:
         Arithmetic mean: 29.88, Median: 29.00, Mode: 26
         Absolute deviation: 4.11, Variance: 25.75, RMSD: 5.07, Standard deviation (unbiased): 5.23

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #166 : 20 Март 2020, 20:07:51 »
То есть, применительно к игреку интересует вот это:
Father-son:
      Arithmetic mean: 32.66, Median: 32.00, Mode: 30.

Иными словами, средний возраст отца на момент рождения сына 32.66 года.

Медианный возраст отца на момент рождения сына 32 года.

Модальный возраст отца на момент рождения сына 30 лет.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #167 : 20 Март 2020, 20:11:20 »
Я бы как-то принял соображение, что на самом деле transition event (в данном случае, момент зачатия) был в большинстве случаев на 9 месяцев раньше (время беременности).

Но без лишних умствований откидываю и это:
а) ориентируясь на рождение (тоже transition event);
б) полагая коррекцию системной (то есть, присутствующей во всех случаях).

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #168 : 20 Март 2020, 20:15:39 »
Не может иметь детей.
Насмешили.  :)

То, что у 80 летнего дедушки нет 30 летней подружки - вовсе не означает, что у него не может быть детей.

По этой логике, у 20-летнего прыщавого кнопкодава - тоже не может быть детей. У него девушки нет. Да, и в силу его увлечения аниме и компьютерными мечтательствами - скорее всего и не будет.

Факты vs моделизация.

Оффлайн arba

  • Сообщений: 5
  • Страна: us
  • Рейтинг +0/-0
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #169 : 20 Март 2020, 21:02:20 »
Ненужные усложнения.
Затирание смыслов.
Невозможные для учёта сценарии. ("Не может иметь детей" - класс. Каким образом это определить?)
Разность подходов.
Я опираюсь на факты.
Вы предлагаете использовать умозрительные схемы.

Повторю методику подсчёта.

На момент рождения ребёнка (или мальчик, или девочка, или пол неважен) фиксируется возраст родителя (отец, мать, пол неважен).

А затем и делаются все статистические обсчёты. Это и есть поколенные интервалы.

Вы вычисляете поколенный интервал в самом широком смысле этого понятия. И в этом плане, Ваша методика является самой простой, самой разумной и, пожалуй, самой правильной.

Но я преследую узкоспециальную цель – я хочу вычислить, и как можно корректнее, скорости мутаций в STR локусах. А для этого мне важно знать именно тот конкретный поколенный интервал отец-сын, который я описал выше. Ничего сложного там нет. Но дело не в этом. Дело в том, что она корректнее любой другой методики, для той цели, которую я преследую. Лучше этой методики может быть только та, которая исходит из возраста отца  в каждой паре отец-сын, где подсчитывались мутации, если, конечно, такая информация имеется в наличии по всем парам без исключений. Но такая информация часто отсутствует. Иначе не было бы нужды прибегать ни к Вашей, ни к описанной выше, ни к какой другой методике. Именно из-за этой неполноты информации приходится прибегать к следующей на линии по корректности методике. Ни более, ни менее.

Кстати, я не собираюсь навязывать этот специальный интервал Вам или кому бы то ни было.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #170 : 20 Март 2020, 21:27:08 »
Ничего сложного там нет.

Разве я сказал, что это сложно?
Я высказался в том духе, что по моему мнению, это глупо.
Но Вы, конечно же, можете попробовать.
Искать детей тех, чей отец "не способен иметь детей" и собирать статистику.

:)

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #171 : 20 Март 2020, 21:29:24 »
Фонд Соренсона обработал, если память не изменяет, 87 тысяч пар отец-сын.
Полученные величины мало чем отличаются от указанных выше.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #172 : 20 Март 2020, 21:34:31 »
Недостаток результатов Соренсона в том, что имеем определённый временной срез. 20 век.

Я использовал другую парадигму - расчёт пар отец-сын по генеалогиям.
Пар всего лишь 15 тысяч с копейками (возможности одного человека не сопоставимы с возможностями религиозного фонда).
Генеалогические данные полны неточностей.

Зато использован принципиально другой подход. Раз.

Есть возможность посмотреть поколенные по разным эпохам. Два.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #173 : 20 Март 2020, 21:38:03 »
Что касается Вашей постановки задачи (в корне неверной, по моему мнению), то исчисленные интервалы, как раз и предназначены для оценки ВБОПов.

Перемножаем количество мутаций на среднюю частоту мутаций, затем умножаем на поколенный интервал, потом прибавляем средний возраст тестируемых - и вуаля!


:)

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #174 : 20 Март 2020, 21:40:27 »
По предварительным прикидкам поколенные интервалы будут высчитаны где-то на 25 тысячах пар родитель-ребёнок (отец-сын и мать-ребёнок).
Для сравнения у Соренсона:

Number of father/son pairs:   129 558

Number of mother/child pairs:   218 135


Ошибся.

У Соренсона не 87 тысяч, а почти 130.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #175 : 20 Март 2020, 21:46:21 »
Не нашёл с ходу картинку результатов Соренсона. У него получалось 32.5 года средний поколенный интервал отец-сын.

В классической генеалогии приняты 3 поколения на столетие. То есть, 33.33 года.

У меня 32.66.

Если закладываться на пару тысяч лет, то скорее 30 лет на поколение, чем 25.

Это, собственно, и есть основной вывод.

Оффлайн arba

  • Сообщений: 5
  • Страна: us
  • Рейтинг +0/-0
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #176 : 20 Март 2020, 23:04:01 »
Что касается Вашей постановки задачи (в корне неверной, по моему мнению), то исчисленные интервалы, как раз и предназначены для оценки ВБОПов.

Перемножаем количество мутаций на среднюю частоту мутаций, затем умножаем на поколенный интервал, потом прибавляем средний возраст тестируемых - и вуаля!

:)

Уважаемый Мич-Глитч, Вы не поняли постановку задачи (в корне, по моему мнению). Это для Вас "исчисленные интервалы, как раз и предназначены для оценки ВБОПов". Мне же они нужны для оценки вероятностей мутаций. Вы толкуете об одной задаче, а я решаю прямо противоположную задачу. Я Вам про Фому, а Вы мне про Ерему.

Мне, извините, наплевать на поколенный интервал; этот интервал сам по себе меня вообще не интересует. Меня интересует временное расстояние между рождением отца и рождением его сына в годах, для тех пар отец-сын, для которых подсчитывались мутации. Все. Никакой заморочки с понятием поколенного интервала. Он мне даром не нужен с тех пор, как я понял, что скорости мутаций растут линейно с возрастом отца, т.е. поколенный интервал сам по себе не имеет ни малейшего значения для определения скоростей мутаций. Но необходимо знать временной интервал между рождением отца и рождением его сына.

Я в третий раз повторяю: к сожалению, эта информация (т.е. временной интервал между рождением отца и рождением его сына) не всегда указывается в описаниях экспериментов с парами отец-сын, где подсчитывались мутации. Вот почему я вынужден прибегнуть к помощи поколенного интервала, но не Вашего – Ваш поколенный интервал не является самым подходящим для этой цели. Я ожидаю, что разница между Вашим поколенным интервалом и тем, который я описал, будет где-то около 2-х или 3-х лет, т.е. около 7%. А это совсем не мало. Если я прав, то именно такой процент ошибки и вносится в определение скоростей мутаций. Вот что меня волнует.   

Я уверен, что если Вы перестанете метать икру, сядете и подумаете спокойно пять минут, Вы легко поймете, о чем я толкую.
« Последнее редактирование: 20 Март 2020, 23:30:11 от arba »

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #177 : 20 Март 2020, 23:29:58 »
Имеем скорость движения.
Вы измеряете время. Я дистанцию. Или наоборот.

Вам наплевать. И мне наплевать.

Поставьте задачу. В смысле, сформулируйте внятно.
Соберите данные.
Дайте результат.

Просто.


:)

Оффлайн arba

  • Сообщений: 5
  • Страна: us
  • Рейтинг +0/-0
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #178 : 20 Март 2020, 23:37:33 »
Имеем скорость движения.
Вы измеряете время. Я дистанцию. Или наоборот.

Вам наплевать. И мне наплевать.

Поставьте задачу. В смысле, сформулируйте внятно.
Соберите данные.
Дайте результат.

Просто.

:)

Решать прямую и обратную задачи в математике вообще, – и в теории вероятностей, в частности, – это далеко не то же самое, что "Имеем скорость движения. Вы измеряете время. Я дистанцию. Или наоборот." И в данном конкретном случае, поверьте, это не так просто, как Вы лихо отписались.

Задачу поставил – внятнее, кажется, некуда. Но, похоже, Вы все еще не поняли.

Собираю данные. Дам результат... если Вам не наплевать.

Куда-ж проще?  ;D
« Последнее редактирование: 20 Март 2020, 23:58:25 от arba »

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3687/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Поколенные интервалы Гаврилова-Темоша
« Ответ #179 : 21 Март 2020, 00:03:09 »
Тут есть Ваш собрат по духу.

:)

Призывает провести серию 111-маркерных тестов у старцев с интервалом в 1 час.
По его разумению, это позволит оценить возрастные мутации.

:o

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100