АвторТема: Филогенетическое древо гаплогруппы I1 (Нетворк)  (Прочитано 9186 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
При эпсилон = 0 расчет 500 гаплотипов (67-маркерных) занимает часа 4 на не самой сильной машине - т.е. вполне приемлимо. При увеличении эпсилон время расчета стремительно возрастает.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19427
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Что такое эпсилон, его функции и как задавать его значение?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Что такое эпсилон, его функции и как задавать его значение?

Это "порог устойчивости" при итеративных расчетах новых медиан и суммы остовных деревьев (MSN) в алгоритме MJ. При некотором сверхбольшом Эпсилон сеть станет полной медианной сетью, а при всех меньших значениях будет только ее подмножеством (точнее, множество вершин будет подмножеством множества вершин-медиан полной сети). Полная сеть содержит в себе массу минимальных штейнеровских деревьев, а для неполных сетей это не так. Поэтому малые Эпсилон не гарантируют достижения оптимума.

Функция стоимости минимального штейнеровского дерева от Эпсилон не является монотонной, то есть сеть с Эпсилон 0 иногда бывает лучше чем с Эпсилон 10. Особенно часто это наблюдается на небинарных данных. Но, как говорилось выше, при использовании некоторого сверхбольшого Эпсилон (например равного максимальному расстоянию между гаплотипами метрики, число локусов у нас конечно) мы достигаем штейнеровского оптимума и дальнейшее увеличение Эпсилон более не меняет сеть.

При вычислении сетей по STR-данным большие Эпсилон (начиная примерно с величины равной среднему весу) делают процесс практически невозможным, даже для небольшого числа гаплотипов. Рекомендуется устанавливать 0.


Murka MJ, в отличе от Нетворка, использует два параметра Эпсилон:

 -e : Epsilon (MSN)
 -x : Epsilon (network growth)

которым обычно рекомендуется задавать одинаковое значение. При указании отрицательных значений -e и -x Murka MJ считает полную сеть, однако для этой цели рекомендуется пользоваться программой Murka FN которая выполняет эту работу значительно быстрее и не зависит от Эпсилон. Размер графа полной сети даже на нескольких десятках гаплотипов может достигать миллионов ребер. Мурка позволяет вычислить даже для этого количества приблизительное (неточное) штейнеровское дерево.
« Последнее редактирование: 14 Июнь 2009, 15:23:56 от Valery »

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Иначе говоря, величина эпсилон - это параметр "широты" алгоритма поиска лучшей сети. При эпсилон = 0 программа пытается найти средние точки как можно быстрее для групп самых близких гаплотипов, а при увеличении эпсилон ей позволяется проявить гибкость и найти среднюю точку при анализе групп, включающие в себя не только самые близкие гаплотипы.
Это улучшает результат, но стремительно увеличивает время программы.

Эпсилон задается величиной того же порядка, что и веса. Если эпсилон меньше самого маленького веса, то он все равно что равен нулю.
Насколько помню, в Fluxus Network не удается рассчитать сеть из 50 гаплотипов (67-маркерных) с эпсилон больше половины весов мутаций.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19427
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Фунуция эпсилон понятна. А где задавать в Нетворке его значение? На каком этапе это делается?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Фунуция эпсилон понятна. А где задавать в Нетворке его значение? На каком этапе это делается?
Эпсилон задается при расчете методом Median Joining:
меню Calculate Network -> Network Calculations -> Median Joining
затем меню File -> Open выбрать файл .ych
и задать эпсилон: меню Parameters -> Change Epsilon (Currently 0)

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19427
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Собраную в экселе выборку, копирую в блокнот. Проверяю наличие лишних пробелов и сохраняю.

Далее копирую данные из блокнота и вставляю в Y-Utility.

Какие параметры в Y-Utility я должен выбрать?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Уважаемый Аббат.

Каково Ваше мнение, а потомок русских баронов Тизенгаузенов (без документов, но признанный документированными родичами) из Вашей гаплогруппы или из кельтской?

Есть вероятность заполучить новый гаплотип.  Человек заинтересовался.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10138
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1559/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
А по Нетворку продолжение будет? А то как-то на полуслове все оборвалось.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19427
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Про барона не знаю, но результат узнать интересно.

Про дерево мы и не заканчивали, вопрос выше по теме остался без ответа)))

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10138
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1559/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Ну что ж пока насчет Нетворка тишина, вопрос попроще. Аббат, делаем выборку, попадаются абсолютно одинаковые гаплотипы, но номера китов разные. ТО есть скорее всего делали люди разные, но находящиеся так сказать в осязаемых  родственных отношениях. Что делаем? Оставляем всех или какой-либо один кит на наше усмотрение?
Или ситуация практически та же, но гаплотипы различаются на шаг-два по 67-маркерам, а общий предок указан один и жил в 18-19 веке?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
По своему опыту:
1. При разных китах FTDNA, оставляю одинаковые гаплотипы, Все дубли из Ysearch выкидываю.
2. Конечно, оставляю - тут уже чистая ДНК-генеалогия.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19427
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Полные дубли удаляю.

Полные дубли однфамильцы - удаляю.

С фамильными кустами сложнее, если количество гаплотипов не мешает программе считать, то оставить можно.

Если гаплотипов много (нетворк умрет), то или выбираем модальный или какой ближе к сердцу.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10138
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1559/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Понял, всем спасибо за ответы. Надеюсь когда-нибудь и Нетворку вернемся.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10138
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1559/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Еще.... А сколько гаплотипов вообще можно использовать в Нетворке на не самой мощной машине? От 500 до 1000 потянет?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100