Изложу теперь, почему я считаю, что I2a2 является одной из коренных балканских гаплогрупп.
Во-первых, нужно признать, да я и не отрицал, что присутствие I2a2 в славянском этносе - очень и очень древнее. Вне сомнения, что аборигены-древнеевропейцы были первыми, кого ассимилировали пришедшие с востока "чистые" R1a1-прабалтославяне. Конечно, ассимиляция была не одномоментной, шла сотни лет и сопровождалась военными конфликтами, однако технологическое превосходство пришельцев привело к тому, что аборигены полностью исчезли, утратили свой язык и влились в состав пришельцев, осевших на их землях.
Рассмотрим концентрацию I2a2 в составе современного польского этноса, как наиболее близкого по гаплогруппному составу к ранним балтийско-славянским (напомню, что заселение Балкан происходило с севера - западнославянскими племенами):
R1a - 56%
I2 - 10%.
Проценты в разных выборках варьируются, но мы придём к заключению, что искомая цифра находится где-то в районе 10-12%. Для специфики данного исследования это не суть важно.
Итак, мы видим, что I2, хоть и присутствует, но занимает достаточно незначительную долю в общем генетическом пуле. Конечно, за прошедшую тысячу лет генофонд изменился, но, коль скоро нам неизвестно о масштабных миграциях даже вероятных носителей I2, примем, что в генофонде западных славян I2 составляла в средней около 15% (ибо у чехов её чуть больше - 19%).
Теперь рассмотрим южных славян:
Сербы: 29% I2, 16% R1a.
Хорваты: 32% I2, 34% R1a.
Болгар ради чистоты эксперимента брать не будем как смешанный славянский этнос.
И что мы видим? Доля I2 у южных славян существенно выше. Причём она держится стабильно в среднем на 30%, тогда как максимум - у чехов - 20%, а у поляков вообще 10%. Итого: в полтора раза больше, чем у чехов, в два - чем у усредненного значения западных славян (которое, будучи взятым с потолка, особого значения не играет, ибо заселяли Балканы племена, скорее родственные ляхам, нежели чехам), и в три - чем у поляков.
Что из этого следует? "Ничто не берется из ничего". Когда славяне пришли на Балканы, они пришли, быть может, на
полупустые земли - но и там проживали люди, по всей видимости, те самые остатки романизированных иллирийцев, уцелевшие после аварского нашествия. Оставим в стороне тезис о преувеличении опустошения авар (которым было невыгодно резать людей "ради удовольствия", и с которых они вполне рассчитывали получить в будущем дань), и примем как данность: процент I2 среди южных славян существенно выше. Откуда он мог взяться? Очевидно - от ассимилированного населения Балкан. При этом нельзя отрицать, что и в составе захватчиков-славян были I2. Вот только концентрация их не отличалась от общеславянской.
В общем и целом, всё укладывается в канву опустошённой (но не обезлюдевшей) земли и завоевателей-славян, пришедших и ассимилировавших местное население.
UPD. В качестве эталона для западных славян следует скорее взять гаплогруппы лужичан, но, насколько знаю, они не сильно отличаются от польских. Кстати, я намеренно не упомянул боснийцев - у них концентрация I2 еще выше, чем у соседних славянских популяций - доходит до 50%. И уж славянским влиянием это никак не объянить.
А теперь смотрим карту Боснии:
Как мы видим, вся Босния - это горная местность, не столь легко досягаемая для захватчиков, нежели соседние Сербия и Хорватия. Я полагаю, именно это и является причиной большей сохранности I2 в этом регионе, коль уж полагать аварский геноцид как одну из причин балканской депопуляции.
Вооще, наложите физическую карту Югославии с картой распространения I2 - и границы горных регионов (Босния, Черногория) практически один в один совпадут с ареалом наивышсей концентрации I2.
На мой взгляд, вопросов о том "какая же гаплогруппа коренная" тут просто быть не может. Очевидно же, что горные I2 просто переждали геноцид и потом смешались со славянами - а их равнинные собратья были истреблены аварами.