АвторТема: 23andme - анализ родства  (Прочитано 194974 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10079
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #30 : 21 Май 2009, 17:57:17 »
Аббат значит не "немец" теперь, а финн... эх, кто-то опять лажанулся  ;D

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34091
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2839/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #31 : 21 Май 2009, 18:00:03 »
Мне бы с ним сравнить данные, он мне по гаплотипу близок.
Насколько близок?
У Вас есть сравнение с ним по Y-STR?

14 мутаций на 67 маркеров (и 13 на 67 если учитывать, что у других Штруновых 389b=28), но нас все время в один субклад приписывают
Вот здесь

Это 23эндМи вряд ли покажет.
:)

Вот полных совпаденцев - нет проблем.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19428
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #32 : 21 Май 2009, 18:04:04 »
Аббат значит не "немец" теперь, а финн... эх, кто-то опять лажанулся  ;D

Из проекта в проект, то в ботнический, то в англосаксонский клад запишут  ;D
Дурдом.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19428
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #33 : 21 Май 2009, 18:08:25 »

Вот полных совпаденцев - нет проблем.

остается только мечтать

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
23andme
« Ответ #34 : 05 Июнь 2009, 22:46:10 »
23andme сообщило, что уточнило 500 снипов.
В моих данных:
уточнены значения 12 снипов - вместо "нет результата" :
i4000415          хром.1
rs12948217          хром.17
rs1270119          хром.Y
rs4988808          хром.Y
rs9786877          хром.Y
rs16980711          хром.Y
rs2008924          хром.Y
rs34043621          хром.Y
i4000110          хром.Y
rs7067297          хром.Y
rs9786258          хром.Y

Добавлены значения 111 снипов: по 2 снипов на хромосомах 4,6,9,13, один на хр. 15, остальные 102 - на хр.Y

И, наконец, странное "уточнение" - вместо нормального значения снипа M379 (i4000051) "I" теперь имеем "D".
Ошибка вышла. Бывает. Но в целом прогресс налицо.
Образцы не анализируются по новой, как в ФТДНА, перепроверяются имеющиеся результаты. Так держать.
« Последнее редактирование: 06 Июнь 2009, 18:06:28 от napobo3 »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19428
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1424/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: 23andme
« Ответ #35 : 05 Июнь 2009, 23:09:45 »
M379 снип клада I2b1b, теперь является снипом для D, я правильно понял? 

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andme
« Ответ #36 : 05 Июнь 2009, 23:28:24 »
M379 снип клада I2b1b, теперь является снипом для D, я правильно понял?
Значение D является определяющим для субклада I2b1b , какого черта сообщать людям, которые не I2b1b, что у них есть D - непонятно. Сбой техники? но они там все по нескольку раз перепроверяют. Скоро узнаем.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: 23andme
« Ответ #37 : 08 Июнь 2009, 12:08:46 »
Значение D является определяющим для субклада I2b1b , какого черта сообщать людям, которые не I2b1b, что у них есть D - непонятно. Сбой техники? но они там все по нескольку раз перепроверяют. Скоро узнаем.

Да нет, скорее всего не сбой, а "параллельное" возникновение той же мутации, но у члена другой гаплогруппы. Смысл сообщать о таких фактах в том, что если их будет много, это может поставить под сомнение правильность определения гаплогруппы испытуемого. Однако, о таких случаях пока вроде бы не сообщалось.

Вывод: Определение гаплогруппы всего лишь по одному снипу (как у ФТДНА) иногда может быть ошибочным.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10079
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: 23andme
« Ответ #38 : 08 Июнь 2009, 13:12:23 »
Цитировать
Вывод: Определение гаплогруппы всего лишь по одному снипу (как у ФТДНА) иногда может быть ошибочным.
Согласен. Почти для каждого крупного субклад есть дублирующие снип (по нескольку штук). Так что подвердить всегда можно.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andme
« Ответ #39 : 09 Июнь 2009, 01:08:37 »
Все гораздо сложнее:

It is important here to understand how molecular genetics works.
M379 is by coincidence at the same position as M201.
http://ymap.ftdna.com/cgi-bin/gbrowse/hs_chrY/?start=13536923;stop=13536924;ref=ChrY;width=1024;version=100;grid=on;id=86d6cea3ff791fbfb8cd1ebca6668b3a;label=CYT%3Aoverview-Ideogram-Palindromes-DNA%2FGC%20Content-Genes-STRs-dbSNP-JW-CV-YH-M-PS-PerlegenPrimerPairs-other-NA18507-NA07022;h_feat=M379%40yellow
The HUGO reference sequence in this region comes from a hg G person and
therefore shows the derived M201 T allele. Because the developers of the
molecular probe apparently didn't know this, they designed the oligo for
detecting M379 in a way as if T was the ancestral allele if no M379
deletion was present. This probe can't handle a G allele which is
present in the majority of the world population (except G-M201). A probe
with this design must return unreliable results and should simply be
ignored. A measurement of this important 3-allelic locus requires a more
sophisticated probe design or it should simply measured with a
sequencing technology. M379 and M201 have been shown to be 100% reliable
in several hundred sequencing runs in a large variety of European
haplogroups.

Thomas Krahn

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: 23andme
« Ответ #40 : 09 Июнь 2009, 02:19:57 »
Ну а в чём сложность то? По моему наоборот, ситуация имеет перспективу к упрощению. Согласно представленной информации, вся проблема в том, что исходно считавшийся бинарным локус оказался трёх-аллельным. Однако, определить его конкретную аллель сейчас невозможно, т.к. стандартная процедура изначально была заточена под биаллельность. Изменят процедуру (подберут праймер) - и всех делов.

То есть это даже не "параллельная мутация", а просто - другая, ранее неизвестная. Хьюго виноват, раз уж вас всех с ним сравнивают.
« Последнее редактирование: 15 Июнь 2009, 13:43:33 от Овод »

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34091
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2839/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #41 : 12 Июнь 2009, 18:40:19 »
Спасибо napobo3 за очередную новость, на 23эндМи названия гаплогрупп привели в соответствиее с номенклатурой 2009 года.
А ранее перепроверили некоторые снипы.
Я теперь, как и положено, обозван J2b1.
Ну, а по мтДНК остался Н6а*, потому как снип для Н6а1 23эндМи не рассматривает в своей мультилинейке.

Оффлайн shik

  • Сообщений: 54
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N1c1*(xa,b,c)
  • мтДНК: H1
Re: 23andme
« Ответ #42 : 14 Июнь 2009, 23:28:52 »
Не знает кто-нибудь историю с N3a1 = N1c1a = P21+ в 23иЯ ?

До перехода на новое дерево, я вроде бы отнесён к N3a1, а после - к N1c1, что не соответствует стандартным деревьям. Какой вариант выбрать

1. У меня глюки.  :)

2. 23иЯ обнаружили, что их тест на P21 не работает и выкинули его.

3. 23иЯ запутались и потеряли нормальный результат P21 (я P21 тоже не могу найти в raw data)

Вроде на N1c1b = P67 и N1c1c = P119 они тестируют (i4000216, i4000154) так что и на P21 наверняка планировали.

Пока у меня, похоже, получается странная гаплогруппа

N1c1*(xN1c1b,N1c1c)

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andme
« Ответ #43 : 15 Июнь 2009, 13:40:33 »
Закиньте свои снипы к Адриано в таблицу, посмотрим, обсудим.
Инструкции - здесь.

Оффлайн shik

  • Сообщений: 54
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N1c1*(xa,b,c)
  • мтДНК: H1
Re: 23andme
« Ответ #44 : 18 Июнь 2009, 17:46:34 »
До таблицы я пока не добрался, но пришло письмо от 23иЯ, которое всё ещё больше запутало. В письме ссылка на таблицу соответствия старых и новых названий гаплогрупп:

https://www.23andme.com/res/pdf/updated_y_tree_table.pdf

а таблице есть строчка:

N3a1     N1c1a   i4000267

весьма логичная, сооветствует ISOGG и моему пониманию планов 23иЯ.

Естественно, я полез в raw data и

Showing raw data for SNP i4000267, which is not mapped to a chromosome.

intergenic   i4000267 A or C     AA

То есть это то ли аутосома (маловероятно), то ли есть сразу на X и Y.

Похоже, с этим P21 проблемы, причём не только у 23иЯ, а в целом.


« Последнее редактирование: 21 Июнь 2009, 02:46:11 от shik »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100