Интерпретация результатов

[Yaroslav]

все эти арабы оказались J1-L65.20

Родичи шейха Дубая.

[Farroukh]

да, я уж понял по уровню секретности переписки с менеджером кита.

[Yaroslav]

да, я уж понял по уровню секретности переписки с менеджером кита.

Одному нашему форумчанину для выхода на ближайшего к нему, подтверждённого NGS человека из подобных селебр, пришлось попросить снести свою новичковскую тему, чтобы получить к нему доступ.

[Farroukh]

Информация на древе обновилась. Теперь между мною и Карпио всего-то 650 лет 


Тут есть повод призадуматься. Дело в том, что Карпио отстоит от меня в 25 шагах на 67 маркёрах и вообще отсутствует в стандартных Y-STR совпадениях. То ес ть его нет в списках даже на 12.маркёрах.
Если результат расчёта Yfull верен (а поводов для сомнений пока не возникает), то тогда получается что вся Y-STR филогения с её гомоплазиями, возвратно-развратными мутациями и прочей похабенью вообще ничего не стоит. 

[dima75]

Странно. Хотя, в расчетах по STR речь идет только о вероятностях. С очень низкой вероятностью может быть и такая разница.
Можно перепроверить YFull?

[Farroukh]

Да, вероятность такого расклада менее 5%

[Nimissin]

Надо еще посмотреть, какое генетическое расстояние между STR гаплотипами рассчитали YFull. Соответствует ли оно разнице по 67 маркерам?

[Farroukh]

У нас на 434 маркёрах разница в 63 шага, то есть дистанции такие:
Лямбда общее=0,145
Лямбда экспоненциальное=0,157
ВБОП в поколениях получается равен 38 (при средней скорости мутаций на гаплотип 0,00206 как для 111-маркёрных гаплотипов).
Для 450-маркёрных гаплотипов получается что средняя скорость мутации равна 0,00373 

Тогда получается, надо подкорректировать калькулятор, добавив туда 450-маркёрный гаплотип 

[Nimissin]

У нас на 434 маркёрах разница в 63 шага, то есть дистанции такие:
Лямбда общее=0,145
Лямбда экспоненциальное=0,157
ВБОП в поколениях получается равен 38 (при средней скорости мутаций на гаплотип 0,00206 как для 111-маркёрных гаплотипов).
Для 450-маркёрных гаплотипов получается что средняя скорость мутации равна 0,00373 

Тогда получается, надо подкорректировать калькулятор, добавив туда 450-маркёрный гаплотип 

На самом деле по STR противоречий нет. Проведем очень грубую оценку, на уровне порядка величины. Для среднего интервала одного мужского поколения 31.5 лет средняя скорость Y-STR мутаций оценивается как 0.0026 для 67-маркерного гаплотипа и около 0.0016 - для 400-500 локусов гаплотипа YFull.
25/67/2/0.0026 = 72 поколения,
63/434/2/0.0016 = 45 поколений.
Это грубая прикидка, но катастрофической разницы нет.

[Farroukh]

Занаятно само распределение мутаций по маркёрам: будучи в относительной близи, данный гаплотип содержит мутации равномерно по всем панелям, не позволяя ему всплыть в матчах.

[Farroukh]

Для 67 маркёров скорость равна не 0.0026, а 0,00216
Или нет?

[Nimissin]

Для 67 маркёров скорость равна не 0.0026, а 0,00216
Или нет?

Зависит от использованной средней продолжительности одного мужского поколения. Для 31.5 лет - 0.00258, для 25 лет: 0.00258 * 25/31.5 = 0.00205. Средние скорости мутаций (точнее, средние константы интенсивности мутаций) 111-маркерного гаплотипа - 0.00262 на локус на поколение 31.5 лет, 0.00262 * 25/31.5 = 0.00208 на локус не поколение 25 лет.
Я обычно использую 31.5 лет - в соответствии с результатами работы Феннера (Fenner, 2005), который на большом объеме данных установил, что средний интервал одного мужского поколения - 31-32 года, вне зависимости от степени развития общества, в котором живет популяция.
Кроме того, есть данные наших форумчан (поколенные интервалы Гаврилова-Темоша), содержащие, наверное, самые большие выборки в мире. Согласно последнего по времени сообщения Михаила, средний интервал одного мужского поколения за последние 10 веков - 32.62 года.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,3147.150.html
В этом смысле, 25 лет на поколение, на мой взгляд, несколько искусственная величина. Все экспериментальные данные по парам отец-сын, по Y-STR генеалогиям - соответствуют реальному среднему значению интервала одного поколения. А оно может варьироваться от выборки к выборке, слегка отклоняясь от 31-32 лет.

[Farroukh]

Признаюсь, родство с человеком испанских кровей в пределах 650 лет (21 поколение) меня поначалу удивило. Но, как выяснилось, наличие иранцев в мусульманской Испании, а точнее даже в Гранаде было делом вполне обыденным:
Iranians in Spain

Ибн Баттута в 1350 г. писал, что иранцы в Испании предпочитали селиться в Гранаде из-за её сходства с их родиной. Причиной их миграции на окраину халифата в 13-14 вв. было нашествие монголов и чёрная смерть.

Однако, как я уже писал, архивные данные указывали на то, что предок вернулся из Гранады в Иран в 1490 г. при падении Гранадского эмирата. Видимо, часть нашего клана осела в Испании и перешла в католичество под именем "мориско". Вероятно, от одного из таких новообращённых идёт линия моего совпаденца Карпио.

Такие вот интересные вещи обнаруживаешь. Подумать только, до чего может довести какой-то тест на ДНК 

[Laszcz]

Признаюсь, родство с человеком испанских кровей в пределах 650 лет (21 поколение) меня поначалу удивило. Но, как выяснилось, наличие иранцев в мусульманской Испании, а точнее даже в Гранаде было делом вполне обыденным:
Iranians in Spain

Ибн Баттута в 1350 г. писал, что иранцы в Испании предпочитали селиться в Гранаде из-за её сходства с их родиной. Причиной их миграции на окраину халифата в 14 в. было нашествие монголов и чёрная смерть.

Однако, как я уже писал, архивные данные указывали на то, что предок вернулся из Гранады в Иран в 1490 г. при падении Гранадского эмирата. Видимо, часть нашего клана осела в Испании и перешла в католичество под именем "мориско". Вероятно, от одного из таких новообращённых идёт линия моего совпаденца Карпио.

Такие вот интересные вещи обнаруживаешь. Подумать только, до чего может довести какой-то тест на ДНК 

Сильное открытие, Фаррух! Поздравляю!

[Farroukh]

Сильное открытие, Фаррух! Поздравляю!

Константин, спасибо! Пытаюсь занырнуть ещё глубже.

Пока известные основные вехи:
21 поколение назад - Ага Низар Дейлеми (глава ордена ассасинов Гранады, потомок мигрантов из Аламута), середина 15 века
ХХХ - родословная неизвестна
11 поколений назад - шейх Назар Гилани, середина 17 века
и далее вниз поимённо известны все, вплоть до меня.