АвторТема: Интерпретация результатов  (Прочитано 37867 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #30 : 11 Июнь 2009, 22:42:35 »
Необходимо построить дерево из ближайших к Вам гаплотипов (их можно найти в YSearch). Определить на какой ветви этого дерева Вы находитесь и вычислить время жизни предка этой ветви.
Наиболее полезной программой для этого является Мурка.
Еще широко используются Fluxus Network и Мега.

Причина возникновения мутаций пока не выяснена. В качестве рабочей гипотезы принято предположение о том, что мутации (сбои при копировании участков генов) происходят случайно, с определенной вероятностью, не зависящих от каких-либо факторов.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 11055
  • Страна: az
  • Рейтинг +1848/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #31 : 12 Июнь 2009, 08:58:12 »
Wertner, благодарю за ваши разъяснения!

Но боюсь, что для эта задача может оказаться непосильной для начинающего. Незнание вопроса приведёт к неправильным выводам. Может, вы посодействуете? Любая требуемая информация будет предоставлена.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #32 : 12 Июнь 2009, 12:47:22 »
Посодействую. Лучше всего, сразу научиться пользоваться Муркой. Я использовал Мурку только осенью прошлого года, но думаю, что хоть какой-то расчет мы с Вами сможем сделать, а потом, надеюсь, Valery, Mougley, Vadim Verenich помогут Вам советами какие опции указать.

Шаги:
1. Определиться с решаемой задачей. Предлагаю проанализировать к какому субкладу Вы ближе: E1b1b1a, E1b1b1b или E1b1b1c.
2. Необходимо подготовить входные данные в формате .ych.
Тут я Вам сначала помогу - сделаю небольшой файл с несколькими гаплотипами каждого субклада. Затем Вы, в качестве упражнения, добавите туда свой гаплотип.
3. Скачайте и установите Мурку.
4. Вместе составим файл запуска Мурки. Для начала со Штейнеровской опцией и эпсилон = 0.
5. Проанализировать полученное дерево.

Предлагаю проводить обсуждение выполнения шагов именно на форуме, чтобы в дальнейшем другие читатели форума смогли проделать те же шаги самостоятельно.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 11055
  • Страна: az
  • Рейтинг +1848/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #33 : 12 Июнь 2009, 12:56:58 »
Wertner, тест на выявление суб-группы начат. результат будет через 6 недель. Допустим, я выяснил, суб-группу. Как подготовить данные в требуемом формате? Повторюсь: я не специалист, поэтому многие, возможно, простые моменты, для меня в диковинку.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #34 : 12 Июнь 2009, 14:02:04 »
Я предлагаю попробовать предсказать Ваш субклад до того, как будут известны результаты тестов. Это даст Вам редкую возможность сделать какие-либо выводы по филогенетическому дереву и получить скорое подтверждение или опровержение.
Соответственно, у Вас выработается свое отношение к построению деревьев, некоторое понимание достоверности таких предсказаний.

Первичный файл .ych я для Вас подготовил. Он в прикреплении.
Теперь добавьте туда свой гаплотип.

Немного о структуре файла:
1 строка: название маркеров
2 строка: веса мутаций каждого маркера (я взял полученные при помощи своих вычислений, можете заменить на пустую строку, тогда будут равные веса)
3 строка: пустая, предназначение неизвестно
далее по три строки на каждый гаплотип:
Первая из них: название
Вторая: количество в выборке (обычно 1)
Третья: сам гаплотип, со значениями маркера через запятую, в том же порядке, что и названия маркеров в первой строке

Текущее содержание файла:
по 10 гаплотипов из гаплогрупп E1b1b1a, E1b1b1b, E1b1b1c
точный состав:
E1b1b1a1   2
E1b1b1a2   3
E1b1b1a3   2
E1b1b1a*   3
E1b1b1b2   10
E1b1b1c1   7
E1b1b1c1a   3
Гаплотипы взяты практически случайным образом из разных проектов FTDNA, прежде всего из E-M35.
В названии гаплотипа есть указание гаплогруппы гаплотипа в качестве префикса, например, a1_12345

Для внесения своего гаплотипа добавьте в конец файла три строчки:
название: допустим, W58E6
количество: 1
гаплотип сам гаплотип, со значениями маркера через запятую, в том же порядке, что и названия маркеров в первой строке.

Когда результат будет готов, то выложите, пожалуйста, я проверю.

Прошу прощения, если будут паузы в нашем общении на форуме (до нескольких дней).
« Последнее редактирование: 12 Июнь 2009, 14:08:22 от wertner »

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #35 : 12 Июнь 2009, 14:07:51 »
Сорри, лучше возьмите вот этот файл - в прошлой версии напутал, взял E1b1b1c и E1b1b1c1, вместо E1b1b1c1 и E1b1b1c1a

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 11055
  • Страна: az
  • Рейтинг +1848/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #36 : 12 Июнь 2009, 14:23:36 »
wertner, увы, я кажусь умнее, чем я есть на самом деле. Боюсь, это окажется непосильной задачей для профана. Может, вы сами попробуете это сделать7 Я там наломаю дров, и результат будет бессмысленным...

Если что, то мои маркеры - здесь:

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #37 : 12 Июнь 2009, 15:16:00 »
Господа, а зачем рассматривать звёзды сквозь микроскоп?

Мурка пренкрасна при выявлении запутанных родственных связей внутри гаплогруппы.
А вот для предсказания гаплогрупп ещё никто ничего лучше Нетворка не придумал.
Мурка в этом плане пока падслеповата.

К тому же, ежели Мурку постепено осваивают несколько человек на форуме, то на вопросы по Нетворку ответит любой.

Главное - создать первый ych, а всё остальное Нетворк разберёт по-гаплогрупно.

А вот дальше начинается работа с Муркой.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #38 : 12 Июнь 2009, 16:15:13 »
Farroukh, ок. Коли не лежит душа к построению деревьев - так тому и быть :)
Со временем сделаю. Надеюсь, что до результата Вашего Deep Clade теста :)

mouglley, взаимоотношения E1b1b1a и E1b1b1c на уровне STR-галотипов  довольно запутаны и Network их не всегда правильно разделяет. Думаю, Мурка лучше справится. Да и для дальнейших изысканий - поиска ДНК-подтверждения персидского происхождения Farroukh'а она была бы лучше.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 11055
  • Страна: az
  • Рейтинг +1848/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #39 : 12 Июнь 2009, 19:26:51 »
wertner, благодарю за понимание. Я бы год строил это дерево. Что же до персидского происхождения, то насколько можно выудить из МакДональда, гаплогруппа Е (2%) встречается в районе Исфахана

Оффлайн Sergey Lutak

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +61/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #40 : 13 Июнь 2009, 16:17:57 »
Добрый день!

Уважаемый Фаррух, Haplozone::The E-M35 Phylogeny Project поместил Вас (144638) в категорию E1b1b1-Unclustered (even after 67 markers testing) http://www.haplozone.net/e3b/project/cluster/5 .
Вероятно, классифицировать ваш гаплотип без СНиПов им  - "не по зубам" ;).

Ещё раз заглянул в Ysearch. Из "ближайших" к Вам (у кого указана гаплогруппа):
E1b1b1a2 (39/66), E1b1b1 (39/66), E1b1b1 (39/66),
E1b1b1c (40/66), E1b1b* (40/66), E1b1b1c1 (40/66).

Ситуация трудная, и всё же я ставлю на E1b1b1c. :D

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 11055
  • Страна: az
  • Рейтинг +1848/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #41 : 13 Июнь 2009, 20:46:44 »
надеюсь, это временно. Планирую заказать там Personal report и опубликовать его.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #42 : 13 Июнь 2009, 21:57:10 »
mouglley, взаимоотношения E1b1b1a и E1b1b1c на уровне STR-галотипов  довольно запутаны и Network их не всегда правильно разделяет. Думаю, Мурка лучше справится. Да и для дальнейших изысканий - поиска ДНК-подтверждения персидского происхождения Farroukh'а она была бы лучше.
Отработал на Мурке по N и O:
И как телескоп (по разделу гаплогрупп),
И как микроскоп (по веткам одной гаплогруппы)
У Мурки конкурентов нет!

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #43 : 13 Июнь 2009, 22:04:38 »
Цитировать
У Мурки конкурентов нет!
ув Маугли, долго ли осваивали программу? И какие ей нужны техн. требования от компа?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Интерпретация результатов
« Ответ #44 : 13 Июнь 2009, 22:33:16 »
Требований - минимальные. Наверное, и на 286-ом работать мажет (если кто такое помнит).

Главное:
в файл prepare.bat из стандартной поставки записать своё название ych-файла
взять код уважаемого Valery (он где-то недавно привёл его), сохранить этот код, как bat-файл,
потом занести в этот бат-файл своё название rdf-файла.
запустить его
В результате получить несколько деревьев, немного различающихся друг от друго.
посмотреть их в Graphwizard
выбрать лучшее.
Если на каком-то этапе что-то не получилось - сразу задавать вопросы.

Осваивал Мурку долго, несколько недель, но, в результате, уже от неё не отступлюсь.
Но я - непоседа.
А при Вашей настойчивости Вы освоете намого быстрее, чем я.
« Последнее редактирование: 13 Июнь 2009, 22:42:58 от mouglley »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100