0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.
база уже размером зашкаливает ))
Цитата: Centurion от 23 Сентябрь 2011, 12:30:54база уже размером зашкаливает ))тогда уж лучше взимай с нас ежемесячную мзду чем так ограничивать
ЦитироватьN1c Tat M46 Page70 Y 14922583Это позиция (форвард)? В браузер проекта новые данные выведены, где я могу посмотреть готовый элайнмент без каких-либо усилий?
N1c Tat M46 Page70 Y 14922583
Current releases of 1000 Genome Project data use NCBI genome build 37 (hg19) and, before you start imputation, you need to ensure that all your genotypes are reported using build 37 coordinates and on the forward strand of the reference genome.
В браузер проекта новые данные выведены, где я могу посмотреть готовый элайнмент без каких-либо усилий?
Цитата: Valery от 23 Сентябрь 2011, 12:11:24Цитата: Yurgan от 23 Сентябрь 2011, 11:41:01В связи с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.Что-то здесь нечисто: не может быть такого количества трансверсий. Большинство снипов - всегда транзиции.Там были позиции и других снипов (N и О) - полное совпадение.
Цитата: Yurgan от 23 Сентябрь 2011, 11:41:01В связи с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.Что-то здесь нечисто: не может быть такого количества трансверсий. Большинство снипов - всегда транзиции.
В связи с тем, что в проекте 1000 геномов снипам, обнаруженнным у N. еще не дали имена, я дал им свои.
Цитата: Valery от 23 Сентябрь 2011, 12:40:25ЦитироватьN1c Tat M46 Page70 Y 14922583Это позиция (форвард)? В браузер проекта новые данные выведены, где я могу посмотреть готовый элайнмент без каких-либо усилий?Я на слух английский плохо понимаю, можно перевести на русский, чего хотели?Ссылку на файл со всеми вновь выявленными снипами N и O?
Цитата: Valery от 23 Сентябрь 2011, 12:40:25 В браузер проекта новые данные выведены, где я могу посмотреть готовый элайнмент без каких-либо усилий?Это нетрудно сделать, вот Юрган может поделится с Вами опытом.Скачиваете 100-200 Гигабайтов генотипов, и делайте с ними что хотите, - хоть элайнмент, хоть фейзинг, хоть импьютинг.
Я имел в виду маленький фрагмент элайнмента (выравнивания) окружения снипа дабы убедиться что скажем там где у одних T у других действительно G. Типа:1 AGGTCATGTTACCG2 AGGTCATTTTACCG3 AGGTCATGTTACCG4 AGGTCATGTTACCG5 AGGTCATGTTACCG
А браузер 1000genomes действительно существует, только трэки Y-элайнментов туда не выведены.http://browser.1000genomes.org/Homo_sapiens/Location/Overview?db=core;r=Y:8550526-8550526
Цитата: I2a2a от 23 Сентябрь 2011, 13:29:44А браузер 1000genomes действительно существует, только трэки Y-элайнментов туда не выведены.http://browser.1000genomes.org/Homo_sapiens/Location/Overview?db=core;r=Y:8550526-8550526через экспорт можно получить данные в fasta
>Y dna:chromosome chromosome:GRCh37:Y:8550526:8550526:1 A
VL75 Y 4114451 . CAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA CAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA