Гаплогруппа N в проекте 1K Genomes и HGDP

[I2a1a]

Для этого нужно элайнменты.
Только вот что брать в качестве reference sequence?
Cиквенс Y хромосомы из  гаплогруппы O?
Интересно можно ли использовать родной элайнер в Мурке?

[Valery]

Для этого нужно элайнменты.
Только вот что брать в качестве reference sequence?
Cиквенс Y хромосомы из  гаплогруппы O?

Да все равно что - константные признаки присутствующие у всех N удалятся. Хоть шимпанзе.

Предвижу что благородным господам Рюриковичам и Гедыминовичам сия мысль может не понравиться

[I2a1a]

Для этого нужно элайнменты.
Только вот что брать в качестве reference sequence?
Cиквенс Y хромосомы из  гаплогруппы O?

Да все равно что - константные признаки присутствующие у всех N удалятся. Хоть шимпанзе.

Предвижу что благородным господам Рюриковичам и Гедыминовичам сия мысль может не понравиться

 

Ок, а как с инделами/дупликациями на Y Мурка справиться также как с аналогами в митогеноме?

[Yurgan]

Для этого нужно элайнменты.
Только вот что брать в качестве reference sequence?
Cиквенс Y хромосомы из  гаплогруппы O?

Да все равно что - константные признаки присутствующие у всех N удалятся. Хоть шимпанзе.

Предвижу что благородным господам Рюриковичам и Гедыминовичам сия мысль может не понравиться

Вы о чем? Что Рюриковичам не понравится?

[Valery]

Ок, а как с инделами/дупликациями на Y Мурка справиться также как с аналогами в митогеноме?

С инделами - справится как пару пальцев об. А вот с дупликациями и STR не справится, и никакая программа не справится потому что их надо перекодировать в аддитивную метрику.

[Valery]

Вы о чем? Что Рюриковичам не понравится?

Я хотел сказать что августейших особ выравнивать можно разве что по ДНК Юлия Цезаря, но никак не по шимпанзе 

[Yurgan]

Вы о чем? Что Рюриковичам не понравится?

Я хотел сказать что августейших особ выравнивать можно разве что по ДНК Юлия Цезаря, но никак не по шимпанзе 

А кого выравнивать будем? Генома Рюриковичей пока нет.

[I2a1a]

Пилохо тогда дело.

[I2a1a]

Вы о чем? Что Рюриковичам не понравится?

Я хотел сказать что августейших особ выравнивать можно разве что по ДНК Юлия Цезаря, но никак не по шимпанзе 

Лучше по ДНК Кесаря Августа или его брата Пруса.
Цезарь не состоял в мужском родстве с Августом.

Но известен их прямой потомок -великий князь Бухарев.
Надо, извлечь из него Y-хромосому.
В принудительном порядке.

[Valery]

Цезарь не состоял в мужском родстве с Августом.

зато большинство первых правителей состояли в родстве по прямой женской

Надо, извлечь из него Y-хромосому.
В принудительном порядке.

хирургическим?

[wertner]

Yurgan, это они обсуждает, что почти все, что Вы делали вручную с геномами N можно было сделать в Мурке - она бы сама выделила новые снипы. Причем, для таких задач, насколько я понимаю, она предназначена лучше, чем для деревьев по STR. Так, Валера?

[mouglley]

А объём какой?
Всех 1000 человк просчитывать?
По скольким миллионам снипов на каждого?

[Yurgan]

Yurgan, это они обсуждает, что почти все, что Вы делали вручную с геномами N можно было сделать в Мурке - она бы сама выделила новые снипы. Причем, для таких задач, насколько я понимаю, она предназначена лучше, чем для деревьев по STR. Так, Валера?

Да, я понял.
Но кайфа от этого не получишь.

[Valery]

Yurgan, это они обсуждает, что почти все, что Вы делали вручную с геномами N можно было сделать в Мурке - она бы сама выделила новые снипы. Причем, для таких задач, насколько я понимаю, она предназначена лучше, чем для деревьев по STR. Так, Валера?

Типа того, Вадим )

[asdgood]

Я нашел довольно много снипов для галогрупп N и O в проекте 1000 genomes. Я намекнул об этом на dna-forums.org но там сказали что ктото уже делает. Если хотите могу сбросить фаил с тем что нашел.